按《水利产业政策》，水利建设项目根据其功能和作用划分为两类：甲类为防洪除涝、农村灌排骨干工程、城市防洪、水土保持、水资源保护等以社会效益为主、公益性较强的项目；乙类为供水、发电、水库养殖、水上旅游及水利部门“综合经营”等以经营效益为主的项目。对甲、乙类项目，《水利产业政策》规定了比较明确的政企分工。然而，客观实际存在大量的具有多功能综合利用效益的水利工程，既有非经营性资产，又有经营性资产；既有较大的社会效益，又有一定的经营效益。对于这类项目，《水利产业政策》并没有准确的定义，而是要求审批单位在批复项目时确定，这无疑增加了政策的操作难度，从而可能产生非规范性（随意性）。由于对综合利用水利工程缺乏合理的政企分工，使得某些乙类工程的管理单位还需要承担非经营性资产的运营、管理和维护责任，而相关的费用又不能从政府获得足够的补偿；另一方面，政策性亏损与经营性亏损混淆不清，不利于企业提高经营管理水平，也使这些单位的企业化改革进程十分困难。
为此建议：
（1）甲类项目的建设和运行费用主要由政府承担。对于甲类项目，由于项目直接经济效益产出较少，建设资金、运行、维护资金和更新改造（包括除险加固项目）资金都需要从政府财政预算内资金、国债资金、水利建设基金等财政性资金中安排。这类项目的建设和运行都必须明确责任主体。在建设期（含更新改造项目），必须严格按照《中华人民共和国招标投标法》规定，面向全社会（不仅仅是水利系统）实行“公开、公平、公正”的招标，择优选择设计、施工、监理单位和主要材料、设备供应商，同时加强审计部门和社会中介机构的监督力度。在运行期，管理单位应制定一个中长期的运营和资金需求计划，并报上级水利部门和财政部门审批。经批准后的计划，水利部门和财政部门按照计划安排落实资金，同时借助审计部门和社会中介机构的力量监督这些资金的使用。
（2）经营性乙类项目，由非政府投资主体投资。在乙类项目中，水电为主的项目一般可按电力项目管理，此外还有水库养殖属于渔业，水上旅游属于旅游业，以及水利工程管理单位发展的其他“综合经营”项目。这类经营性项目，严格地讲，并不属于水利事业投资范畴，更不是公益性事业，主要应交由各类非政府投资主体投资建设和经营管理。此类项目，要切实落实项目法人责任制和资本金制度，其建设资金，包括资本金和融资，主要由企业（项目）法人自行筹集。对于其中属于国家鼓励发展的项目和产品，可按国家现行有关规定，安排国家开发银行的政策性贷款，鼓励国内企业和外商参与投资，并可按规定实行税收减免政策。(www.xing528.com)
（3）准公益性项目，应建立政府与企业合理分摊投资和运营成本的机制。乙类项目中的供水和水力发电项目的水库，往往兼有防洪（凌）等社会效益，可视为准公益性或准经营性项目，应健全其投资和运营成本的分摊机制。在项目可行性研究和审批时，要明确划分项目的公益性资产投资和经营性资产投资。在项目建设和运营期，要按照公司法和项目法人责任制的要求组建项目法人，并落实其“责、权、利”，特别是政府要明确授权该项目法人对项目的公益性资产进行管理和维护。
对于项目的公益性资产部分，应按照甲类项目运作，投资应全额安排财政预算内资金、水利建设资金等财政性资金，运行、维护费用支出和必要的更新改造投资，也应安排财政性资金。对于其余的经营性资产部分，应视为基础设施项目或经营性项目，执行项目资本金制度，项目资本金比例不得低于20%，由经营性资产的投资主体出资。为有效降低供水、发电成本，国家可根据不同情况安排部分财政性资金作为项目资本金，除资本金以外的融资，国家可提供政策性贷款或财政贴息资金；项目经营性资产运行、维护费用和还本付息，按现行企业财会制度的规定，由项目法人从经营收入中解决。
今后新建的综合利用水利工程，其建设和管理单位将不再是水利管理事业单位，而是一个“权责明晰、政企分开、自主经营”的经济实体，同时可由政府授权，管理和维护工程的公益性资产。对于现有的和在建的综合利用水利工程的管理单位，也应按这一思路，在清产核资、资产评估的基础上明确划分经营性资产和公益性资产，并改组为经济实体，由政府授权管理和维护其中的公益性资产，相应的费用由政府承担。在国家根据公益性的程度而承担一部分建设资金和运行费用的基础上，采取招投标的办法选择承担经营性投资和管理运营的投资主体，通过合同在确保项目公益性目标的前提下，由中标的投资者独自经营，自负盈亏。
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