就在台湾第五次抗英胜利后不久，局势急转直下。由于英军攻破吴淞口，连陷宝山、上海、镇江、兵临南京城下，立场忽硬忽软的宣宗最后选择了投降的道路，派耆英、伊里布等与英军签订屈辱的《江宁条约》，答应英方提出的苛刻条件。堂堂天朝，竟败于从未正视过的“夷”人之手！消息传出，爱国者无不痛心扼腕。
当琦善最初在广东推行所谓“和议”即卖国投降时，姚莹便在《复颜制军书》中斥琦善等为“失机误事”，致“海隅义士无不疾心攘臂”。后来，在英国侵入长江，连破重镇，所谓“和议”之论又大行时的情况下，姚莹又在《再复怡制军言夷务书》中斥之为：“虽未急迫万分，何遂至是！”而且根据自己对战争性质和敌我力量对比的分析，坚信：“再持数月，夷将自溃。”然而，宣宗已吓破了胆，终以“和议”而投降。姚莹对此，更是遗憾万分，在《复光律原书》中，叹为：“可骇可耻之事，书契（自有文字记载）以来所未有也。忠义之士，莫不痛心疾心，日夕愤恨。”
作为爱国者和卓有成绩的抗战派官员，因鸦片战争的如此结果而悲愤，是完全可以理解的。然而，他还不知道，对他的迫害也正因鸦片战争的如此结果，正在酝酿之中。其事起于战俘问题。
鸦片战争期间。台湾共获俘虏187名。其中，从纳尔布达号俘获133名，除因受伤及在途、在监身毙者外，遵旨解至台湾府城审讯者119名。台湾镇、道据所供彼等皆曾侵扰沿海各省，“实属罪大恶极”奏请立即在台湾进行正法，以大快人心。可是，朝中御史却建议解交福建省办理。台湾方面则以台湾需派兵押解俘虏过海才能到福建，但不安全，容易被敌船劫持为由，不同意交福建办理。最后，皇帝下令：“在台正法，所见甚是，着即照议办理。”第二次所俘阿纳号54人，则奉旨：“取供之后，除逆夷头目暂行禁锢，候旨办理外，其余各逆夷与上年所获百三十余名，均着即行正法，以纾积忿而快人心。”当时，南京的“和议”正在进行。当台湾审讯查明俘虏，将所供及名单上奏后，却又奉旨：“该处所获逆夷，讯供后如尚有未经正法者，著暂行拘禁，听候谕旨。”之所以改变原令，其实是因为《江宁条约》业已签订，投降派生怕别生事端。台湾遵旨，除将两次所获11名头目严加禁锢外，将其余两次所获俘虏139名，于1842年7月初在台湾府城正法。
至10月下旬，又奉旨：“将未经正法之各夷人妥速解省，由（总督）怡良等转交该夷目领回。”正准备安排解省，又有“夷船一只在北路全包里洋面遭风击碎，人皆溺海”，为淡水厅官员救获25人，姚莹下令妥为照看。11月3日，英驻厦门提督派员持闽浙总督怡良文书至台湾领人，姚莹不顾所属官员担心其被扣留，亲送英俘9名（另2名已病死）至英船交接。11月8日，淡水厅把因遭风被俘的25名英军也送来，交给英使。姚莹又派员随该船渡海赴省交差。宣宗之所以下令移交俘虏，是因为《江宁条约》有此规定。台湾抓获俘虏一事虽至此了结。但因此酿成的问题，却未结束。
当台湾首次获俘以后，苦于厦门失守，无计收复的闽省官员，如获救命稻草，即谋划与英“和议”，以台湾战俘交换厦门。先由泉州知府致函姚莹商量。一向反对所谓“和议”，坚信抗战必胜的姚莹，当然不会赞成。他在《复泉州守书》中明确指出：“此事若出在英夷则可”，因为地乃侵占，以地易人，“无损兵威”。“今夷初无此意，方且大肆邸张，既据厦门，旋夺定海，又寇乍浦，所至残破，其势甚锐，而志益骄，藐视中国甚矣。彼方以厦门为……通浙粤之咽喉，安肯以百余被获不甚爱惜之人，遂弃其胜算哉！”“设夷挟其狡诈之威，阳许还我厦门，及囚人既得，仍逗留不去，或巧易他词复夺厦门，又将何以处之？”况且，当时海面常有“夷船”，“解夷囚，人至百余，事难秘密，”万一走漏消息，“徙为所劫耳，何能（安全）至泉州、福州，待我之求耶？”故坚决表示：“此计断不可行。”其实，泉州知府不过是代总督试探。总督明知圣旨已命将俘“即刻正法”，不能公开违旨，所以找人来说。试探既碰了一鼻子灰，眼看台湾镇、道一再被褒赏，自己却因不能收复厦门而屡受督责，内心能不忌妒、愤恨？
台湾第二次获俘后不久，因英军入长江致“和议”之风大抬头。福建当局又谋以俘虏换厦门。这次，改由首府福州知府出头致函姚莹。针对来信关于杀俘必招敌人报复的说法，姚莹首先指出：已接到将头目以外的俘虏都斩首之旨，这是不能更改的。然后他指出：对待外敌的侵略只能勇敢抗争，怎能害怕报复。敌人也是欺软怕硬，即使他们大队人马再来，也是为了侵占，未必就是由于杀俘虏的原因，不然的话，以前我们未杀他们的人，为何一再来台湾窥伺？
因俘虏事得罪省里还不算，更有英方出来不答应。英公使璞鼎查据报二船被俘者仅生还九人，一面在广州提出交涉，一面派人持状投递沿海诸省当局，要求转奏，更在所占厦门张贴公布其1842年11月23日“分行刊刻英汉字文，传示天下诸国”的告示。其中，先把两船说成民船，在“海面遭风击破”船民逃生上岸，“俱被拿获，”“被台湾镇总兵等官凶心歼杀”，“且闻该官称说因奉王命，是以敢行杀戮”。要求：“将台湾狠心假奏妄杀之凶官达洪阿等，即刻去官正法，将其家财入官，照数若干，全交英官分济无辜妄死之家属。”最后，并以“无致干戈复起”相威胁。(www.xing528.com)
明明是连扰沿海（众俘供词可证）、并有“旗帜、号衣、枪炮、刀甲、公文印册”为凭的侵略者，竟说成遭风民船，自然是不值一驳的鬼话。然而，沿海督、抚早被英人吓倒，福建当局更乐得挟洋人以泄积忌，宣宗更因杀俘系据其命令，生恐事态扩大。于是，达、姚的获罪也就势所难免。
1843年2月24日，闽督怡良奉旨渡海至台。次日，传旨“查办”，达洪阿、姚莹被革职查讯。姚莹在《再与方植之书》中述当时“夷为原告，大臣靡然从风”，“成见早定，不容剖陈”，“委员迫取结状，多方恐吓，不得不遵”。“于是，镇、道冒功之案成矣，”。奏上，奉旨解京。4月，内渡。5月，自福州押解北京。
什么“冒功”！纯是冤枉。正如姚莹在《奉逮入都别刘中丞书》中所说：“夫冒功者，必掩人之善以为已美也，未有称举众善，而谓之冒功者也”。其实，姚莹也深知“英人，所诉为妄杀”，但将获俘正系遵旨执行，怡良只能巧为回避，另设题目。纵不是“冒功”，也必然会造出别的罪名。根本原因是英人必欲追究。因而，唯有引咎以全大局。他在《与光律原书》中沉痛地说：“不惜微躯以全大局，纤国家之难，亦其志也，夫何憾焉！独念以天朝全盛之力，绌于数万里外之丑夷，失人心，伤国体，竟至不可收拾，是不能无恨耳”。
当怡良在“查办”时，“见镇、道逮问，精兵千人攘臂呶呼，气势汹汹，达镇军惧激变，亲自循巡，婉曲开辟，众兵乃痛哭投戈而罢。士民复千百为群，日匍匐于总督行署，纷纷佥呈申诉者，凡数十起”。著名诗人、姚莹挚友张际亮，专候于起解必经之苏州，弃家陪同姚莹北上，解其苦行之寂寞，并欲至京后递呈都察院，为鸣不平。福建巡抚刘鸿翱甚至当面对姚说：“此行非辱”！这些已足令姚莹感动，认为是：“直道自在人间”。
10月5日，姚莹至京入刑部狱。照旧引咎请罪，供词既上，宣宗说：“台湾事，朕已知之，毋庸阅也。”16日，得释。出狱后，才知道：自台湾镇、道被查办以后，朝中许多御史纷纷上疏，为他们辩冤；“一时，中外做诗著论者甚众，闺阁中亦多感咏”。姚莹因而“感成一律”，有句云：“微名讵遂倾中外？国是从来有屈信。”又听说：当他们入狱时，两广总督、《南京条约》的议定者耆英曾致函京中大员，必欲将达、姚置之死地，甚至警告说：“不杀台湾镇、道，我辈无立足之地！”而时任盛京刑部侍郎的斌良，却因“查办”台湾镇、道事，致书其弟怡良说：“事关千秋公论，苟欠斟酌，何以入先茔乎！”后在四川闻斌良死讯，姚莹特别赋《哭斌少司寇》诗，有句云：“与君生不识，同恨是和夷！”
1843年末，奉旨：“姚莹著以同知知州，发四川补用。”因“冒功”而降为文正五品，以前听赏二品顶戴等皆黜罢。姚莹从54岁到59岁的重官台湾，本是他生平事业中最为世人称道的时期，却因爱国获罪，黯然收场。后来，他把这一期间的奏章，汇集为《东溟奏稿》以存当时实录。该书和前次任官台湾后所成之《东槎纪略》，都是关于台湾历史的重要文献。除此之外，该书还是关于鸦片战争的重要著作。
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