黄尊素，字真长。万历四十四年（1616）进士，担任宁国府（治所在今安徽省宣城市宣州区）推官。推官是一个副职，负责案件审判之类的工作。他为人精细勤勉，坚强执着。
黄宗羲在《家录·忠端公》中说：
担任南京国子监祭酒的汤宾尹，罢官回到了宁国府家乡。汤宾尹是宣党的创立者，也为宣党的党魁。他的门生满天下。
宁国府的职能部门，唯恐所做的事情令汤宾尹不高兴，所以全府上下所有的事情，大多由他先受理文书，进行决断，职能部门只是整理整理文档而已。呈递的讼状，如果出自汤祭酒所判，即使按照程序再要通过司法部门，也完全按照汤祭酒的判决。这种相传下来的做法，已经成了习惯。
黄尊素视察工作，有人拿出汤祭酒判决的文书。黄尊素愤怒地说：“汤祭酒想当宁国的土司（土皇帝）吗？”
黄尊素不但撕裂汤祭酒所判的文书，还鞭打拿出文档的人，使宁国府全府上下大为惊恐。
黄尊素想查处大姓刘氏私设刑堂杀人一案。有人对他说：“你已经成名，事情如此交错复杂，还是等待以后的人来处理比较合适。”
黄尊素回答说：“我的志向就是要扫除奸诈鄙陋的东西，如今我的面前就存在这些东西，但我却回避它，这对于执法的官吏来说，是要感到羞耻的！”
最后，他对刘氏数百人全部进行了审理，逮捕了他的奴仆，按罪判处死刑。刘氏急写奏章上报京师，东林党首领之一的邹元标从此就知道了黄尊素。
天启二年（1622），黄尊素升任为御史，请假回家。第二年冬天回到朝廷，上疏请求朝廷召回被罢的官员余懋衡、曹于忭、刘宗周、周洪谟、王纪、邹元标、冯从吾，却弹劾尚书赵秉忠、侍郎牛应元、通政丁启睿，说他们做事不够锋利，是顽铁钝刀，于是，赵秉忠、牛应元都辞职离开朝廷。
天启二年（1622），山东菏泽的郓城、巨野一带，发生徐鸿儒领导的白莲教起义。起义被平定以后，余党再次煽动。巡抚王惟俭无法控制，黄尊素上疏说：“巡抚这一职务，本来京官和地方官都可以任用，如今全部派京官担任，这等于成了没有地方任职经历的官员的一种练习。”黄尊素又数陈边防事务，极力谴责大将马世龙触犯了首辅大臣孙承宗。
当时，皇帝在位已经数年，但还没有召见过大臣。黄尊素请求：“请陛下在正殿以外的别殿召见大臣，让大臣回答皇帝的询问，面对面决定国家的大政方针。如果不可以，那么是否可以利用讲筵日的空隙，命令大臣面商？”所谓讲筵日，就是专门为皇帝讲经论史的日子。皇帝没有采纳。
天启四年（1624）二月，大风扬沙，白天昏暗不明，仿佛有天鼓鸣响，像这种天气共持续了十天。三月初一，京城地震多次，乾清宫更加厉害。正巧皇帝身体不好，人们更加惶恐。黄尊素极力陈述时政的十种过失，最后说：“陛下厌恶鄙视谏官，使人人心中怀有顾忌，于是大家就抄袭别人所说过的话，谏言只涉及皮毛，没有人敢触及朝廷内部真正核心的事情。如今你看重乳母客氏，比东汉末年太后对待汉桓帝的乳母赵娆更甚。禁军现在已经接近于唐朝末年，内部的祸害比敌国的入侵更加残酷。朝廷里没有运筹帷幄的大臣，边境上没有克敌制胜的将军。掌权者对国家的安危策略糊涂不明，误国者对边境的可耻败仗设法袒护。不在此时推荐任用德才兼备的人、淘汰罢免品行不正的人，反而像冤家对头一样厌恶刚毅正直的人，陛下难道就不为国家考虑吗？”
疏章报入朝廷，魏忠贤大怒，商议对他处以廷杖的刑罚，内阁大臣韩爌大力营救，黄尊素才被从轻处罚，剥夺一年的俸禄。(www.xing528.com)
不久，左副都御史杨涟弹劾魏忠贤，被皇帝下旨谴责。黄尊素愤怒，继续上疏直言，大意是：“天下政权归于宠爱的人，赏罚之权被转移到了旁人手上，这样，天下会太平昌盛吗？天下内外都骚乱不宁，没有人不想吃这些奸人的肉，把这些奸人都放到一边不管可以吗？陛下一定认为这些谨小慎微的人（指太监）可以管理，但不知道如果小看谨小慎微，一旦养大就会无所顾忌；陛下一定认为只有我皇帝能控制他们，却不知道一旦失去控制，就会不可收拾。陛下自登上帝位以来，各部尚书、都察院的御史等，许多都被罢免回家，导致在位的人没有坚定的志向。现在魏忠贤违法的状况，朝廷大臣已揭露无余。陛下如果不早做决断，他的原形显现、面目被揭穿，还会有什么顾虑的呢？魏忠贤一定不肯收住已放开的缰绳，脱胎换骨，重新做人；依附于魏忠贤的人，也一定不肯将已经向前划行的船掉头，暗中融化冰山，消除冰山下面隐藏的危险，而会仍然与士大夫为仇，继续以皇帝作为筹码。若将防御敌人的设施加以巩固，有谁还敢再来危害？不但不会再罢免许多谏官，即使是敌人要发动战争也难了。”魏忠贤看到疏章，更加恨他。
工部郎中万燝在朝廷被处以鞭刑以后，魏忠贤又想廷杖御史林汝翥，各位谏官都到内阁为林汝翥抗争。这时，数百小太监拥入内阁中，捋起袖子，露出胳膊，大肆叫骂。各位内阁大臣低头不敢讲话。黄尊素厉声说：“内阁，是朝廷写诏书的地方，即使管理宦官与宫内事务的司礼监的太监，没有诏书也不敢到这里来，你们这些人竟敢无礼到这种地步！”太监们这才稍稍散去。
没过几天，万燝因为创伤严重而去世。黄尊素上疏说：“法律和判例规定，不是叛逆的十条重罪，是不判处死刑的。如今披肝沥胆的忠臣，竟死于磨牙凿齿的太监。这些人一定奔走相告：我们这些人可借天子的威权谴责百官。后世如果有像春秋晋国董狐那样秉笔直书的史官，写上‘某月某日，郎中万燝因为向朝廷谏言的事情，被廷杖致死’，这难道不是要拖累皇帝至高无上的道德吗！推崇廷杖说法的人，一定会讲这是祖上的规定，但他不知道正统皇帝、正德皇帝两朝，是专权作乱的太监王振、刘瑾所施行的；世宗嘉靖皇帝、神宗万历皇帝两朝，是独断的内阁首辅大臣张璁、严嵩、张居正所施行的。奸人为了自己的意愿，忌恨忠臣义士从旁牵扯，所以，一定借廷杖恣意实行他们自己的主张，使皇帝蒙受拒绝劝谏的名声，这样既使自己获得利用权势的实惠，又使仁人和贤人因为互相搭救，像藤蔓那样互相牵连，从而造成更多的人遭到惩罚。于是，奸人为所欲为，没有顾忌，而最终的祸害却危及国家。万燝如今已经去世，污辱士大夫，杀害士大夫，这种刚露出来的苗头，不应容许其发展滋长。因此，臣请求恢复万燝原来的官职，破格进行赏赐和抚恤，使遗留下来的孤儿能够护送亲人的灵柩回故乡安葬。万燝虽然死了，但他永垂不朽。”疏章报入朝廷，更加触犯了魏忠贤。
八月，河南进贡玉玺。魏忠贤想大操大办这件事，命令进贡的玉玺从大明门进入京城，在宫里举行接受玉玺的礼仪，令百官上表祝贺。黄尊素上疏说：“过去，北宋哲宗皇帝得到玉玺，丞相蔡确等互相争着说这是吉祥的征兆，改年号为元符，宋哲宗皇帝终究不强劲，过了三年就去世。本朝弘治年间，陕西进献玉玺，皇帝只命令取来，赏给了五两银子。这是祖宗的先例，应该依此办理。”举办仪式的事情就这样停了下来。
天启五年（1625）春，朝廷派遣黄尊素视察陕西以茶叶换马匹的交易市场。刚出京都，投靠魏忠贤的工部官员曹钦程就弹劾黄尊素，说他专门打击善良的人，增长了左都御史高攀龙、给事中魏大中残暴的气焰，于是黄尊素被革职。
黄尊素正直敢言，特别有深识远虑，调入都察院担任御史，就是都察院的左都御史邹元标举荐他的。黄尊素劝邹元标说：“京都不是讲学的地方，嘉靖、隆庆年间的首辅大臣徐阶因讲学被弹劾。”邹元标没有采纳他的建议。后来，邹元标因为讲学受人弹劾，遭魏忠贤的打击而辞职回家。
左副都御史杨涟准备上疏打击魏忠贤，给事中魏大中把这件事告诉黄尊素，黄尊素说：“铲除皇帝身边亲信的人，一定要有内援。杨公有内援吗？一旦击不中，我们这些人就没有能活下来的了。”
万燝死的时候，黄尊素规劝杨涟离职避祸。杨涟没有听他的，最终被魏忠贤迫害致死。给事中魏大中准备弹劾投靠魏忠贤的吏部尚书魏广微，黄尊素说：“魏广微是奸臣中最没有气节的人，攻得太急，那么在无路可走的情况下就会采取冒险的行动。”而魏大中没有听从黄尊素的意见，魏广微被魏忠贤拉拢，以兴起大难。
这时，满朝都是东林党人，自然以籍贯形成派系。江西人、给事中章允儒和陈良训，与浙江嘉善人、给事中魏大中，感情上有裂痕。而魏大中想依照法律，取消南京礼部尚书南师仲去世后朝廷给予的待遇。南师仲是陕西人，因此陕西派也多不高兴。黄尊素急忙阻止了这一事情。最后，山西人、佥都御史尹同皋，御史潘云翼，想任用他们的主考官郭尚友为山西巡抚，魏大中因郭尚友多次贿赂朝廷权贵，不赞同该主张。黄尊素引用杜征南多次贿赂洛阳权贵的例子来说服魏大中。但魏大中终究不同意，主张任用担任过嘉善县知县的江西人谢应祥。最终，魏大中被魏忠贤迫害致死。
因依靠东林党而从平民身份获得官职的汪文言，被魏忠贤逮捕入狱。魏忠贤想虚构罪名，陷害东林党。不久，魏忠贤得知事情已被黄尊素化解，非常愤恨。以魏忠贤为首的阉党，也因为黄尊素多次直言进谏，很想杀死他。当时苏州一带有谣传，说黄尊素想仿效正德年间的内阁首辅杨一清诛杀刘瑾的做法，联合苏杭织造太监李实，让其充当正德年间太监张永（和杨一清联手除掉刘瑾的一个太监）一样的角色，还说黄尊素已授给李实密计。魏忠贤非常恐惧，派遣四批密探到苏州刺探情报。刑部左侍郎乌程（今属湖州）人沈演，在老家用书面的形式向魏忠贤陈述说：“事有迹矣。”并派遣使者到李实处，喝骂、申斥李实，索取空印白疏。所谓空印白疏，就是没有盖印，也没有文字的用于上疏的空白纸。在空白的疏纸上写上黄尊素等七人姓名，准备逮捕黄尊素等人。
执行逮捕黄尊素命令的锦衣卫官兵刚到苏州，就遭到苏州百姓的围攻。结果，这些官兵丢失了驾帖。所谓驾帖，就是根据皇帝意思，由刑科签发的逮捕令。他们丢失了逮捕令，自然不敢来逮捕黄尊素。黄尊素听到后，千里赴京，主动投狱。
依附魏忠贤、武进士出身的锦衣卫官员许显纯，依靠魏忠贤当上锦衣卫官员的市井无赖崔应元，这两人审讯黄尊素。他们打遍黄尊素全身，勒索二千八百两，每五天就进行一次审讯、拷打。不久，黄尊素得知狱卒将要谋害自己，就跪拜在地，拜谢皇帝，写诗一首，赴死就义，年四十三岁。这天是天启六年（1626）闰六月初一。崇祯初年，黄尊素被追赠太仆卿，一个儿子被任用为官。南明福王时，黄尊素被追谥忠端。
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