人类很早已开始了对微生物的利用。在上古时代，中国就已开始利用曲糵（发霉、发芽的谷粒）进行酿酒，但当时人们并不知道曲糵的本质所在。考古学家在中国贾湖遗址的陶器沉积物中发现了酒石酸成分，经碳-14年代测定距今有9 000多年，说明当时人们已经开始通过发酵酿造技术制作饮料，是目前世界上发现的最早与酒有关的实物资料。公元6世纪，贾思勰在《齐民要术》中明确记载了谷物制曲、酿酒、制酱、造醋、腌菜等利用微生物制作食品的方法。除了食品制作外，中国人很早就将微生物用于农业生产和医疗。春秋战国时期，人们从生产实践中发现腐烂在田里的杂草可以使庄稼长得茂盛，于是开始用腐烂的野草和粪便作为肥料。公元前1世纪，世界现存最早的农学著作《氾胜之书》曾提出，利用瓜类和小豆间作的种植方法来提高作物产量。《神农本草经》记载了白僵蚕（即感染白僵菌而僵死的家蚕幼虫）的功效与用法。《左传》也有关于用麦曲治疗腹泻病的记载。《医宗金鉴》则详细记载了种痘防治天花的方法。
西方文明同样很早就记载了利用微生物的历史。公元前3000年左右，古埃及人就掌握了制作发酵面包、酿制果酒的技术。尽管当时人们通过日积月累的生活实践，已经学会巧妙地利用微生物来改善自己的生产和生活，但是他们并不知道这些方法的实质是微生物在发挥作用。除了在生产、生活实践中利用微生物外，人类也经受着各种微生物制造的威胁，如瘟疫等。但是，当时人们并不知道是微生物在其中“作怪”。尽管如此，一些医学家还是预见到了某种未知的实体在其中发挥了作用。1642年，明末清初传染病学家吴有性曾在其著作《瘟疫论》中提出传染病“乃天地间别有一种异气所感”，并指出“气即是物，物即是气”。中世纪的欧洲也认为人类致病的原因是“瘴气”所致，直至19世纪。(www.xing528.com)
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