AnnAGNPS（Annualized Agricultural Non-Point Source Pollutant Loading Model）是基于AGNPS模型发展而来的。目前，已广泛应用于农业面源污染负荷估算、危险区域的识别、水源防护区范围的绘制、地表水监测网的设计和水资源规划，以及比较不同农业管理措施对防治农业面源污染的作用及效益等方面。
AGNPS模型是1986年由美国农业局（ARS）连同明尼苏达污染控制局和自然资源保护局（NRCS）共同开发的，最初用于农业水域的面源污染负荷及环境影响估算。该模型自开发以来，得到了广泛的应用，并在应用中不断得到补充和发展。但由于AGNPS模型是基于单场暴雨事件的，在实际应用中逐步显示出不足，暴露出许多局限，在发展到AGNPS5.0版后就停止了开发。1998年，ARS和NRCS推出了AnnAGNPS1.0版，AnnAGNPS是AGNPS的替代模型，它是连续模拟的模型，采用标准的ANSI Fortran95编写而成，并以天为模拟计算的时间步长。该模型考虑了日常气候的影响，即维持了AGNPS单事件模型的简易性，又增强了持续模拟的能力。AnnAGNPS模型是根据流域的数字高程模型自动定义每个单元格，各单元格按照汇水区划定，可以是任意形状。这种按照汇水区划分单元格，充分体现了流域自身的特征，已经逐渐被众多的水质模型采用。
自AnnAGNPS开发以来，经历了许多次升级，目前最新版本是3.51版。AnnAGNPS3.51版进行了以下改进：
（1）附加了水产业数据区段。
（2）修正了一些时间上的错误。(www.xing528.com)
（3）增加了一些输入和输出的选项。
图3.3 AnnAGNPS模型层次结构
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