上海沦陷后，在上海市文化界救亡协会和中国共产党地下党组织的鼓励下，孩子剧团化整为零，装成难民的孩子，由东向西，经徐州、开封、新郑等地，于1938年1月到达当时全国抗战中心武汉。
孩子剧团在武汉的演出受到热烈的欢迎。据《新华日报》记载，1938年7月31日至8月2日，孩子剧团在硚口宗关阮家台露天上演3日……每日观众约2000人以上……8月1日晨间和晚上各加演一场，全体工友及职员皆异常激动，除临时赠各团员毛巾外，还高呼“孩子剧团万岁”。[1]武汉沦陷前夕，孩子剧团先行撤退到湖南衡山继续坚持抗日宣传演出，并通过《孩子剧团周刊》和《衡山儿童周刊》，大力宣传剧团的工作，发起讨论和研究儿童问题。
1938年8月，日寇进攻武汉，孩子剧团转战7省57个县市，行程16000余里，于1939年1月8日抵达战时首都重庆。
1940年下半年，国民党决定改组第三厅组建文工会，令孩子剧团全体加入三青团。郭沫若带领孩子们与之周旋，拖延时间。1940年秋，国民党又下令将孩子剧团编入重庆卫戍司令部政治部。周恩来明确指示：决不能到重庆卫戍司令部去！应尽量运用社会上的一切力量，包括国民党内部的力量进行斗争。遵照这一指示，孩子剧团多方交涉，后在冯玉祥（1882—1948）将军的帮助下才暂时免予收编。但国民党政府对孩子剧团救亡活动的限制和阻挠却日益升级。如在涪陵，国民党派宪兵监视孩子剧团，使得群众不敢来参加孩子剧团的活动，剧团与宪兵艰难周旋。在江津、峨眉等地，国民党竟控制剧场、禁止举办抗日书展、拒不代发戏票等，大肆破坏孩子剧团开展抗日救亡活动。孩子们一面揭露国民党的反动嘴脸，一面机智地进行抗日宣传。1939年上半年，国民党借纪念抗战两周年之名，在泸县泸州公园举行纪念大会，实际是向社会各界进行反共宣传。孩子剧团的队员们非常愤怒。他们分头联系泸县小市镇的工厂、学校，于当晚发动了一场别开生面的火炬游行。孩子们一边唱歌一边高呼“军民合作，抗战到底”“打倒卖国大汉奸汪精卫”等口号，群众被他们的激情感染，1000多人加入游行的队伍。(www.xing528.com)
1941年下半年，国民党调整三青团干事李清灿到孩子剧团任指导员，后改任团长。1942年9月国民党安排三青团骨干和中央政治学校教官接管孩子剧团。孩子剧团的一言一行完全在特务的监视之中。按照周恩来的指示，孩子剧团团员大多撤离出来，有的转入文工会，有的进入音乐院校学习，有的赴延安、广东、昆明等地继续战斗。至此，孩子们挣脱了国民党顽固派的控制，孩子剧团也走完了它五年多不平凡的革命历程。
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