水资源保护重点是维持或恢复水的资源价值和服务功能。资源的含义表示水为人类所利用，具有相关的功能，包括社会经济供水功能、环境景观功能或生物多样性维持保护功能等。按照水体的各种功能将水体划分为若干水功能区，按照功能区进行管理和监督，这是国际上通行的做法。
我国水行政主管部门于2000年开始制定全国各流域的水功能区划，目前全国地表水功能区划已经完成。
水功能区分为一级区划和二级区划。一级区分四类，包括保护区、缓冲区、开发利用区、保留区；水功能二级区划在一级区划的开发利用区内进行，共分七类，包括饮用水源区、工业用水区、农业用水区、渔业用水区、景观娱乐用水区、过渡区、排污控制区。一级区划宏观上解决水资源开发利用与保护的问题，主要协调地区间关系，并考虑发展的需求；二级区划主要协调用水部门之间的关系。
9.4.1.1 一级区划
1.保护区
保护区指对水资源保护、饮用水保护、生态环境及珍稀濒危物种的保护具有重要意义的水域。
划区条件：
（1）源头水保护区。系指以保护水资源为目的，在重要河流的源头河段划出专门涵养保护水源的区域。
（2）国家级和省级自然保护区范围内的水域。以上两种情况的功能区水质标准：执行《地面水环境质量标准》（GB 3838—2002）Ⅰ类、Ⅱ类水质标准（因自然、地质原因，不满足Ⅰ类、Ⅱ类水质标准的，应维持水质现状）。
（3）已建和规划水平年内建成的跨流域、跨省区的大型调水工程水源地及其调水线路；省内重要的饮用水源地。功能区水质标准：执行《地面水环境质量标准》（GB 3838—2002）Ⅰ类、Ⅱ类水质标准或用水区用水功能相应的水质标准。
（4）对典型生态、自然生境保护具有重要意义的水域。
执行对该类保护区议定的水量、水质指标。
2.缓冲区
缓冲区指为协调省际间、矛盾突出的地区间用水关系，协调内河功能区划与海洋功能区划关系，以及在保护区与开发利用区相接时，为满足保护区水质要求需划定的水域。
划区条件：①跨省（自治区、直辖市）行政区域河流、湖泊的边界水域；②省际边界河流、湖泊的边界附近水域；③用水矛盾突出地区之间水域。
功能区水质标准：按实际需要执行相关水质标准或按现状控制。
3.开发利用区
开发利用区主要指具有满足工农业生产、城镇生活、渔业、游乐和净化水体污染等多种需水要求的水域和水污染控制、治理的重点水域。
划区条件：取（排）水口较集中，取（排）水量较大的水域。如流域内重要城市河段、具有一定灌溉用水量和渔业用水的水域等。
功能区水质标准：按二级区划分类分别执行相应的水质标准。
4.保留区
保留区指目前开发利用程度不高，为今后开发利用和保护水资源而预留的水域。该区内水资源应维持现状不遭破坏。
划区条件：①受人类活动影响较少，水资源开发利用程度较低的水域；②目前不具备开发条件的水域；③考虑到可持续发展的需要，为今后的发展预留的水域。
功能区水质标准：按现状水质类别控制。
9.4.1.2 二级区划
水功能二级区分类及划分指标。
1.饮用水源区
饮用水源区指满足城镇生活用水需要的水域。(www.xing528.com)
划区条件：已有的城市生活用水取水口分布较集中的水域；或在规划水平年内城市发展设置的供水水源区。每个用水户取水量需符合水行政主管部门实施取水许可制度的细则规定。
功能区水质标准：根据需要分别执行《地面水环境质量标准》（GB 3838—2002）Ⅱ类、Ⅲ类水质标准。
2.工业用水区
工业用水区指满足城镇工业用水需要的水域。
划区条件：现有的或规划水平年内需设置的工矿企业生产用水取水点集中的水域。每个用水户取水量需符合水行政主管部门实施取水许可制度的细则规定。
功能区水质标准：执行《地面水环境质量标准》（GB 3838—2002）Ⅳ类标准。
3.农业用水区
农业用水区指满足农业灌溉用水需要的水域。
划区条件：已有的或规划水平年内需要设置的农业灌溉用水取水点集中的水域。每个用水户取水量需符合水行政主管部门实施取水许可制度的细则规定。
功能区水质标准：执行《地面水环境质量标准》（GB 3838—2002）Ⅴ类标准。
4.渔业用水区
渔业用水区指具有鱼、虾、蟹、贝类产卵场、索饵场、越冬场及洄游通道功能的水域，养殖鱼、虾、蟹、贝、藻类等水生动植物的水域。
划区条件：具有一定规模的主要经济鱼类的产卵场、索饵场、洄游通道，历史悠久或新辟人工放养和保护的渔业水域；水文条件良好，水交换畅通；有合适的地形、底质。
功能区水质标准：执行《渔业水质标准》（GB 11607—89）并可参照《地面水环境质量标准》（GB 3838—2002）Ⅱ～Ⅲ类标准。
5.景观娱乐用水区
景观娱乐用水区指以景观、疗养、度假和娱乐需要为目的的水域。
划区条件：①休闲、度假、娱乐、运动场所涉及的水域；②水上运动场；③风景名胜区所涉及的水域。
功能区水质标准：执行《景观娱乐用水水质标准》（GB 12941—91）并可参照《地面水环境质量标准》（GB 3838—2002）Ⅲ～Ⅳ类标准。
6.过渡区
过渡区指为使水质要求有差异的相邻功能区顺利衔接而划定的区域。
划区条件：①下游用水要求高于上游水质状况；②有双向水流的水域，且水质要求不同的相邻功能区之间。
功能区水质标准：按出流断面水质达到相邻功能区的水质要求选择相应的水质控制标准。
7.排污控制区
排污控制区指接纳生活、生产污废水比较集中，所接纳的污废水对水环境无重大不利影响的区域。
划区条件：接纳废水中污染物可稀释降解，水域的稀释自净能力较强，其水文、生态特性适宜于作为排污区。
功能区水质标准：按出流断面水质达到相邻功能区的水质要求选择相应的水质控制标准。
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