近来，人们也开始关注微生态疗法在代谢综合征和肥胖治疗中的作用。动物研究表明肠道微生物和身体脂肪含量也是有关联的。饮食对于体重指数来说是最主要的环境因素，它可以决定肠道微生物的成分和活性，所以FMT对体重指数可能起作用。将肥胖和苗条型人群的粪便微生物转移至无菌小鼠体内，再进一步鉴别菌属的结构和功能。研究结果表明FMT能提高胰岛素敏感性，降低空腹甘油三酯水平。Vrieze等进行了一项RCT研究，包括18名代谢综合征的男性病人，接受FMT治疗后6周，发现病人的胰岛素抵抗明显改善，产丁酸盐的细菌也明显增多（Vrieze et al，2012）。研究表明肥胖与肠道微生物菌群的数量减少及结构改变相关，如厚壁菌门的增加及类杆菌属减少。这种菌群可使肥胖症病人从食物中吸取更多热量，动物实验进一步支持这种菌群的致病性，如将肥胖小鼠菌群移植入无菌小鼠体内可导致无菌小鼠体重增加。肠道菌群可产生大量的代谢产物SCFA，作为上皮细胞的能量来源，参与宿主代谢。研究者将较瘦的正常捐赠者的粪微生态移植入肥胖病人体内，可改善胰岛素抵抗，归因于肠道菌群的改变及产生短链脂肪酸菌群数量的增加，同时在肠道免疫系统方面发挥了重要的作用。另外，万古霉素可使代谢综合征病人的外周胰岛素抵抗改善，可能与肠道菌群改变相关。还有报道利用FMT治疗帕金森病、纤维肌痛、慢性疲劳、肌阵挛张力障碍、多发性硬化症，儿童退化性自闭症等疾病。2016年来自中国厦门的一项研究表明FMT对慢性乙型肝炎病人有效，特别是那些进行了长期的治疗也不能停止口服抗病毒药治疗的病人（Ren et al，2016）。纳入研究的18名病人持续HBeAg阳性超过3年，并进行了以恩替卡韦或替诺福韦酯富马酸为基础的抗病毒治疗。FMT组包括5名病人，对照组是其余13名病人。两组病人皆继续以往抗病毒治疗。每4周一次通过胃镜途径对FMT组病人进行FMT治疗，直到HBeAg清除。研究人员对FMT组所有的肠道微生物捐献者和病人进行肠道菌群谱分析，发现捐赠者和病人菌群组成有显著差异。(www.xing528.com)
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