目前，虽然昭陵妃园寝已经不复存在了，但是其隐藏在历史尘埃里的神秘色彩依旧存在。根据研究和实地调查，昭陵妃园寝存在着以下六个谜团。
（一）妃园寝的始建日期不详
由于档案的欠缺或者记载上的遗漏，昭陵妃园寝的始建日期一直没有发现相关记载；而且谁是第一个入葬这座妃园寝的，目前也不知道；还有，昭陵妃园寝的建筑规制是怎样的，尚不清楚。
（二）妃园寝内的墓葬为何都是土丘
既然这里葬有皇太极的三个名妃，她们生前有身份、有地位，也很得宠，但令人奇怪的是她们的坟丘都是土堆形式。皇太极的昭陵宝顶这时已经发展进步到了夯筑宝顶的形式，为什么这座妃园寝内的宝顶却还是土堆形式呢？如果说昭陵宝顶建于康熙二年（1663年）之后，在时间上属于比较晚的，那么，昭陵妃园寝的一些墓主人也有死在昭陵宝顶建成之后的，为什么没有将这些人的土丘改建成新式的夯筑宝顶呢？目前，这也是一个谜。
（三）妃园寝内葬有何人
目前，已知为皇太极生育过子女的妃嫔有15人，没有生育过子女的或者生育过子女但没有记载的妃嫔有多少，仍不知晓。
妃园寝，顾名思义，就是皇太极的妃嫔集中埋葬的墓地。然而，就已经知道的皇太极妃嫔的15人中，孝端文皇后、孝庄文皇后两人及两名被休弃的妃子没有埋葬在昭陵妃园寝。按理说皇太极至少应该有11个妃嫔葬入昭陵妃园寝，恰巧昭陵妃园寝内正好有11座坟丘。那么，这11人中，除了已知的宸妃、懿靖大贵妃和康惠淑妃3人外，是否其他8人也都葬入了妃园寝内，目前也不知晓。
（四）妃园寝名称的改变
在历史上，昭陵妃园寝曾有过一次名称上的改变。乾隆朝称此园寝为“宸妃、懿靖大贵妃园寝”，到了嘉庆朝，此园寝名称则变成“懿靖大贵妃园寝”。为什么将宸妃的名字从园寝的名称中去掉呢？
据沈阳的李凤民、陆海英两位老师分析，这很可能出于两个原因：
1.懿靖大贵妃生有子嗣，其子博穆博果尔还被封为襄亲王；而宸妃没有子嗣。
2.懿靖大贵妃比宸妃更尊贵。其理由是，懿靖大贵妃是顺治帝加封的徽号，死后徽号又成为谥号；而宸妃只是在清太宗皇太极时期有封号和谥号，此后并没有再加谥号。(www.xing528.com)
由于档案的欠缺，具体改名原因为何，目前仍是一个未解之谜。
（五）宸妃何时葬入妃园寝
据记载，宸妃死后的第二天，即崇德六年（1641年）九月十九日，其棺椁就被安葬在城北地载门外五里的殡所，三天后火化。皇太极每次城北狩猎回来，途经宸妃墓时，总是下马祭奠哭诉一番。崇德八年（1643年）二月初十日正式葬入地宫。之后，到了乾隆年间，发现《清实录》上记载的祭奠宸妃地点已经是在昭陵妃园寝了，而且当时其尊贵地位是昭陵妃园寝的首位。于是，这里就出现一个疑问：宸妃是什么时候改葬到昭陵妃园寝的？对此，目前也没有合适的说法。
（六）妃园寝内的墓葬位置
昭陵妃园寝的坟丘排列很有规律和特点：中间为4个，分为前后两排，每排2个；左右两侧为南北顺序排列，东侧是3个，西侧是4个。
根据坟丘位置的尊卑关系分析，中间4个坟丘的主人中应该包括该园寝身份地位最高的懿靖大贵妃、宸妃和康惠淑妃。其他的则是地位稍低的侧妃、庶妃等。由于档案的欠缺，具体这些坟丘都是哪些妃子的，目前一切都只是推测，这些人在妃园寝内的墓葬位置是如何排列的，亦尚不知晓。
【注释】
[1]囊囊，是汉语“娘娘”的音译字。
[2]据《清初国史院满文档译编》（上册）记载，天聪八年（1634年）闰八月十八日归属皇太极。当时林丹汗属下寨桑衮出斯僧格娶斯琴图大福晋，皇太极知道后，以“衮出斯僧格叛其主后，又擅娶其主之福晋，非臣子之义”为由，于当日令其离婚。
[3]据《清初国史院满文档译编》（上册）记载，天聪八年（1634年）闰八月十八日归属皇太极。当时林丹汗属下寨桑衮出斯僧格娶芭德玛瑙伯奇福晋，皇太极知道后，以“衮出斯僧格叛其主后，又擅娶其主之福晋，非臣子之义”为由，于当日令其离婚。
[4]斡耳朵，蒙古语“ordo”的音译，汉语译为宫帐或宫殿，这里可以简单地理解为蒙元和后来的北元、后金及蒙古汗王、福晋、王子乃至公主等管理的部众。
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