排污权交易机制以市场化手段推动污染减排，主要的优点包括：第一，可以控制每个时期的污染物总排放量。第二，通过经济个体的自我选择，使耗费自然资源的权力集中到效率最高的企业，可以保证经济的持续增长，以最低的社会成本实现污染减排，达到帕累托最优。第三，可以减轻政府通过行政命令管理污染减排所需要的信息收集负担。第四，可以激励环保监管机构的工作努力，使其努力目标和收入提高的方向保持一致：若环保机构的收入来自于环境税，则污染排放越多，环保监管机构的收入就越多，努力推动企业减少排污就意味着环保监管机构的收入越少；而在排污权交易的情况下，允许企业排污量越少、排污监管越严格，则排污权价格越高，环保监管机构的收入就越多。
但是，从现实情况看，虽然排污权交易机制出现了几十年，至今仍然没有成为世界污染减排的主流机制。这是因为排污权交易机制也存在一些缺点，主要包括：
第一，存在逻辑困境。当企业排放的污染物影响的地理区域不确定时，比较适合使用排污权交易机制，比如废气等；否则，直接向企业征收环境税，用于改善直接受到污染的地区的生态，以及补偿当地的居民，将会更加简单、有效和公平。环境税是各地政府能够控制的灵活的政策工具。各个地区和国家，天然地存在地方保护主义。当地企业若面临外地企业的强有力竞争时，地方政府会或明或暗地通过降低环境税来支持企业。澳大利亚政府就为了保持企业竞争力而取消了碳税。因此，当污染物能够移动到其他地区时，当地政府没有动力推动排污权交易。
第二，排污权交易机制的实施难度和成本，比环境税机制大。要成功进行排污权交易，必须建立完善的交易市场，制定合理的交易规则，配套强有力的法律保障体系。另外，为了保证市场本身的有效性，还得保持适当的交易规模，以及引入做市商、拍卖公司、期货公司等。(www.xing528.com)
第三，排污权的初始分配比较复杂，既要考虑公平，又要考虑政治可行性。如果初始分配按照“grandfather principle”，推行的阻力就比较小，但公平性会受到质疑，因为之前努力进行污染减排的企业，反而受到了惩罚。另外，到底初始排污权的总量多少为合适，还是难以确定的。
第四，排污权交易机制要求及时和有效的监督，违反规则的企业必须受到严惩，这就造成很高的监督成本。
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