抗生素对肠道菌群与宿主的影响

口服阿莫西林可导致微生物组成发生显著变化，变化持续时间平均约30天（有些甚至持续2个多月）（De La Cochetiere et al，2005）。在口服环丙沙星的试验中，发生明显的菌群变化可持续数周，而微生物组成是否能够恢复到基线状态则因人而异（DethlefsenL et al，2011）。在头孢罗齐（cefprozil）试验中，也观察到抗生素使用后微生物组成的改变因人而异。微生物所处的身体部位不同，抗生素对其影响程度也不同，例如在抗生素干预后微生物多样性恢复到最初状态所需时间不同，咽喉部的恢复速度比肠道快得多。

除了影响微生物的组成外，抗生素还通过刺激病原体的抗生素抗性的表达、应激反应、增加噬菌体基因以及抗性基因丰度等方式，动员了抗性基因，使得病原体的耐药性得以累积，最终使得耐药菌幸存。

抗生素可改变宿主微生物组的转录组和蛋白质组。例如：链霉素和克林霉素均能使宿主的微生物组及蛋白质组发生改变，但蛋白质组重新恢复的时机不一，链霉素引起的变化通常在微生物组恢复之前，而克林霉素则在微生物组恢复之后。

大多数关于抗生素对肠道代谢组影响的研究主要关注的是易诱发感染的细菌，尤其是艰难梭菌（Clostridium difficile）和鼠伤寒沙门菌（Salmonella typhimurium）。艰难梭菌相关腹泻的复发与微生物多样性降低有关。克林霉素或替加环素（tigecycline）可降低微生物的多样性，并使宿主更易发生艰难梭菌感染。类似地，链霉素和万古霉素均能使宿主更易发生鼠伤寒沙门菌感染。(www.xing528.com)

营养物质作为一种生态环境可以为病原体所利用。多项高通量代谢组学研究表明，对微生物使用高浓度的抗生素可减少或消除细菌大多数代谢产物（包括短链脂肪酸和次级胆汁酸），而它们的前体（包括低聚糖、糖醇、初级胆汁酸）则增加。此外，胆汁酸、类固醇、色氨酸代谢途径中的很多化合物在经抗生素处理后均出现显著改变。这些代谢效应似乎与抗生素的类别无关，而与抗生素的浓度有关，例如，亚临床剂量的青霉素、万古霉素、青霉素加万古霉素、金霉素可增加短链脂肪酸的浓度。抗生素处理后，多个代谢途径的改变有利于艰难梭菌的生存，特别是抗生素抑制了Clostridium scindens（一种梭状芽胞杆菌）的胆汁酸羟化活动，这为艰难梭菌感染扫清了障碍。

抗生素促进感染的另一个机制是：抗生素会损害肠道生物屏障，从而促进肠道细菌易位并增加条件致病菌致病的概率，这也是二重感染的主要发病机制。

因此，在治疗顽固耐药菌的感染时，应用广谱抗生素可能会适得其反，此时粪便微生物群移植可能是较好的治疗策略。