我们在前面的章节中介绍过，人类肠道微生物组具有高度的个体间差异性和个体变异性，当外界环境发生改变和摄入饮食时，它会在1～3天内发生相应的变化。不过个体内的微生物组是相对稳定的。个体的肠道微生物组中存在着稳定的核心微生物组（core microbiota），这些核心微生物对外界刺激作出快速可塑性应答。不过核心微生物组可能更多地体现在基因水平或代谢功能水平上，由不同的细菌在基因水平或代谢功能上维持基本稳定，而不是指某些特定细菌保持稳定。（Turnbaugh et al，2009a）。此外，同一家庭成员之间的肠道细菌构成可保持稳定。这说明了极端事件才会引起微生物组的稳态失衡，如抗生素治疗。而当这种情况发生的时候，由于共同生活的家庭成员之间菌群的互相转移，个体改变的肠道微生物可得到弥补，从而维持微生物组的稳态。
“个体的微生物组可随着时间的变化保持稳定但同时又有高度变异性”，这句话看似很费解，实际上，这句话包含两层意思：一方面个体的核心微生物组是稳定的；与此完全不同的是，非核心微生物对外界干扰具有高度反应性，可对外界的任一刺激迅速作出应答，以使生态系统适应新环境（Candela et al，2012）。(www.xing528.com)
微生物组的动态性变化通常是治疗的重要反应可能和疗效相关。但由于实验对象的微生物组一开始就不同，对药物的反应自然就不一样，因此在分析疗效的时候要非常谨慎。在小鼠和其他动物模型的研究中，由于起始微生物组的差异的影响，相同的实验会出现不一样的结果（Stanley et al，2016）。因此对于微生物组的动物研究，因为考虑到不同实验室的小鼠来源和饲养环境的差异，很少有研究人员去重复验证，即使在一次研究中，研究人员倾向于每组只纳入少数动物，通常少于5只。由于微生物组具有个体间和个体内的差异性，在有些实验设计中建议包括微生物组分析，当解析结果时将微生物组的所有可能影响因素加以考虑。
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