“两基”达标后，各乡镇的教育继续由乡镇政府下辖的文教办公室总负责。文教办设文教助理员1人（也称文教专干、文教办公室主任等），配备文教会计1人，教研员2至3人，农民教育专干1人（有的由教研员兼任）。人事配备由乡镇政府负责，业务上归县教育局管理。其主要职能是在县教育局和乡镇党委、政府的直接领导下，负责本乡镇中小学、幼儿园（学前班）、农民文化技术学校和职业教育、农民扫盲教育、成人教育、民族教育、筹措教育经费及负责本乡镇师资配备、调任等工作。乡镇文教办在完成基本普及九年义务教育和基本扫除青壮年文盲任务中做了大量工作，成绩显著。
文教助理员（文教专干）由乡镇党委、政府和县教育局共同考查、任命，或由乡镇考查推荐，县教育局同意后任命；教研员由各乡镇选聘；各乡镇学校的校长任免由文教办推荐，乡镇党委、政府考查任免。教师在本乡镇调动，由乡镇文教办提出意见，乡镇党委、政府会议批准后执行。县教育局对文教办工作进行目标管理，年度考核，评估奖罚。
1998年，永登县在体制改革中实行“分税制”，教师的工资由乡镇筹措发放。这一阶段，永登县各乡镇教师的工资发放出现了同等条件下在不同乡镇工作的教师，其工资收入有一定差额的情况，这主要取决于各乡镇的财政状况。这对各乡镇的教师稳定造成了一定困惑，对农村教育的发展造成了一定的影响。
2004年11月30日，县政府召开了落实以县为主教育管理体制工作会议，明确了乡镇和各部门的职责，撤销文教办，建立乡镇中心学校，将人事管理和业务管理上收到县。教育经费由县财政统一筹措。各乡镇党委政府不再对本乡镇学校的领导班子任免、学校教师的调动负责，变为由中心校推荐，县教育局同意，即可执行。这虽然使教育管理有了一定的自主性、实用性，但乡镇学校和属地有着根本不可分离的地缘关系，在具体工作中出现了问题。
2009年3月，根据《国务院办公厅关于完善农村义务教育管理体制的通知》及《永登县人民政府关于进一步完善“以县为主”农村义务教育管理体制的通知》精神，进一步调动县、乡（镇）村组织实施农村义务教育的积极性。乡（镇）党委、政府切实加强对教育工作的领导和管理，乡（镇）党政一把手对本乡（镇）教育工作负总责。
为了便于工作，中心校设在乡（镇），负责本乡（镇）教育教学管理工作。中心校实行县教育局和乡（镇）政府双重领导，行政管理以乡（镇）为主，业务管理以县教育局为主。
中心校校长负责本乡（镇）教育教学管理工作，中心校编制为3—5人，人员编制在乡（镇）教师编制中统筹解决。(www.xing528.com)
中心校校长由县教育局和乡（镇）党委联合考察，县教育局决定聘任。为确保中心校校长及领导班子成员的基本素质和领导能力，在选聘校长及领导班子成员时，坚持德才兼备、以德为先的原则，真正把热爱教育事业、崇尚职业道德、精通教学业务、善于学校管理的同志选聘到学校校长及领导班子岗位上来。
校长聘任与任期目标管理相统一，校长任期一届为三学年。工作成绩突出者可以续聘。新聘或续聘的校长，应制定学校三年发展规划，提出任期内近远期工作目标及措施，按聘任权限，上报经县政府、乡（镇）政府和县教育局审定后实施。任期目标确定后，校长作为第一负责人，组织校务成员及全体教职工认真实施，学校党组织积极配合，共同完成任期内的各项工作目标任务。
根据任期目标，采取学校自评、师生评议、社会评议、组织评议等多种方式组织考核。乡（镇）中心校校长由县教育局和乡（镇）政府共同负责考核。考核为每年一次，考核结果为优秀、良好、合格、不合格四个档次，在一定范围内进行通报，并记入个人档案，作为续聘、解聘和奖惩的主要依据。对责任心不强、管理松散，造成严重失职或失误的校长及时予以调整。
2010年4月，县委、县政府出台《关于进一步完善“以县为主”教育管理体制 全面加快教育事业发展的决定》，指出从2010年起，将全县教育工作纳入乡镇政府综合目标管理考核体系。县政府分管领导与各乡镇政府负责人签订教育工作目标责任书，内容涉及义务教育、学校布局调整、基础设施建设、教育管理、学校安全等五方面的内容。
自此，乡镇中心校的工作进入了正常发展轨道。
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