为了保障本课题研究的区域性推进和系统性实施，我们实行行政与学术双轨制，落实学段与学校双主体，形成课题研究与管理的三级组织架构。
（一）总课题组
总课题组的行政负责人为教育局长和分管教学的副局长；总课题组的学术负责人为教育学院分管教育科研的副院长和教育科研室主任。此外，总课题组核心组人员还包括青少年活动中心主任、教育科研室资深科研员等。配学术秘书1人。
（二）子课题组
总课题下按学段设独立子课题，子课题组由各学段专职科研员和实验学校校长或分管副校长组成。每个学段包括4—5所实验学校。各个子课题组配学术秘书1人。
学前学段实验学校：科技幼儿园、机关建国幼儿园、襄阳路第一幼儿园（以下简称“襄一幼儿园”）、长桥第三幼儿园（以下简称“长三幼儿园”）、益思幼儿园。
小学学段实验学校：高安路第一小学（以下简称“高一小学”）、启新小学、上海交通大学附属小学（以下简称“交大附小”）、光启小学、漕河泾高新开发区实验小学（以下简称“漕开发小学”）。(www.xing528.com)
初中学段实验学校：西南位育中学、位育初级中学、徐汇区教育学院附属实验中学（以下简称“教院附中”）、园南中学、汾阳中学。
高中学段实验学校：上海市南洋模范中学（以下简称“南模中学”）、上海市第二中学（以下简称“市二中学”）、徐汇中学、华东理工大学附属中学（以下简称“华理附中”）、紫竹园中学。
校外实验单位：区青少年活动中心、天平街道社区学校、徐家汇街道社区学校。
（三）分课题组
实验学校建立以校长（或副校长）为组长的分课题组，由分管教学的副校长或教科室主任任学术负责人，成员包括学校教科室主任、实验学科骨干教师、心理辅导教师等。区教科室专职科研员作为学校实验研究课题组的学术指导，参与学校课题组的研究活动，共同研究。
三级课题组的组织架构图为：
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