顺治二年（1645），正是农历乙酉，黄宗羲三十六岁。
五月，黄宗羲返回杭州，会晤担任行人职务的熊开元，感慨时事，不禁流下眼泪，低声哭泣，呜咽而别。
六月，黄宗羲徒步两百里到刘宗周家。当时，绍兴府城已被清军占领，刘宗周避居杨塴，黄宗羲就从小路进入杨塴，见先生卧在竹榻上，手挥羽扇，连水都不喝，已经有很多天了。
黄宗羲不敢哭，“泪痕承睫，自序其来”，刘先生点头。黄宗羲又徒步回到余姚黄竹浦，避居四明山鹿亭中村，服侍母亲。
清兵东渡钱塘江，绍兴府城以及各县城望风迎附。六月二十六日，余姚执掌县印的官员征发百姓修筑官道，监管的官员鞭打筑路的人，筑路的人反过来鞭打监管的官员，众人吵了起来。孙嘉绩趁众人愤怒的时候，斩杀监管筑路的官员。县里的绅士邵秉节、陈相才，学宫读书的秀才吕章成、沈之泰、邵应斗，率领村中相随的数千人，想推孙嘉绩为盟主。孙嘉绩推辞说：“发动大事，需要有一个合适的将领。熊汝霖有掌控局势的本领，而且懂得兵法，是合适的将领。”这时，正遇熊汝霖从宁波招募士兵回到余姚，众人的心一下子就安定了下来。
鲁王在绍兴监国，即暂代国事，晋升孙嘉绩为兵部侍郎，兼右佥都御史，总视义师。孙嘉绩和熊汝霖转战余杭乔司、萧山西兴，亲临前线作战，号“孙熊兵”。
作战的时候，则熊汝霖当先，孙嘉绩继而跟上。粮草无法供给，就变卖家产资助军饷。
孙嘉绩是余姚孙家境人，崇祯十年（1637）进士，授予南京工部主事的职务，崇祯皇帝召见，改任兵部主事，后为九江道佥事。其祖父为余姚三阁老之一的孙如游，是孙燧的后人。孙燧死于宁王朱宸濠叛乱，谥忠烈。孙嘉绩多次对他手下的辅佐人员流着眼泪说：“我是忠烈的后代（孙氏为孙燧之后），道义要求我与国家同存亡。唯一担心的事情是不能成功，死了也没有脸面去见君王和父母。”听他说话的人都奋勇争先，为抗清事业而战。
就这样，余姚人、前吏科给事中熊汝霖，九江道佥事孙嘉绩，率领余姚的子弟，以一旅之师，以钱塘江为界，划江而守。(www.xing528.com)
黄宗羲安顿好母亲，回到黄竹浦，与二弟、三弟及叔父们一起，召集黄竹浦子弟数百人，“步迎监国鲁王于蒿坝，驻军江上”，人们称之为“世忠营”。
三叔黄等素，字白崖，以前是应天府经历，与黄宗羲的父亲为同胞兄弟，担任监军佥事。族叔黄世勇，字凤歧，孺名高秋，担任世忠营总兵。世勇的长兄黄岳也随弟弟出征。
十月十日，曾担任行人的宁波人陆符来看望黄宗羲，他们共同叹息浙东之事。
十一月，马士英兵败后想投靠鲁王。朝廷大臣都说应当杀掉马士英，熊汝霖怕马士英依仗方国安成为祸害，说：“现在不是杀马士英的时候，应该让他立功赎罪。”
黄宗羲说：“各位大臣目前没有力量杀掉马士英，正如春秋时候的孔子，怎能讨伐陈恒！陈恒杀死国君、拥立新军、独揽大权，但不是说他不应当杀！”熊汝霖感谢黄宗羲。
十二月，兵部主事、暂代余姚知县的王正中（定海总兵王之仁的侄子）上表，请求颁发黄宗羲所作《监国鲁元年大统历》。鲁王同意在浙东颁布，作为纪年。
黄宗羲又写信给总兵王之仁说：“公等何不从赭山进军？而每天在江上鸣鼓，这是攻其有备的策略。绍兴、宁波、台州这么小的三府，需要供给十万之众的军饷，清兵就是不发一箭，一年之后也不能支撑啊！”
又说：“崇明岛是江海的门户，何不派兵去骚扰他们，这足以分散清军江上的兵力。”听到黄宗羲建议的人都认为说得对，但他的建议没有被采纳。
官兵屯扎在余姚西石山的忠端公祠里，兵士抽取屋材，作为夜间宿营时的篝火用材，官府也没拿什么材料去修复，也没有祭祀通神。黄宗羲正为国家的事情操劳，听到此事后潸然泪下。
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