明以后的太原城市格局较为稳定，只是由于政权的更替，在城垣的构成方面发生了两次较大的变化。
清顺治三年（1647）明晋王府在一场大火中化为灰烬，但周围八里的皇城城垣却幸运地保留下来。六年（1649）在太原城西南隅开建满城，南至城根，北至西米市，东至大街，西至城根，南北二百六十丈，东西一百六十一丈七尺，周围共八百四十三丈四尺，东门二，北门一，北正蓝旗，南镶蓝旗。
选址是处，地近汾水、取水便利是重要原因。但汾水亦使洪患频繁，如光绪十二年（1886）水决东堤，城西一带积水丈余，满城内屋多倒塌，满族居民和旗兵只好迁居暂住府城贡院，后由巡抚刚毅奏请于府城东南隅别建新城，于次年（1887）春，在城内东、南、西起文庙、崇善寺，东至府城墙根、北起山右巷南口的东岳庙，南至全府城墙根的范围内重建满城，唤作“新满城”。与之对应，清初所建满城就被称为“旧满城”。[9]61
至此，太原城形成了大城套三城的多重城垣并存的格局27。民国初（1912— ）三城均毁，仅余大城城垣一重。但两座满城的建设和毁灭，均未对城市主要道路格局产生影响；而在明晋王府皇城被拆除后，其对城市东部空间的划分，仍然由于城垣周边道路的存在得到了延续28。
明晋王府的覆灭和清新旧满城的建设，使得城市的功能分布产生了部分变化：
（1）新旧满城的出现使城内西南隅和东南隅先后成为满人的聚居地。
27 清太原城功能分区(www.xing528.com)
（2） 雍正间（1723—1735）利用明晋王府宫城内的空地填建房屋，作为精骑营（即八旗骑兵军队）的驻地，并于乾隆三十六年（1772）将原位于镇武门外的教场移入明晋王府内东北隅空地，明代的藩王府成了清代的军队驻扎区。
（3）清太原城的行政机构设置及建筑基本沿袭前朝，只有按察使司署由原迎泽门内大街西侧迁至钟楼街北侧靴巷以东；此外，太原府学在光绪十二年（1886）的水灾中未能幸免，后由山西巡抚张之洞在崇善寺大殿旧址新建，此旧址乃因崇善寺于同治三年（1864）遇火，大雄宝殿及北部诸多建筑被毁而来，寺则仅存南端大悲殿、金灵殿及一些附属建筑。
民国时期，明晋王府内的精骑营和新旧满城都成了居民杂处之地，城内东北隅的空地则被用来作为新的军队（陆军步兵第十团和炮兵的两个旅）驻扎场所。同时，阎锡山将巡抚衙门改作自己的督军府，其他行政机构分列左右；虽然在《山西省城详图》29 中，清时的行政机构如太原府、冀宁道及布政司衙门已不得见，但督军府周边作为传统意义上的城市行政区域的功能性质仍得以延续。而光绪三十三年（1907）正太铁路的开通，又逐渐使靠近火车站的钟楼街、首义门街一带，成为有别于传统商业聚集的大南门一带、拥有近代商业业态的新的城市繁华之地。
29 1929 山西省城详图
山西省太原市行政科测，太原明华石印居代印
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