“天人同构”思想，是魏伯阳金丹修炼理论的基本出发点之一。《参同契》注重拟象天地日月以明金丹修炼之道：一方面，“修丹与天地造化同途”，[19]人身小宇宙与天地大宇宙结构相通，观察天地日月运行之理有助于理解人体身心性命之运行，《契》云：“法象莫大乎天地兮”意即谓此；另一方面，人体生命系统之运行精微难识，而天地日月之象则显而易见，故须借此日月之显明以推知彼精气之隐微，以使人便于理解掌握炼丹之法。《契》云：“悬象著明，莫大乎日月”“元精眇难睹，推度效符证”即道此意。
而在观察天地日月即自然界的运行变化之中，《参同契》又特别注重对于月相的观察描述，尤其是晦朔之间月体生光的过程，《契》文予以反复讨论。例如：“晦朔之间，合符行中。混沌鸿蒙，牝牡相从。滋液润泽，施化流通。”又如：“金本从月生，朔旦日受符。金返归其母，月晦日相包。隐藏其匡廓，沉沦于洞虚。金复其故性，威光鼎乃熺。”又如：“晦朔之间，合符行中。混沌鸿蒙，牝牡相从。滋液润泽，施化流通。天地神明，不可度量。利用安身，隐形而藏。”
值得注意的是，上古先民有“不死药”之传说。《淮南子·览冥训》载：“羿请不死之药于西王母，姮娥窃以奔月”，而“西王母”即月神，[20]所谓“不死药”即死而复苏之药，又《释名》：“朔，苏也”，可见“不死药”之传说与晦朔月相变化有着密切联系，而在月光的“死而复苏”当中，古人认为，其中就隐藏着长生不死的秘密。《参同契》金丹之道旨在长生，所谓“金丹”，其实就是“不死药”，而其中对晦朔月相变化的关注，除了因为其中隐括天地日月之理以外，亦在于借月光“死而复苏”之象以喻丹道“长生久视”之理。
而欲炼成不死之药，《参同契》既不言求诸神明，亦不借金石草木，而是反复强调“同类相从”之理，如“鱼目岂为珠？蓬蒿不成槚。类同者相从，事乖不成宝”，又如“如审遭逢，睹其端绪。以类相况，揆物终始”“同类易施功兮，非种难为巧”。既然炼丹是为了保养生命，那么自然需要与生命同类者以为药物，金丹为生命力量之凝聚，而所谓“生命力量”亦不过一身之精气神而已，此皆近在己身，无假外求。所以张伯端说在《悟真篇》中说“劝君穷取生身处，返本还源是药王”“此般至宝家家有，自是愚人识不全”。(www.xing528.com)
需要指出，丹家所谓的“精气神”与通常所谓的“精气神”有所不同，以其本自先天，故又名“元精”“元气”“元神”以示区别。陆西星说：“所谓元精，非交感之精之谓也。精藏于离，心中之真液也。所谓元气，非口鼻呼吸之谓也。气藏于坎，虚无中之真气也。所谓元神，非思虑之神之谓也。神通于无极，父母未生以前之灵真也。”[21]张伯端说：“故此神、气、精者，与天地同其根，与万物同其体，得之则生，失之则死。”[22]丹家炼养之法，本无神秘可言，始终亦不外此精气神之运用而已。
就月相而言，月晦之时为死，即“死霸”；月朔之时为生，即“生霸”，[23]而之所以能“死而复苏”，是由于月体生光之故，而此月光又本于日光，故《契》曰：“日以施德，月以舒光，月受日化，体不亏伤。”而月体之所以能反射日光，是由于月精含受日光，而后月体得以吐之，以生光明。故《契》曰：“始于东北，箕斗之乡。旋而右转，呕轮吐萌。潜潭见象，发散精光。”就人身而言，月精对应人之元精，月体由月精凝聚成形，而元精亦为人物质形体之来源与基本单位；日光对应人之元神，为人精神意识之来源与主宰；月光由日光月精交会而成，对应人之元气，即由元精感受元神作用而生，为人生命能量之来源。就其本质而言，精乃就其成形而言之，气乃就其流行而言之，神乃就其妙用而言之，故元精元气元神实为一物，就不同角度分而言之，则谓之精、气、神。《契》曰：“人所秉躯，体本一无。元精云布，因气托初。”彭晓注：“元精者，是鼎中神灵之精，天地之元气也”，[24]可见举一“气”字而“精气神”皆在其中，月得是气则死而复苏，人得是气则形体长存，——作丹之法，只在从虚无中摄此一气即积聚生命能量而已，此理观诸日月天象，并不难知。
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