单细胞，细胞壁由左右两瓣组成。鞭毛2条，不等长，位于细胞前端，1条直伸向前方，另1条螺旋环绕于细胞前端，是茸鞭型。本亚纲种类，在我国全为海产。
亚纲分目检索表
1（2）细胞壁可纵分为两半，纵裂线不明显………………………纵裂甲藻目（Desmomonadales）
2（1）细胞壁可纵分为两半，纵裂线明显…………………原甲藻目（双甲藻目）（Prorocentrales）
（一）纵裂甲藻目（Desmomonadales）
单细胞，细胞壁纵分为两半，纵裂线不明显。鞭毛2条，不等长，生于细胞前端，1条伸向前方，1条螺旋环绕于细胞前端。本目仅1科，即纵裂甲藻科（Desmomonadaceae），1属，即纵裂甲藻属（Pleromonas）。
纵裂甲藻属（Pzeromonas）特征同上。主要代表种类为啮蚀纵裂甲藻（P.erosa）。
啮蚀纵裂甲藻（P.erosa）细胞呈卵形，前端略凹入，由此生出2条带状鞭毛，如图1-3-1所示。细胞壁薄，由左右大小不等的2瓣组成。色素体大，片状，有蛋白核。以细胞分裂进行繁殖。
图1-3-1 啮蚀纵裂甲藻
（二）原甲藻目（双甲藻目）（Prorocentrales）
细胞壁纵裂为两半，纵裂线明显。仅1科，原甲藻科（Prorocentraceae），常见为原甲藻属（Prorocentrum）。(www.xing528.com)
1.原甲藻属（Prorocentrum）
细胞呈卵形或略呈心形，左右侧扁，如图1-3-2所示。鞭毛2条，从细胞前端两半壳之间伸出。在鞭毛孔旁两半壳之间或在一个壳上，有一齿状突起。壳面上除纵裂线外，布满孔状纹。鞭毛基部有1个细胞核或1～2个液泡。色素体2个，片状侧生或颗粒状。常见种类有海洋原甲藻（P.micans）、利马原甲藻（P.lima）、微小原甲藻（P.minimum）、反曲原甲藻（P.sigmoides）。
2.卵甲藻属（Exuviella）
细胞椭圆形，前端比后端略窄些，左右侧扁，与原甲藻属的主要区别是无齿状突起，仅在鞭毛孔周围有一圈很小的齿状突。常见种类有滨海卵甲藻（海生卵甲藻）（E.marina）。
滨海卵甲藻（海生卵甲藻）（E.marina）（见图1-3-3）细胞长36～50 μm。本种为世界种，分布广泛。除近岸浮游生活外，有时栖息于海滩上。
图1-3-2 原甲藻属
a.海洋原甲藻 b.利马原甲藻（海生卵甲藻）
图1-3-3 滨海卵甲藻
c.微小原甲藻 d.反曲原甲藻
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