藻体为单细胞或群体，无藻殖段和异形胞，细胞球形、椭圆形、棒形、纤维形等，单细胞种类较少，少数形成球状、平板状、团块状或立方形群体。具个体或群体胶被，胶被均匀或分层。繁殖方式为细胞分裂、群体碎裂。本目几乎全部为淡水产，多营浮游生活。
色球藻目分属检索表
1（4）藻体为单细胞或由少数细胞组成不定形的群体。
2（3）细胞纤维形、纺锤形、弓形或“S”形，两端尖锐……………蓝纤维藻属（Dactylococcopsis）
3（2）细胞椭圆形、圆柱形、两端钝圆，单细或2～4个细胞在一起，无群体胶被，细胞直………………………………………………………………聚球藻属（Synechococcus）
4（1）藻体为多数细胞集合在一起组成群体。
5（10）群体胶被均匀，细胞排列不规则，无明显个体胶被。
6（7）群体几乎都营浮游生活，群体无一定形状，细胞密集……………微囊藻属（Microcystis）
7（6）群体具一定形状，细胞不十分密集。
8（9）细胞球形……………………………………………………………隐球藻属（Aphanocapsa）
9（8）细胞杆状以至短圆柱状……………………………………………隐杆藻属（Aphanothece）
10（5）群体胶被分层，有明显个体胶被。
11（12）群体胶被明显而规则地分层………………………………………色球藻属（Chroococcus）
12（11）群体胶被不明显或不规则地分层。
13（16）群体中细胞作辐射状排列。
14（15）细胞心形、楔形或类椭圆形…………………………………楔形藻属（Gomphosphaeria）
15（14）细胞球形、半球形……………………………………………腔球藻属（Goelosphaerium）
16（13）群体中细胞不做辐射状排列。
17（18）细胞规则地纵横排列，成平板状………………………………平裂藻属（Merismopedia）
18（17）细胞排列成立方形……………………………………………………立方藻属（Eucapsis）(www.xing528.com)
（一）微囊藻属（微胞藻属）（Microcystis）
藻体是由多数小形细胞密集排列形成的群体，群体呈球形、近椭圆形、不规则形、穿孔状等形态。群体胶被明显或不明显，均匀无色，无个体胶被，细胞内常有无数颗粒状的伪空泡，如图1-2-4所示。
图1-2-4 微囊藻属
微囊藻是极为常见的一种浮游藻类，常在富营养水体和养鱼水体中大量出现，分布很广。在温暖季节大量繁殖，使水体呈灰绿色，形成砂絮状水华，当被风浪吹涌到一起时，在水面形成一层铜绿色油漆样膜状覆盖物，并散发出臭气，渔民称其为“湖靛”。水体出现微囊藻水华是水质不良的表现，会对水产养殖生产产生不良影响，继续发展，会出现藻体大量死亡，藻体残体分解产生有毒物质，可对鱼类及其他水生生物产生致命危害。
（二）蓝纤维藻属（Dactylococcopsis）
藻体为单细胞或群体，细胞细长呈纤维形、两端尖，纤维形细胞直或弯曲成弓形、“S”形或不规则形。细胞内含物均匀、淡蓝绿色。群体胶被无色透明，如图1-2-5所示。
图1-2-5 蓝纤维藻属
（三）色球藻属（蓝球藻属）（Chroococcus）
本属的少数种类为单细胞，多数种类为2、4、6以至更多（但很少超过64个或128个）细胞组成的群体。群体胶被较厚，均匀或分层，透明无色或呈黄褐色。藻体细胞球形、半球形或卵形，个体胶被均匀或分层，内含物均匀或具小颗粒，有或无假空泡，灰色、淡蓝绿色、蓝绿色、橄榄绿色、黄色或红色等，如图1-2-6所示。
图1-2-6 色球藻属
（四）隐球藻属（Aphanocapsa）
藻体由两至多数细胞组成球形、卵形、椭圆形或不定形的胶状群体，直径可达几厘米。群体胶被厚而柔软，无色、黄色、褐色或蓝绿色。细胞球形，个体胶被不明显或仅有痕迹。2～4个细胞成一组，每组之间有一定距离。细胞内含物均匀，浅蓝色或亮蓝绿色或灰蓝色。无假空泡，如图1-2-7所示。本属淡水和海水中均能生存，但以淡水种类较多。
图1-2-7 隐球藻属
（五）平裂藻属（裂面藻属）（Merismopedia）
藻体为多细胞浮游群体，群体由一层细胞很规则地排列成纵列、横列。细胞椭圆形或球形，通常每两个细胞两两成对，两对一组，四组成一小群，集合许多小群体而成一平板状群体。个体胶被不明显，群体胶被无色，透明而柔软，如图1-2-8所示。本属种类藻体微小，为常见浮游藻类，但量不多。
图1-2-8 平裂藻属
（六）腔球藻属（Goelosphaerium）
藻体为多数细胞组成中空球形、椭圆形、长圆形群体，群体胶被宽厚、透明无色，或胶被上具辐射状条纹，如图1-2-9所示。群体细胞在胶被表面下呈辐射状排列，细胞球形、椭圆形、卵形。有或无假空泡，营浮游生活，也是形成水华的常见种类。
图1-2-9 腔球藻属
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