AnnAGNPS的运算需要两个必须的输入文件，即AnnAGNPS input file和Climate input file。
AnnAGNPS input file包含了8大类31小类数据，约500余个参数（其中有33个参数尚未使用，是为模型新版本的开发而准备的）。所有的参数统一由AnnAGNPS数据准备模型（InputEdit）管理，保存在AnnAGNPS数据文件中。对于不同的流域，并不是所有参数都是必需的，31类输入数据中，与土壤侵蚀和养分流失关系最密切的有：Simulation Period Data（模拟时段数据）、Cell Data（网格数据）、Field Data（土地类型数据）、Crop Data（作物数据）、Reach Date（集水区数据）、Soil Data（土壤数据）和Fertilizer Application Data（化肥使用数据）。
1.Simulation Period Data（模拟时段数据）
Simulation Period Data部分包含基本的气象要素，模拟起止时间，初始状态等。其中最重要的是降雨分布类型、10年一遇的降雨侵蚀力（10yr-EI）、降雨侵蚀百分比（EI Number），Default Reach Geometry和CN。
除了年际变异和年内变化外，自然降雨在一天内或一场降雨过程中其强度的变化也很大，一日内或一场降雨过程中的高强度降雨时段直接影响小流域径流峰值的大小和持续时间，由于每场降雨的持续时间、强度都不同，美国土壤保持局将降雨分布分为4种类型，代表不同的降雨分布，AnnAGNPS模型研究者又增加了几种新的类型。通过对研究区两年一遇的降雨量的时间分布与几种标准类型进行比较选取适当的类型。
2.Cell Data（网格数据）
Cell Data包含与分室有关的各种参数共22项：分室编号、土壤代号、地块代号、沟边代号、水流进入沟道的位置、分室面积、坡度、平均高程、坡向和汇流时间或者薄层流、浅层流、集中流的坡长、坡度等。Cell Data数据可由流网生成模块（Fiownet Generator）产生的文件AnnAGNPS-Cell.dat直接导入。
3.Field Data（土地利用数据）
Field Data包括地块编号、土地利用类型、岩石漏露率、管理代码、相对轮作年份、P因子、侵蚀类型等12项参数。
4.Crop Data（作物数据）
Crop Data包括产量、不同生长期的养分吸收、需水量、根的生物量、覆盖度、冠层高度等。
5.Reach Data（集水区数据）(www.xing528.com)
Reach Date包括沟道比降、下一级沟道代码、末端海拔高度、底宽、顶宽、沟道长度、汇水区面积等。Reach Data数据也可由流网生成模块（Flownet Generator）产生的文件AnnAGNPS Reach.dat直接导入。
6.Soil Data（土壤数据）
Soil Data包含土壤类型、土壤结构分类、比重、密封层深度、土壤可侵蚀因子K、分层厚度及其对应的有机质、氮、磷含量。
7.Fertilizer Application Data（化肥使用数据）
Fertilizer Application Data包括肥料代码、单位面积使用量、施用浑度等参数。见表3.1为模型的输入参数。
表3.1 模型输入参数表
续表
整个计算区域或任何一网格单元的模型输出数据包括径流量、流沙输出量、泥沙浓度、坡地侵蚀量、颗粒态氮量、可溶性氮量、可溶性氮浓度、颗粒态磷量、可溶性磷量、可溶性磷浓度、化学需氧量总量和化学需氧量浓度。
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