芦苇所处的生境较为特殊，大都种植在空旷的地域，水源充足，空气湿度大、温度高，光照强，物种单一，害虫的天敌少等诸多因素都是病虫害感染的有利条件。所以一旦防治不及时，常造成重大损失。因此芦苇的病虫害防治工作，应贯彻“预防为主，防重于治”的原则，不断提高栽培管理技术水平，做到施肥多样化，并及时清除杂草和枯枝落叶，培育壮苗，提高芦苇的抗病虫害能力。发现病虫害要及时治理，以防蔓延。
3.4.1 芦苇病害
芦苇植被易发生的代表性病害有黑粉病、黑锈病、条纹病、斑点病等（边应权，1986）。
黑粉病致病的厚垣孢子一般在叶组织内生成，成熟后穿过叶表皮露在外边。得病芦苇春季发出的芽就会出现异常，茎秆变细，根状茎伸展不整齐，节间也变短，从染病根茎上长出的芦苇植株都会传染，逐渐使地上茎秆成丛死亡。
黑锈病致病的夏孢子在叶面上以黄色粉末出现，冬孢子在叶面上密集呈黑锈斑，在叶鞘上成堆出现并把苇秆染成黑色，使茎秆基部第四至第六节部出现凸起的裂痕。
条纹病主要发生在芦苇生长季后期。染病的苇叶像开水烫过一样呈黄白色，然后扩展到叶鞘上，进而在叶的中央或边缘形成条纹状的伤痕，使新萌发的幼茎组织嫩弱，生长慢致枯死。
斑点病发病芦苇的初期是在叶上出现褐色小点，之后逐渐扩大，沿着叶脉出现很多无规则的黑褐色斑点，进而病斑扩大，中央为灰白色，其周围变成黑褐色的轮纹状，发病芦苇叶片很快失去同化功能，严重时干枯脱落。斑点病从5月起在整个生长季都可能发生，破坏性很大。
3.4.2 芦苇虫害
芦苇害虫有许多种，早春危害幼芽的、生育中期钻进茎秆内危害生长锥的以及危害苇叶的都有。如果苇田免遭虫害，就可增产15%～30%。芦苇害虫主要有大型虫、苇蝇、蚜虫等。
大型虫是指各种鳞翅目昆虫，如芦苇夜蛾等。其母蛾将虫卵产在芦苇根状茎、叶鞘等部位越冬，虫卵在来年4～5月化蛹，7月成虫大量出现，然后进入产卵期开始新一轮回，一般每个成虫产10～20 个包块，每个包块有卵10～13 个。(www.xing528.com)
苇蝇幼虫长9～12 mm，乳白色，一般春季4～5月就在芦苇茎秆内形成，5月下旬开始化蛹，危害芦苇生长，使芦苇不能生长乃至逐渐死亡。成虫在7月大量出现，白天在芦苇丛的阴凉处栖息，晚间出来活动。雌虫侵入芦苇植物体后产卵，开始又一轮回。
3.4.3 芦苇病虫害的防治方法
在防治芦苇病虫害时，应当把物理措施与化学措施结合起来使用，以建立早春苇田整理、烧塘，苇田灌水，适期收割等一系列技术措施。
苇田整理和烧塘是最主要的物理措施，各种病虫害的孢子和卵、幼蛹等大都在苇田内的枯茎、落叶和杂草上越冬。所以，早春把散落在苇田中的杂物烧掉，可以消灭很多病原生物和害虫。
适期收割也有很好的防病虫害作用，害虫和病原菌主要在芦苇茎秆基部的叶鞘和苇茬上寄生，因此，近地收割和及时清除割下的芦苇，防虫效果显著。
灌水管理也有很好的防病害效果。虫害严重的苇田，在烧塘结束后及时灌进5～10 cm 深的水层，可以把越冬的虫卵消灭掉。大型虫和小型虫的幼虫主要在芦苇茎秆近地面5～10 cm 高的区域化蛹，灌进相应深度的水可以大大减少其羽化量。
诱蛾灯也是很好的杀虫装置，可以捕杀大量具有趋光性的苇田害虫，尤其在发蛾盛期的7～8月。诱蛾灯的安装高度要稍高于芦苇，要保证一定的密度以达到大量捕杀的作用。为提高害虫致死率，诱蛾灯下可布设盛水或盛油的大盆，以俘获电伤的成虫。
施用农药属于化学防治法，应根据苇田发生害虫的生物学特性，正确选择和施用农药。在夜蛾危害较重的地带和靠近农田的苇塘周围，应在孵化前进行农药喷撒。常受昆虫危害的苇田应在发蛾盛期进行喷撒。喷撒时应从苇田四周往中心次第进行，以避免害虫迁移造成降低药除效果。
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