1993年，12月丁大钊、方守贤、冼鼎昌三位中科院院士建议“在我国建设一台第三代同步辐射光源”。
1994年3月10日，中国科学院上海原子核研究所向中国科学院和上海市人民政府提出了《关于在上海地区建设第三代同步辐射光源的建议报告》。
1995年3月，中国科学院与上海市人民政府商定，共同向国家建议，在上海建造一台第三代同步辐射装置。
1997年6月，国家科技领导小组批准开展上海同步辐射装置预制研究，国家计委于1998年3月正式立项。
1999年1月至2001年3月，在陈森玉总经理的领导下，实施了上海同步辐射装置预制研究项目。
2003年7月，中国科学院和上海市人民政府向国家发改委上报了上海光源工程项目建议书。
2004年1月7日，国务院第34次常务会议批准通过了上海光源工程项目建议书。
2004年7月28日，中国科学院和上海市人民政府联合发文，成立了上海光源工程领导小组、工程指挥部、工程经理部和工程科技委员会。路甬祥同志任工程领导小组组长，韩正同志任副组长；江绵恒同志任工程指挥部总指挥，杨雄同志任副总指挥；徐洪杰同志任工程经理部总经理，赵振堂、丁浩同志任副总经理；方守贤院士任工程科技委员会主任，冼鼎昌院士、杨福家院士、陈森玉院士任副主任；聘任陈森玉院士为工程总顾问。
2004年11月15日，国家发展改革委批复上海光源项目可行性研究报告。
2004年12月24日，国家发展改革委批复上海光源国家重大科学工程初步设计和投资概算。
2004年12月24日，中国科学院批复上海光源国家重大科学工程开工报告。
2004年12月25日，在浦东新区张江高科技园区举行上海光源工程开工典礼，正式破土动工。
2005年6月12日，上海光源工程科技委方守贤主任、冼鼎昌副主任、陈森玉副主任和阎永廉委员，在北京听取了上海光源工程总经理徐洪杰关于上海光源首批拟建光束线站设计方案调整问题的汇报，原则同意工程经理部提出的上海光源首批拟建光束线站设计调整方案。
2006年5月10日，动力设备用房土建完成，交付公用设施设备安装。
2006年6月10日，主体建筑结构封顶。
2006年10月15日，35kV电站正式受电，开始试运行。
2006年10月26-27日，受国家发展和改革委员会委托，上海市发展和改革委员会与中科院综合计划局、基础局主持召开了“上海光源建设方案调整评审论证会”。中国科学院于2008年12月15日批复，同意该项调整。
2007年5月15日，开始直线加速器调束并在当天出束。2007年6月28日，直线加速器各项技术指标都基本达到设计要求。(www.xing528.com)
2007年9月30日增强器启动调束，2007年10月5日电子束流被升能至3.5GeV的设计能量，2007年10月30日成功实现了3.5GeV电子束引出。2008年7月，增强器调试全部达到设计指标。
2007年11月30日，首批全部7条光束线站前端区设备安装完成。
2007年11月9日，储存环安装全部完成。2007年12月21日，储存环启动常温高频腔方案调束并成功实现了束流多圈循环。12月24日，成功实现了3GeV电子束储存，并在同步光诊断线和BL16B光束线前端区观测到了同步辐射光。
2008年5月9日，上海光源第一条光束线—小角散射线站（BL16B1）正式启动调试。
2008年6月4日，X射线衍射线站（BL14B）启动调试。
2008年8月6日，启动储存环低温超导高频腔方案调束。2008年9月30日，储存环流强达到201mA@3.5GeV，束流寿命大于13小时，达到流强≥200mA、寿命≥10小时的储存环主要设计指标。
2008年10月4日，两条扭摆器光束线——X射线成像及生物医学应用光束线站（BL13W1）和XAFS光束线站（BL14W1）启动调试。
2008年12月26日，上海光源工程首批光束线站中的第一条波荡器光束线站—软X射线谱学显微线站（BL08U1）启动调试。
2009年2月6日，上海光源工程首批光束线站中的第一条真空内波荡器光束线站—硬X射线微聚焦及应用光束线站（BL15U1）启动调束。
2009年3月7日，上海光源工程首批光束线站中的最后一个进行调试的光束线站—生物大分子晶体学光束线站（BL17U1）启动调束。七条光束线站全部完成调试。
2009年4月25-26日，上海光源工程建设国际评估会在上海光源举行。
2009年4月29日，上海光源工程竣工开放典礼。此前，于2009年4月28日，上海光源工程通过工程科技委组织的专家测试。
2009年7月18日，储存环实现300mA@3.5GeV储存束流，束流寿命大于15小时，达到设计指标上限。
2009年10月22-23日，26-27日，通过中国科学院组织的工艺测试。测试结果表明，上海光源工程各项指标均已达到或超过设计指标。
2009年12月8日，通过中国科学院组织的工艺鉴定验收。
2010年1月6-7日，通过中国科学院、上海市发展改革委组织的建安、财务、设备、档案专业组验收。
2010年1月19日，上海光源国家重大科学工程顺利通过国家验收。
2019年5月，上海光源迎来开放十周年。
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