通常认为儿童第一次接触微生物是发生于羊膜囊破裂之后。然而，Aagaard等人研究发现，胎盘和婴儿第一次胎粪中已能够检测到一套完整的微生物组（Aagaard et al，2014）。在缺氧的胎儿大脑中甚至分离出了耐药的链球菌（Zarate et al，2017）。这些发现表明，人类与微生物的第一次相互作用发生于出生之前，尽管第一次接触对人体的影响仍是未知的。由于大多数女性在怀孕和分娩时会使用抗生素，故阐明产前抗生素对微生物的作用显得尤为重要。现已发现至少11种广谱抗生素会透过胎盘进入胎儿体内。产前应用抗生素对新生儿的影响尚未可知，但胎儿出生后首先在其体内定植的微生物，对该个体体内微生物组的发育与成熟具有重大的影响。
新生儿的出生方式对其体内定植的肠道微生物的组成有重要影响（Dominguez-Bello et al，2010）。经阴道分娩者，其体内定植的微生物为其母亲的阴道微生物群落（主要由乳酸菌、普氏菌和纤毛菌属等组成）；而剖宫产婴儿体内最先定植的微生物，多是来源于环境中且大多与皮肤相关的菌属（如葡萄球菌、棒状杆菌和丙酸菌属）。肠道双歧杆菌也可由阴道垂直传播而来。(www.xing528.com)
剖宫产婴儿的肠道菌群的多样性缺乏，导致婴儿耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）的易感性及感染率增加。剖宫产带来的各种各样远期的健康问题，特别是免疫性疾病，如哮喘、1型糖尿病，是否和肠道微生物组有关值得研究。早产（主要是出生时胎龄＜33周）使感染发生的风险增高。早产所发生的感染往往使早产儿被迫使用更加强力的广谱抗生素（通常是氨苄西林和庆大霉素），而抗生素的使用进一步改变了肠道微生物的组成，如变形菌门丰度增加，而双歧杆菌数量减少。杀菌药物（bacteriocidal）普遍降低了婴儿的肠道微生物群的整体多样性，并使耐药菌被保留下来。Kuppala等人的研究表明，早产儿的抗生素治疗天数延长（＞5天）与迟发性脓毒症（主要是B组链球菌所致）、坏死性小肠结肠炎和总体死亡率增加等有关（Kuppala et al，2011）。因此，预防和治疗早产儿感染亟须有替代治疗策略。
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