非编码RNA中被认知和研究得较早的是核糖体RNA，转运RNA等是所谓行使“管家”功能的分子。RNA对于几乎每个真核细胞的基本生命活动都必不可少。例如，RNA剪切与修饰、mRNA翻译等。细胞特别是真核细胞当中，除了多种“管家”非编码RNA以外，还存在着大量的、各种各样的其他非编码RNA。这些非编码RNA往往并非在各种真核细胞中均具有，而是具有细胞或者时空特异性的表达。这些非编码RNA按长度大于或小于200nt可以人为地分为长链非编码RNA和小非编码RNA。进一步按照其序列特征、生成、功能、功能机制等特性，无论是长链非编码RNA和小非编码RNA均可以分为多种类型。最早作为一类小RNA被发现的是微小RNA，随后是广为人知的piRNA。
随着物种进化程度的递增，小RNA及长链非编码RNA的数量也逐步递增。人类具有数以千计的微小RNA及数以万计的长链非编码RNA。
近年来，被发现在真核多细胞生物中还存在着一类非编码RNA，即环形RNA。目前普遍认为真核细胞中绝大部分环形RNA是由前向后剪切形成的。在人、小鼠的几乎各种细胞当中，环形RNA的种类可能均达到万种以上。(www.xing528.com)
近10年来，随着二代测序及生物信息学的发展，大量多种多样的非编码RNA被陆续发现。仅就本研究组而言，近几年已发现及命名了外显子-内含子环形RNA、5S-OT长链非编码RNA、ASAT siRNA等。需要特别指出的是，根据某一大类非编码RNA中的转录、加工、降解、序列、细胞内定位、功能及功能机制等特性，往往又可以分出不同的小类型。例如，piRNA中有一类被称为pachytenepiRNA，其即具有别于其他piRNA的一些特性。环形RNA中也有一类特殊的subclass，即EIciRNA。
从种类上，典型的哺乳动物细胞可能具有数以万计的、序列不同的小RNA、长链非编码RNA以及环形RNA；而其中每种序列不同非编码RNA的分子数量又可以是从一到数以万计。完全可以预测未来还将发现大量的、新的非编码RNA。
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