晚清时期的科举考试制度，已经严重阻碍了中国社会的发展和中华民族的进步，朝野之内，不断出现改革科举、废除科举的呼声。从地主阶级改革派龚自珍、林则徐、魏源，到早期资产阶级维新思想家冯桂芬、王韬、郑观应，再到资产阶级维新派康有为、梁启超、严复等的历次呼吁，最后加上封疆大吏张之洞、刘坤一、袁世凯等的联合会奏，科举考试终于得以废止。晚清湖北的乡试，实际在癸卯科后即已停止。
第一次鸦片战争之后，眼看着西方资本主义国家科学技术的日益强大，龚自珍、林则徐、魏源等认为，非改革科举无以救国。龚自珍大声呼吁“不拘一格降人才”，主张以多样化的不受资格限制的取士方法，来改变单一、僵化的科举选官制度；林则徐和魏源则提出，“师夷之长技以制夷”，要求增加“西技”，来改变科举考试内容上的空疏无用。他们对科举制度的批评，揭开了近代中国变革科举考试的序幕。
第二次鸦片战争的失败，使时人对科举考试制度的认识愈益深刻，因此批评的呼声更加强烈。冯桂芬认为:“人无弃才不如夷，地无遗利不如夷。”[30]他主张，仿照西方办学方式，采取新的招考制度，培养新式科技人才。1884年，国子监司业潘衍桐上奏《请开艺学科折》，主张“凡精工制造、通知算学、熟悉舆图者，均准与考”，考试内容则“以制造为主，而算学、舆图次之”。艺学科“会试三年一举行，乡试一年一举行”[31]。同年，郑观应在《考试》一文中，提出变通考试的途径:“一考经史以觇学识，二策时事以征抱负，三判例案以观吏治。”又主张，变通选才标准为:“论其艺而不论其文，量其才而不拘资格，精其选而不必定额数。”[32]
维新运动期间，康有为在“公车上书”中提出了变革科举的主张，随后向光绪帝建议，立废八股、试帖、楷法取士，并为光绪帝所采纳，遂昭告天下。梁启超则认为:“欲兴学校、养人才以强中国，惟变科举为第一义。”[33]贵州学政严修则上《奏请经济专科折》，试图增开“实科”，以网罗经世致用之才。(www.xing528.com)
在以上诸多仁人志士的倡议下，清政府逐步出台了一系列改革科举的政策或措施。光绪十四年(1888)，清政府准请御史陈琇莹的上奏，在顺天乡试中设算学一科。是科共有32人报考，照章取中举人1名。光绪二十四年(1898)维新运动之际，清帝采纳维新志士的意见，发布“停止八股，改试策论”的上谕。接着颁发《经济特科章程》，诏举经济特科，由各省长官推荐特殊人才应试。随着维新变法的失败，以上变革科举考试的措施也无形废弛。
辛丑庚子事变后，清政府决定施行新政，大力改革科考制度。其主要措施有:开经济特科、废八股改试策论、停止武科。光绪二十九年(1903)二月，张之洞与袁世凯等大臣联名上《奏请递减科举折》，提出以递减科举名额的办法，逐步取消科举，代之以学堂考试。此议也获准。随着《壬寅·癸卯学制》的颁行，科举日益成为办理新式学堂的阻碍。光绪三十一年(1905)八月初四日，张之洞、袁世凯等再次上《会奏请立停科举推广学校折》，清政府遂下令:“自丙午(1906)科为始，所有的乡、会试一律停止，各省岁、科考试亦即停止。”[34]
然而，科举形式上的废止，并没使千百年积淀而成的科举精神消亡。在清末最后十年中，“奖励出身”制度继续扮演着科举的角色，刺激着新式学堂的发展。光绪二十九年(1903)十一月二十六日，张百熙、荣庆、张之洞在重订学堂章程时，拟定了《学务纲要》和《各学堂奖励章程》。在《学务纲要》中明确指出:“学堂未毕业学生，不准应会试、岁、科考……各学堂毕业学生，已定有出身，与科举无异。”[35]《各学堂奖励章程》，则详细列举了各类学堂具体的毕业奖励办法:通儒院程度最高，奖给翰林出身；大学堂程度较高，奖给进士出身；高等学堂次之，高等学堂及与其程度相当之学堂，奖给举人；中学堂又次之，中学堂及与其程度相当之学堂，奖给优、拔等贡生。以上各学堂毕业奖励，均须以考试为标准，按考试分数定作最优等、优等、中等、下等、最下等5级。奖励必须按照学生的考试等第，予以相应的出身，以甄别其学业等差，并借以鼓励新学的发展。[36]此后的湖北新式学堂，均依此办理。
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