个体间和个体内的肠道微生物都随着时间的推移而变化。但是，肠道菌群的功能成分（例如宏基因组的基因组成的潜在功能）是非常稳定的。因此，肠道微生物的宏基因组学研究能使我们更深入地了解肠道菌群在疾病中的作用。关于肠道微生物宏基因组的研究发现，在IBD病人和健康对组之间有12%的代谢途径是明显不同的，而在属水平上代谢途径差异只有2%。对肠道微生物宏基因组和宏蛋白质组的研究已经证实，在iCD中代谢丁酸甲酯和丙酸的基因表达水平降低，同时iCD中丁酸盐，以及其他SCFA的整体水平也较低，这和产SCFA的厚壁菌的减少是一致的。此外，在IBD病人，营养缺陷型和致病缺陷型细菌的功能增加了，例如氨基酸的生物合成减少以及氨基酸转运蛋白基因的表达增加。通常这些细菌产生养分的能力出现下降，因此它们需要从环境中转运养分。
许多研究发现IBD中硫酸盐还原细菌（如脱硫弧菌）明显增加。美沙拉嗪是IBD病人常用的一种治疗药物，它可以抑制粪便中硫化物的产生。未接受美沙拉嗪治疗的IBD病人的粪便样本中表现出了更高水平的硫化物。而含硫半胱氨酸代谢相关基因在IBD尤其是iCD病人中显著增加，在UC和CD中硫化物的转运也都增多了。饱和脂肪氨基乙磺酸可以和胆汁酸结合，从而增加了单体硫的可用性，导致硫酸盐还原致病型沃氏嗜胆菌的扩增，最终在基因易感的IL-10-/-小鼠而非野生型小鼠体内诱发出结肠炎（Devkota et al，2012）。氧化应激是炎症性环境的一个标志，IBD宏基因组对于氧化应激的调节表现出了一个增强的倾向，UC病人中谷胱甘肽转运增多和核黄素代谢增强就反映出了这一倾向。此外，参与毒素分泌的Ⅱ型分泌系统明显增加。在CD病人中，和毒力相关的细菌基因也增多了。这些现象提示我们要重视肠道微生物。(www.xing528.com)
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