补偿标准的确定应从基础价格、项目设置和补偿单价三方面考虑。基础价格编制原则将在第二节中叙述，这里仅对项目设置和确定补偿单价的一般方法作简单介绍。
1.项目设置
不同的水利水电工程，其项目设置可以是不完全一样的，但在项目设置时均应从以下几个方面来考虑：
（1）农村移民迁建补偿投资，可从土地补偿和补助，房屋补偿标准，附属物补偿，零星树木补偿，迁移运输，农副业设施补偿，小型水利水电设施补偿，乡村企业单位补偿，文化、医疗卫生事业单位迁建补偿，基础设施补偿等几方面考虑。
（2）城镇迁建部分可从生产用地补偿和补助标准，房屋补偿，工商企业单位补偿，工矿企业补偿，行政事业单位迁建补偿，迁移运输等几方面考虑。
（3）专业项目恢复改建投资。包括乡镇事业单位迁建补偿投资标准，工矿企业迁建补偿，铁路恢复、道路恢复、电力恢复、电信恢复、广播电视恢复、输变电工程复建、工业管道改建及库区交通恢复，水利水电设施和航运设施复建，文物古迹保护等几个方面。
防护工程分为农田防护和城镇防护及其他防护。
（4）库底清理标准分为建筑物及构筑物清理、卫生清理、林木清理、坟墓清理等。
（5）特殊项目补偿投资。包括滑坡塌岸治理、水库诱发地震引起的灾害、农田浸没、黄土湿陷地基处理等。
（6）县以上较大的项目。包括文物古迹处理、输变电线、国防通讯线、库区供电、大型企业、道路与桥梁补偿等。
（7）环境保护工程的项目设置与枢纽工程中的环境保护工程类似。
2.补偿单价标准的编制方法
这里主要介绍典型设计法和类比分析法两种方法。(www.xing528.com)
（1）典型设计法。该法对直接影响移民群众生产、生活的房窑、道路等专业设施以及人畜吃水、场地平整等项目，采用典型设计法确定补偿单价标准。典型设计法的步骤如下：
1）绘制典型设计图。根据库区受淹没各项实物的种类和规划建筑物、构筑物型式，按照设计规范规定绘制典型设计图。
2）计算工程量。根据典型设计图和定额规定的工程量计算规则，计算工程量。
3）根据工程量及当地定额对应指标计算定额直接费、定额人工费等。
4）计算材料用量。根据各项工程量和当地定额规定的各项目单位工程量所需各种材料数量计算材料用量。
5）计算材料价差和未计价材料费。土建工程根据当地定额规定调整材料价差；安装工程和市政工程应根据当地定额的数量及主材的市场价计算未计价材料费。
6）根据土建安装、市政工程取费标准及定额直接费、定额人工费、材料价差或未计价材料费、地区基价系数等有关规定计算工程费用。
7）工程造价的计算。工程按重建价计算工程造价。
8）补偿标准的确定。按工程总造价和典型设计规模计算单位工程造价，即补偿标准。
（2）类比分析法。该法综合考虑影响补偿标准的各项因素，根据类似工程的执行情况拟定补偿标准。
根据上述补偿标准制定的原则和方法，通过大量的资料分析，最终确定各项目补偿和规划投资标准。
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