藻类植物虽然种类繁多，但根据它们所含色素的种类、数量，贮存物质，鞭毛的着生位置、数目、长短比例等，我国藻类学家一般将其分为11个门：蓝藻门（Cyanophyta）、金藻门（Chrysophyta）、黄藻门（Xanthophyta）、硅藻门（Bacillariophyta）、甲藻门（Pyrrophyta）、隐藻门（Cryptophyta）、裸藻门（Euglenophyta）、绿藻门（Chlorophyta）、轮藻门（Charophyta）、褐藻门（Fhaeophyta）、红藻门（Rhodophyta）。浮游藻类一般多见于前8个门，轮藻门、褐藻门和红藻门主要是大型藻类。
分门检索表
1（2）细胞无色素体，色素分散在原生质中。贮存物质以蓝藻淀粉为主……………………………………………………………………………………蓝藻门（Cyanophyta）
2（1）细胞具有色素体。贮存物质为淀粉或脂肪或其他物质。
3（4）细胞壁由两个硅质壳上下套合组成。壳面具有左右对称排列或辐射排列的花纹…………………………………………………………………硅藻门（Bacillariophyta）
4（3）细胞壁不由两个硅质壳上下套合组成。
5（8）营养细胞或动孢子具横沟和纵沟，或仅具纵沟。
6（7）无细胞壁或细胞壁由一定数目的纤维质板片组成…………………甲藻门（Pyrrophyta）
7（6）无细胞壁或细胞壁不具纤维质板片…………………………………隐藻门（Cryptophyta）
8（5）营养细胞或动孢子不具横沟和纵沟。
9（14）色素体绿色，罕见灰色或无色。贮存物质为淀粉或副淀粉。
10（11）植物体大型，分枝，规则地分化成节和节间……………………轮藻门（Charophyta）(www.xing528.com)
11（10）植物体为单细胞、群体、多细胞的丝状体或叶状体，无节和节间的分化。
12（13）植物体多为单细胞，少数为群体。游动细胞顶端具1、2或3条鞭毛。有时无色。贮存物质为裸藻淀粉…………………………………………………………裸藻门（Euglenophyta）
13（12）植物体为单细胞、群体、丝状体或薄壁组织状等。游动的营养细胞或动孢子具2条（少数为4、8条等）等长、顶生的鞭毛。罕见无色。贮存物质为淀粉……………………………………………………………………………………绿藻门（Chlorophyta）
14（9）色素体为红色、黄色、黄绿色，有时呈淡绿色。贮存物质为红藻淀粉、白糖素、甘露醇或褐藻淀粉。
15（16）色素体为红色或有时呈绿色。生活史的任何时期均无有鞭毛的细胞。贮存物质为红藻淀粉……………………………………………………………………红藻门（Rhodophyta）
16（15）色素体不呈红色。游动细胞或生殖细胞具2条（罕见3条）不等长的或等长的鞭毛。贮存物质为白糖素、脂肪或甘露醇。
17（18）色素体褐色。植物体常为大型的丝状、壳状、叶状，有的具假根、茎、叶的分化。游动孢子肾形，具2条侧生的鞭毛。贮存物质为褐藻淀粉和甘露醇…………褐藻门（Fhaeophyta）
18（17）色素体黄绿色、金褐色或淡黄色。植物体常为小型的单细胞、群体或丝状体。游动细胞具1、2或3条等长或不等长的鞭毛。贮存物质为白糖素或脂肪。
19（20）色素体金褐色或淡黄色。植物体通常是小型的单细胞或群体。游动细胞具1条或2条等长，或不等长的鞭毛，罕见3条。有的则为变形虫状………………金藻门（Chrysophyta）
20（19）色素体黄绿色。植物体为单细胞、群体或丝状体。游动细胞具2条不等长的鞭毛。单细胞或群体种类的细胞壁常由两瓣片套合组成，丝状种类由两个U形节片合成………………………………………………………………………黄藻门（Xanthophyta）
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