最常见的生物多样性保护方法是先确定濒危物种及稀有物种，然后采取各种保护措施。这一方法最先在陆地上应用，已挽救了许多濒危物种，为它们的生存提供了良好的环境条件，也改善了其他许多常见生物的生存环境。类似的方法在海洋中挽救了许多濒临灭绝的海洋哺乳类，例如鲸类；某些鱼类及珊瑚也被列为保护对象。
许多国家已停止捕鲸，挪威、日本、冰岛等国也同意对捕鲸采取限制措施。尽管如此，大多数的大型须鲸仍然没有恢复到以往的个体数。由于我们对北太平洋露脊鲸等物种保护过迟，在基因水平存在差异的种群已无法避免灭绝。
通过保护濒危物种进行海洋生物多样性的保护存在一些问题。
一个问题是许多物种被定为濒危物种时尚未确定其为何种生物。我们不仅不清楚未知种的情况，也难以掌握已知种的整体分布及种群的情况。栖息地的保护也同样困难，特别是对公海地区的保护。事实上，许多濒危物种是因渔业活动被“偶然”捕杀的。通常，类似的偶然性捕杀难以避免，也难采取相应的对策。(www.xing528.com)
另一个问题是我们不知道濒危物种在生态系统中的作用。一旦其个体数减少到濒临灭绝时，该物种将让出曾占据的生态位，丧失其在生态系统中的重要性。即使事后采取保护措施，也难以确定能否恢复其原先的生态作用。濒危物种如得不到保护，将永远消失。如果生物群落结构已发生变化，那么仅针对濒危物种的保护仅能起到存留其遗传信息的作用，而无沙恢复其生态功能。对濒临灭绝的物种进行保护是必不可少的，但对实现保护陆地及海洋生态系统这一目的却效果有限。
作为“活的基因库”的动物园与水族馆，除了提供启蒙教育及娱乐场所之外，也是人类为保护生物基因资源所做的最后努力。但至少能稍微减轻人类的罪恶感吧。民办水族馆通过动物表演招徕客人，还没有像动物园那样作为基因库发挥保护物种的作用。动物园通过介绍并不常见的野生物种，对提高市民的关注发挥了很大的作用；水族馆通过展现神秘的水生生物，引发人们对海洋的兴趣。但人们是否能由此想到这些生物的栖息地也需要保护呢？美国环境保护团体SeaWeb的调查显示，关于海洋环境，美国人最信赖的信息来源是当地的水族馆。在日本，相关情况如何呢？
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