健康成年人的肠道微生物与宿主、环境之间呈动态平衡状态。成年之后肠道微生态相对稳定，但仍有许多因素可影响肠道正常菌群的构成，如摄食、消化、吸收、地理环境、卫生状况、抗生素应用、心理因素等等。其中饮食对于肠道微生态的作用尤为突出。例如多食蛋白质的个体，其肠道中大肠埃希菌生长旺盛；以吃淀粉为主的个体，其肠道中乳杆菌较多。啮齿类动物体内的肠道微生态的组成随着摄入的纤维素、脂肪，以及碳水化合物的改变而发生明显的改变。短期饮食的调整会引起健康人体内菌群发生快速改变，但是改变的程度与受试者体内菌群有关（David et al，2014）。这些改变会对人体健康产生影响。
饮食也影响肠道内的古生菌、真菌和噬菌体。比如，碳水化合物的消耗可增加古生菌属中的甲烷短杆菌。甲烷短杆菌可以增加短链脂肪酸的产量。同样的，饮食可能也会影响肠道真菌菌群，而真菌与炎症性肠病（IBD）相关。真菌可被免疫受体所识别，比如树突状细胞相关性C型植物血凝素1（Cectin1），刺激免疫细胞。因此合理的饮食可以有效促进人体健康、预防和缓解某些疾病。
脂类、膳食纤维、益生元以及益生菌等多种膳食因素均能通过肠道微生态影响个体代谢，包括：①膳食因素通过肠道微生态调节脂肪在个体内的蓄积；②膳食因素通过肠道微生态改变内毒素水平从而影响代谢；③益生元与益生菌参与调节肠道菌群，参与机体代谢；④肠道微生态参与糖的吸收以及胆汁酸分泌过程。(www.xing528.com)
不同地区人类饮食的差异是肠内微生物菌群多样性的重要原因。西式饮食习惯的人群肠道微生态被认为与多种疾病的发病率增高有关，包括肥胖症、冠心病、代谢综合征，以及某些恶性肿瘤。肠道微生态可能是长期的健康或是不健康饮食的一种有效的生物标志。
在中国，乳糖不耐受发生率远高于欧洲、北美和澳大利亚（Halmos EP et al，2014）。乳糖酶缺乏是乳糖不耐受发生的主要原因。绝大多数乳糖不耐受者粪便中双歧杆菌数量相当低，提示结肠益生菌减少可能也是乳糖不耐受发生的重要原因。双歧杆菌发酵乳糖产生乙酸、丙酸、丁酸、乳酸等短链脂肪酸，而不产生氢气，因此在发酵乳糖时不会因产气过多而引起腹胀。中国人群在饮食结构上与欧美人群的差异，导致肠道微生态的不同，这是引起中国人乳糖不耐受率偏高的一个重要原因。
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