穿过西式门楼，此即总统府大堂，典型的中式建筑样式。大堂面阔七开间，东西长33.19米，南北宽19.3米，两边各有一间耳房和一道砖门，门楣上均有砖雕匾额，分别刻有清峙、琼树、飞黄、璇灥字样。“清峙”乃清丽峻拔之意，喻意品格高洁刚毅。“琼树”是树的美称，亦称瑶林琼树，比喻人品美好。“飞黄”是传说中神马的名字，作“飞黄腾达”之解。“璇灥”意为园中湖水由玉石中流出的清泉积聚而成，形容品德高尚。
大堂东西侧门楣上的砖雕
大堂主脊上的鸱吻兽造型
油画《太平风云》作者 李建国
1853年，太平天国定都天京，天王洪秀全率诸王与清朝政府形成分庭抗礼之势
油画《厘治两江》作者 王浩辉
两江总督修饬封疆，厘治军民，管辖江南、江西地区，定制一人，驻江宁。江南分省后，节制江苏、安徽、江西巡抚，辖江苏、江宁、安徽、江西四布政使（左起：张之洞、李鸿章、左宗棠、曾国藩、刘坤一）
1910年的两江总督署大堂
两江总督署历史上曾兴建过两次。顺治二年（1645年）清军攻克南京，为加强对周边地区的统治、剿灭反清势力，改南京为江南省（辖江苏、安徽），改应天府为江宁府。顺治四年（1647年）7月初设江南、江西、河南三省总督，首任总督马国柱在此修建总督衙署。据文字记载，嘉庆末年（1820年）十二月初三，孙玉庭两江总督任上，大堂遭遇大火，虽经众人奋力扑救，建筑均遭彻底焚毁。1853年3月，太平军攻入南京，两江总督陆建瀛仓皇出逃，洪秀全下令将原大堂拆去，在此兴建天王府的金龙大殿。现存大堂建筑则是由曾国藩重建于清同治年间。
1864年7月末，湘军总兵熊登武据一宫女密告，在天王府大殿内掘地挖尸
1932年1月1日，林森就任国民政府主席后，在国府大堂与军政主官们合影
1939年的伪维新政府行政院大堂
太平天国时期这里为天王府荣光大殿所在，亦称“金龙殿”，是洪秀全上朝时接受百官朝拜的地方，当年梁柱涂金，富丽堂皇。然而天京事变使太平天国元气大伤，天国神话逐渐破灭。及至1864年，被围数月的天京城内风声鹤唳，人人自危，李秀成一再劝天王率众突围，让城别走，被洪秀全断然拒绝。最后关头，洪秀全精神崩溃，食“甜露”（即苔藓与野草的混合物）而病倒，最终在湘军隆隆炮声和后宫粉黛嗟怨中一命归西，他死后48天，天国大厦终于分崩离析。洪秀全人生的最后时刻凄惨而悲凉，留给后人太多的感喟。
1864年7月19日，天京内外黑云密布，火光冲天。正午时分，曾国藩九弟曾国荃一声号令，太平门城墙在如雷巨响中被炸塌二十余丈，“砖石飞落如雨，各军为石击伤数十名”，一时间“烟雾塞空，蔽钟山，下半不见” ，爆炸声撼动了整个天京城。数万杀红眼的湘军如决堤洪水呐喊着蜂拥而入，太平军数千人拼死堵御，两军“鏖战三时之久”，守城太平军再也无法抵挡，战至傍晚，九门皆破，天京失陷。湘军“见人即杀，见屋即烧”，将天京城翻了个底朝天，目的就是要活捉“逆首”，洪秀全却踪迹全无。
实际早在天京陷落前，洪秀全便已撒手人寰，死后浑身上下用黄色锦缎包裹得严严实实，按宗教仪式葬于天王府内。湘军总兵熊登武最终在一名黄姓宫女的指引下，派人在天王府大殿内掘地挖尸，将所得尸身扛到雨花台湘军大营给曾国藩等人验看——曾、洪这两个搏杀多年的生死冤家此前从未谋面，不料竟以如此奇特的方式聚了头。李圭《金陵兵事汇略》所引曾国藩奏折称：“该逆尸遵尚邪教，不用棺木，遍身皆用绣龙黄缎包裹，虽缠脚亦系龙缎，头秃无发，须尚全存，已间白矣，左股右膀肉犹未脱。验毕，戳尸举烈火焚之。”清军奉令刀斧齐下，先将洪尸剁为肉酱，再用大火烧成灰烬。近世以来，关于曾国藩如何对待宿敌尸体曾流传过如下一种说法，即曾大人因仍不解恨，命人将其骨灰拌入火药，填进炮弹发射出去，定要让洪逆灰飞烟灭，阴魂无归——但这不过是小说家对历史的离奇演义罢了。清军攻陷南京后大肆掠夺，最终大火将“金龙殿”与天朝宫殿化为灰烬。
油画《共和肇始》作者 陈世宁
1912年1月，孙中山组织中华民国临时政府，中国第一个共和制的国家政权诞生（左起：教育总长蔡元培、陆军总长黄兴、大总统孙中山、参议院议长林森、总统府秘书长胡汉民、法制局局长宋教仁）(www.xing528.com)
油画《国府西迁》作者 时卫平
1937年11月，日军迫近南京城。林森率国民政府仓促西迁重庆（左起：立法院院长孙科、国府主席林森、监察院院长于右任、行政院院长蒋介石、司法院院长居正、考试院院长戴季陶）
各个时期大堂上曾悬挂的御笔匾额有很多，分别是 康熙为两江总督傅腊塔题“政素两江”、为于成龙题“高行清粹”， 乾隆为于成龙题“清风是式”、为黄廷桂题“秉钺三江”，为尹继善题“惠洽两江”，道光为陶澍题“印心石屋”，同治为曾国藩题“勋高柱石”，光绪为曾国荃题“东南再造”等。
1911年辛亥革命后，17省代表推举孙中山为中华民国临时政府的大总统。1912年元旦，孙中山从上海来到这里。当晚11点左右，中华民国临时大总统就职典礼正式开始。典礼本打算在大堂举行，因南京冬季特别寒冷，就移到大堂后面的暖阁举行。是时，南京北极阁炮台发出礼炮21响，下关江面上的军舰也拉响汽笛。中国历史上第一个民主共和国——中华民国从此诞生。为纪念这个划时代的历史事件，现在大堂正中悬挂一幅暗红底金字大匾，上有孙中山手书“天下为公”四个大字。孙中山经常题写这四个字赠送给友人和部属，以表达“国家的权力为天下人所公有”的思想。
1949年4月25日，人民解放军占领总统府后的大堂
现在墙壁上悬挂的六幅油画，依次为表现太平天国起义的“天国风云”，展示清朝两江总督时期的“厘治两江”，描述孙中山革命的“共和肇始”，反映南京陷落前夕的“国府西迁”，讲述国共两党谈判的“国共和谈”，以及南京最后解放的“煦园曙光”，艺术再现了一百多年来中国近现代史上曾经在此叱咤风云的历史人物。
据记载，大堂曾于1935年悬挂过蒋介石题写的“天下为公”匾额，日军占领南京后便不知去向。1948年5月20日蒋介石“当选”总统后，并非每天都到总统府，大部分时间是在距此不远的黄埔路中央军校“憩庐”官邸办公，只有接受外国大使递交国书、接见外宾、召开重要会议、参加总理纪念周等例行公事时才到总统府来。从憩庐到总统府坐汽车仅需几分钟，但每次蒋介石到达前，总务局事先都要周密布置，以防不测。车队出发后，沿途黄埔路、中山东路、汉府街实行半戒严，进入国府路后则是全戒严，三步一岗，五步一哨，每个岗亭传达通知下一个岗亭，直至总统府大门的哨兵。汽车驶入国府路时，门口哨兵立即按铃，通知院内仪仗队作好准备。车队一进大院，仪仗队立即吹号奏乐。接着总统府参军处及局以上办公室的信号灯一同亮起，电铃连响三声，表示蒋介石一行已经入府。蒋介石座车可直接驶入大堂，到中堂下车，其他车辆到大堂前候命。蒋介石下车后，经麒麟门，过政务局，进入办公楼，上电梯，至二楼办公室。如果是参加外事活动或其他重要场合多在八字厅与礼堂进行，他就不去后面子超楼办公室了。
中轴线玻璃穿堂的东侧墙壁上有一传达窗，清同治年间重修两江总督署时开启，用于夜间接收转呈公文、查验来人身份，类似今天的传达室。民国初年传达室西墙打通，该窗被砌封，2007年维修时重新发现，现已恢复原状供游人参观。
传达窗在清两江总督署时主要在晚上使用。穿堂关闭后，窗内点灯用于内外传达
油画《国共和谈》作者 陈世和
1946年5月，国民政府还都南京后，周恩来率中共代表团与蒋介石国民党当局继续进行和平谈判（左起：董必武、廖承志、周恩来、陈诚、蒋介石、张群、邵力子）
油画《煦园曙光》作者 陈坚
1949年4月23日，南京解放。渡江战役总前委领导先后进入总统府（左起：三野副司令员粟裕、二野司令员刘伯承、二野政委邓小平、三野司令员陈毅）
经国家文物局批准，2017年12月南京中国近代史遗址博物馆对大堂古建屋顶进行大修，图为修缮工程场景
大堂内部36根朱红立柱，高大伟岸，气势非凡
2018年修葺一新的大堂屋顶
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