水利是国民经济的基础设施，其服务功能兼有公益性、准公益性和经营性，所提供的产品或服务大部分为公共产品或服务，这种公共产品或服务的特性决定了其投入必须主要靠政府提供。但发达国家的水利发展经验以及我国部分地区的实践经验表明，在以政府为主体的情况下，在发挥政府投资的导向作用的同时，应充分发挥市场机制的作用，以保障水利投资来源的多样性和稳定性，保障水利建设的健康发展。因此，如何维持或逐步增加水利投资，建立稳定的投入来源，是保障水利和国民经济协调发展的关键。但目前在水利投入上存在如下几个问题：
（1）中央投入虽然保持了较高强度，但仍然不能满足水利建设的需要。
（2）中央投入中国债比重很大，“十五”期间国债投资1239 亿元，占中央投资的73.1%，而固定投入来源如水利建设基金份额较小，随着国债规模及其使用方向的调整，水利建设的资金来源将出现很大缺口。
（3）地方配套投入不足，地方投资到位率低，尤其是西部地方投入严重不足。
（4）依靠市场机制的融资体制还未建立起来，市场融资严重不足，必须尽快建立吸引社会资金的水利投融资体制。
（5）从市场上进入的外资不足，加入WTO后，必须加快水价改革，建立吸引外资的投融资体制。(www.xing528.com)
在国债逐渐淡出的情况下，如何稳定各级政府的投入力度，如何依靠市场机制吸引更多的投资，是今后急需解决的问题。否则，水利投入就得不到可靠保障，水利发展和建设就会受到严重影响。
稳定的水利投资是实现新时期水利发展目标，支撑全面建设小康社会的前提。要稳定投入力度必须改革投融资体制和机制，力争稳定和扩大水利投入力度：一是要研究国债逐渐淡出后水利的投融资政策，把握水利行业在经济社会中的公益性和基础性特征，加大中央对水利的稳定投入；二是要积极开拓市场投融资渠道，通过理顺水价，开拓水务市场，明晰产权关系，改善市场环境，广泛吸引包括外资在内的各类社会资本进入城市供水和污水处理市场，大力发展城市供水和污水处理产业，大力发展水电开发产业，通过市场的力量，促进经营性的水利基础设施全面发展；三是要认真研究水的资源成本，按照资源稀缺性合理制定水资源费费率，一方面通过水资源有偿使用制度保护水资源，另一方面筹集资金，用于水利基础设施建设和水资源管理。
按照本书研究成果，要保持水利发展与国民经济发展之间的协调关系，水利投资应占同期GDP的0.86%～0.88%，其中水污染防治的投入约占1／4。如果将水污染防治投入记入生态环境保护投入账目，则适宜的水利投资应占同期GDP的0.64%～0.66%。“九五”以前，我国不同时期的水利投资占GDP的比例为0.2%～1.5%，水利投资长期不足是导致水利发展严重滞后于国民经济发展的不协调局面的主要原因。
“九五”期间，全国水利投资2716 亿元，约占同期GDP的0.64%。“十五”期间，全国水利投资4625 亿元，占同期GDP的0.65%，平均每年投资925 亿元。到“十五”末，全国水利在建规模5920 亿元，“十五”实际完成水利基建投资3145 亿元。其中2005 年计划投资827 亿元，占当年GDP 的0.45%，实际完成747 亿元，为原计划的90%。如按水利投资占GDP的0.65%计，2005 年的水利投资应达到近1200亿元。
今后15 年，是我国全面建设小康社会的关键时期，保障防洪安全、饮水安全、粮食安全、经济安全、生态安全的任务十分艰巨，防洪减灾体系、水资源配置及战略储备的建设在全面推进，各类水利基础设施需要进一步完善配套，节水型社会建设、水资源保护、生态修复和新农村水利建设需要进一步加大投入，各项水利非工程措施也需要大力加强，这些都需要有长期稳定的水利投入提供资金保障。所以，今后一个时期的水利投资规模应稳定在同期GDP的0.6%～0.65%。
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