除了上呼吸道的“安全岗亭”“防撞廊”“安检门”“铜人阵”，我们呼吸系统最重要的反射性保护是咳嗽反射和支气管收缩。
咳嗽，是因为喉头或气管受到刺激所引起的具有防御和保护作用的一种反射性动作。当气管、支气管内存在了过量的分泌物或异物时，可借助咳嗽动作咳出或吞咽入胃，以此来保证气道通畅。
前面曾提及，“安检门”咽是呼吸道和消化道的共同通道。咽可分为鼻咽、口咽和喉咽，其中喉咽上接口咽，下接喉与气管。喉的支架主要是由会厌软骨、甲状软骨和环装软骨组成，喉腔内左右各有一条声带，两声带间的空隙为声门裂。当我们呼吸和说话时，会厌打开，空气可自由出入；当吞咽食物时，会厌就自动关闭，把气管口给盖住，避免食物进入气管。前面说老人、小孩吃东西时不要逗笑，就是怕食物因此掉进气管；有时候我们喝水呛着，也是因为会厌软骨老兄走神、反应迟钝没来得及关闭盖住喉口，有水误入气管，于是剧烈咳嗽，直至咳出来。
简单地说，咳嗽实际上是短促的呼气，它是神经与肌肉系统间密切的协调动作。不妨以一粒饭粒不小心掉入气管为例来演示咳嗽的具体运作过程：(www.xing528.com)
饭粒入口→到达喉咽，会厌工作漫不经心，一不留神未及时关闭喉口→饭粒误入气管→感觉冲动沿迷走神经传导到我们大脑的相应指挥中心延髓中枢，立即作出清除异物的英明决策→指令经传出纤维到达咽喉的声门和呼吸肌等处→声门和会厌立即关闭→呼吸肌和膈肌快速猛烈收缩，一面阻止异物掉下，一面使肺内压力增高→声门突然开放→肺内高压气体喷射而出，误入歧途的饭粒随着高压气流的冲击排出，逃之夭夭。
这是咳嗽的通常运作模式，当呼吸道黏膜发生炎症或因物理、化学、过敏等因素刺激时，相应的器官、组织都是按照这套剧本来各司其职，倾情演出这场咳嗽大戏。
伴随咳嗽同时发生的，往往还有支气管收缩。不管是直接刺激、反射性途径或药物所致，都可使支气管平滑肌收缩，同时会出现咳嗽性反射。此时，气管反射性收缩，管径迅速缩小，气道内阻力明显增加，能阻止刺激物深入肺组织，起到保护肺脏的作用。
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