非编码RNA还参与了物种间以及生物与环境之间的相互关系。例如，人工在大肠杆菌中表达的双链RNA可以进入取食细菌的秀丽线虫细胞内，并被加工为siRNA而起到RNA干扰作用。本研究组发现，大肠杆菌自身表达的非编码RNA可以进入秀丽线虫细胞内调控基因表达。一些植物中的微小RNA，siRNA可以进入取食这些植物的动物，如某些昆虫等体内，并且起到调控基因表达的作用。甚至有研究提出，植物中的微小RNA可以通过消化道吸收进入人和小鼠等哺乳动物的细胞，并且调控基因表达。这方面的研究还有许多问题尚待解答，甚至还具有争议。
一些遗传现象是以非基因序列依赖的方式进行的，这种遗传现象即所谓的非孟德尔遗传，也可以称为获得性遗传或者拉马克遗传。一系列的证据显示，非编码RNA参与了特定类型的获得性遗传。例如，饥饿处理的秀丽线虫会表现出长寿，而其十多代内的后代，尽管没有经受饥饿，依然会表现出长寿。现有证据表明，小非编码RNA参与了这种跨代遗传。利用feeding RNAi干扰秀丽线虫特定基因表达也会产生跨代遗传现象。在亲代进行feeding RNAi，而子代不进行feeding RNAi的情况下，至少10代以内的子代依然表现出特定基因表达受到干扰。小非编码RNA也参与了feeding RNAi后的跨代遗传现象。最近的研究表明，来源于tRNA的片段参与了小鼠中的一种跨代遗传现象。高脂饲养的雄性小鼠会具有一系列糖脂代谢异常，而其在正常饲料喂养下发育及生长的子代也会表现出某些糖脂代谢异常。随后的研究表明，高脂饲养的雄性小鼠精子中具有较高水平的tRNA片段，而受精卵中注入tRNA片段会导致出生后的小鼠具有糖脂代谢异常。目前，对于各种拉马克遗传现象的机制还知之甚少，而各种非编码RNA也许在其中具有多种多样的作用。非编码RNA比蛋白质更具有物种特异性。极少数小非编码RNA，如let-7等数种微小RNA在整个动物界均保守，大部分小非编码RNA在序列上并非保守。总体而言，长链非编码RNA序列上的保守性比小非编码RNA更弱。本研究组报道了迄今为止唯一发现的从裂殖酵母到人均具有的长链非编码RNA 5S-OT，而且发现，5S-OT在高级灵长类及人类中进化出了新的序列及功能。无论是小非编码RNA还是长链非编码RNA均具有大量某一类动物甚至某一物种特有的成员。有科学家认为，编码蛋白质的基因可能对于生命活动的重大事件具有必需的重要性，所以倾向于非常保守；而非编码RNA主要起到调控作用，是生命进化以及物种间不同之处的主要推动因子之一。(www.xing528.com)
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