1998年长江、松花江和嫩江流域发生特大水灾之后，党中央、国务院在《中共中央、国务院关于灾后重建、整治江湖、兴修水利的若干意见》中提出要“封山植树、退耕还林、平垸行洪、退田还湖、以工代赈、移民建镇、加固干堤、疏浚河道”。在接下来的几年中，为了贯彻落实这32字的灾后重建方针，中央政府投入巨资进行水灾防治基础设施的建设，重点集中在水利工程、林业工程和水土保持三个方面。
在水利工程方面，堤防加固工程总长3.5万km，其中长江中下游3578km，黄河下游982 km；松花江、辽河干堤建设加快，治太骨干工程基本完成。700多座病险水库得到除险加固，洞庭湖流域平退堤垸250余处。1998年以前开工的51个枢纽续建项目已完成48个；黄河小浪底等一批大江大河控制性骨干枢纽相继投入运行。
在林业工程方面，自1998年以来，天然林保护工程、退耕还林还草工程、三北防护林四期工程、长江中下游及淮河太湖流域防护林二期工程、沿海防护林二期工程、珠江防护林二期工程和太行山绿化二期工程等陆续上马。截至2002年8月，全国退耕还林工程共完成退耕地还林294万hm2，宜林荒山荒地造林269万hm2；其他林业工程也取得了全面进展。(www.xing528.com)
在水土保持方面，1998年以来，在以黄河上中游和长江上游为重点的七大流域水土保持工程范围内，综合治理小流域近6000条，治理区陡坡耕地退耕还林80万hm2，实施封山育林保护面积1.65万km2，治理水土流失面积25万km2，年均土壤侵蚀量减少1.1亿t。
此外，发展适洪农业也是贮水阶段水灾防治的一项重要措施。历史上曾是淮河洪水走廊的扬州市宝应县，自20世纪90年代开始自发地在沼泽化滩地上退粮还水，以水体、滩涂为载体，发展水产、水禽、水生蔬菜和耐水林木，推广水体套养、藕茨复种和水禽结合等模式，大大减少了洪水损失，提高了自然资源的利用率和产出率，加速了水乡农民致富的速度，带动了当地经济的发展。
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