原生动物分布极广，很多为世界普生性种类。几乎在地球上有水的地方就有其存在。自由生活的种类，多数分布于淡水，尤其是含有机物、细菌及藻类丰富的静止淡水小水体中。原生动物的食物主要是单细胞藻类、细菌、各种有机碎屑及其他种的原生动物。
原生动物对各种环境因子的变化有相当强的忍耐力，但不同种类对环境都有特定的要求，如水温、pH、含氧量以及水域中的生物组成和食物关系等。因而，原生动物的分布有季节的差异、不同类型水域的差异，相邻近的水域，原生动物的种类组成和数量也有较大差异。
在同一水环境中，温度对原生动物的数量有明显的影响，对种类组成无大影响。因此，夏季和冬季水体中原生动物差别主要是个体数量变化。大多数原生动物最适温度为16℃～25℃。最适pH值为6.5～8.0，多数原生动物能忍受天然水体pH值的大幅度变化。
水域中有机质的含量对原生动物有很大影响。不同种类的原生动物适于生活在含有不同的有机质的水中。水中原生动物的种类可以指示水体受污染程度和废水生物处理的效果，如某些草履虫和钟形虫等常大量出现在严重污染、腐败的水体中，而在中度污染、有机质较丰富的水体中，原生动物的种类最多。(www.xing528.com)
在同一水体中，食物关系与原生动物的分布、数量变化密切相关，如在低溶氧量、低pH值、高二氧化碳水体中，草履虫先大量出现，之后以草履虫为主要食物的原生动物栉毛虫等会大量出现，随之草履虫的数量减少。此外，原生动物与单细胞藻类存在着共生现象。
许多在水中自由生活的原生动物是鱼、虾、贝类直接或间接的天然饵料，亦对水体净化起一定作用。大量繁殖则危害渔业。寄生性种类有的对人体、禽畜和鱼类造成病害。原生动物是研究生物科学基础理论的好材料。
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