随着书院官学化进程的加快，书院的学习和教学也开始以考课为主，与正式官学一样，成为科举考试的预备场所。而书院之所以订立了比较严格的考课制度，并能得以实实在在的推行，与王守仁的提倡关系甚大。正德五年(1510)，王守仁在给其弟子的信中说:“举业不患妨功，惟患夺志，只如前日所约，循循为之，亦自两无相碍。”[55]在他看来，书院讲会的目的，是使原有的封建统治更加巩固，但要真正具体落实到实践中去，必须通过统治者的铨选，参与到各统治阶层内部中去。他希望诸生，既要立志举业，同时也要注意提高学术水准。这样，明清书院便开始热衷举业。
明清时期湖北的书院考试，一般分为德行考核与学业考课两大类。德行考核，是指对学生的道德品性、行为举止进行规范。为了保证考核的公正性，有的书院对此作了相应的条规，以便学生遵守执行。如梦泽书院要求:“肄业生童各宜敦品奋志，以图上进；如在院荒嬉及出外滋事，不听院长戒饬，违者送县究惩。”《孝感西湖书院详定续捐书院事宜》规定:“肄业生童如有嗜酒游博，掌教训责不遵，即由斋长逐出。”“书院非公馆可比，无论官幕，一概不准借居，所置号凳桌椅器具，立有清折，交斋长督令院书、院役经管，毋得任其遗失损坏。”为了让学生在德行修养和学业两方面都受到更好的指导和教育，该条文甚至规定:
书院掌教，由首事绅衿访择本邑品学兼优之举人、进士，公举聘请，住院训迪。其非举人、进士，毋得延膺讲席。如文品不符公论及各衙门荐非本邑之人，许绅士呈明辞退。斋长，必须公同选举学校中端方通雅之儒，俾为诸生表率。如有事故，另行公举，不得私相代谢。[56]
墨池书院也在规条中要求:“山长应延品学兼优之儒，以资教迪。”归州书院条规亦规定，山长由“阖邑绅士公举素有品学足以服务者，候本州酌定延请。如山长不实心教诲，即辞谢另请名师，一切情面嘱托，概不允从”。可见，道德行为在书院管理考核中，占有相当重要的地位。
学业考课，主要是指对学生进行“智育”方面的学习水平的考试。这种考试，在盛行考课的清代，一般称为“作课”或“会课”。由于众多书院都把参与科举考试放在重要位置，所以书院的学业考试也日臻成熟，形成了官课、师课、堂课、馆课、斋课、大课、小课、日课、月课、季课、诗课、字课、经古课、加课、会课、轮课等诸多名目的一系列考试。同时在考试过程中，定有课期，立有课程，设有监课，形成了从命题、考课、阅卷到公布结果、奖惩等各个环节严密配合的一整套制度。[57]当然，考课并非书院唯一的考试方法，也并非所有的书院都进行考课；考课的形式，也因书院本身的条规而各有异同。湖北书院内设的考课制度，在主持者看来，完全是一种科举考试的预演。从考试形式、报考资格、考场纪律、考试内容、录取办法、奖惩事宜等，都有一定的规范和要求。
从考试的形式来看，书院的考试，分官考和师考两类。如《江陵县龙山书院条约》第七条规定:“每月官课一次，山长课一次。”即每月考两次，先是地方官府出题考试一次，后由书院山长出题考试一次。同时该条约还记有:“同治七年，吕宪瑞酌定每年八课。”这说明，龙山书院的月考一年有八次。关于官考，西湖书院条约则更详尽:“书院向止八课，今增为十课。除童试、乡试停课一次(毋庸另补，费归杂用)及闰月无课外，自二月开课至冬月课满，定期每月初四，本县至院点名给卷。如遇公冗，即请两学或掌教点名，题目赴县署请领，试卷亦送县署批阅，不可无故旷课。”[58]明确规定了每月的官考必须执行，学生不可无故缺考。
书院的学习及考试，并非所有的人都能参加。首先，入院学生须经过甄录考试。如崇正书院为“必选子弟十五以上，厚重端正者”；梦泽书院为“取文理清通者为正课，文理稍次者为附课，正课生童定以二十名，附课生童定以五十名”；归州书院为“取内课生员十名，童生六名”，另收录“外课生员二十名，童生十二名。如遇内课缺额，即以拔补”。在书院渐趋官学化的过程中，书院的招生，也逐步按区域和籍贯来进行。乾隆元年(1736)上谕有:“负笈生徒，必择乡里秀异、沉潜学问者肄业其中。”[59]故《龙山书院条约》第五条规定:“龙山书院，专为本邑寒俊而设；筹款修葺，均与外县无关。或有外县生童冒名应课者，殊属非是。外县应课，原有荆南书院，何能混入龙山?”这要求，书院只能招收本县贫苦读书人。在确定招生范围后，对合乎报考资格的学生，还须履行报名手续。该条约第一条还规定:“生童报名，均于课前亲赴礼科，不准一报数名，尤不准假捏姓名。”
考场纪律，是各书院都特别重视的，许多书院都把它写进书院章程，明示学生必须照章执行。《西湖书院书役条规》第二、三、四、五条，全是关于考试纪律的要求:
一课期前三日呈稿出示，晓谕应课生童，报名造册，预备试卷，临期赴县禀请考试。
一课期应预备公案、朱墨、名册、卷本，伺候唱名。当堂点名给卷、朱、册，不得任意多给卷本。
一扃门后，随同斋长稽查，生童不得无故出入，禁逐闲人，不许混滥场规，并于卷面盖用图记，给发面点。其有携卷外出者，不得盖记接受。(www.xing528.com)
一收卷酌定二更为止，照册对明，包封送署。送署之后，不得再收补送。[60]
龙山书院也对考场纪律有严格规定。考生进入考场，“务须衣冠整齐”，应提前在书院前庭等候。考官到院，开门点名，考生按点名顺序，“鱼贯而入”，“不得拥挤擅越”，更不准先进考场，“脱卸夹带”。生员、童生的考场分开:生员在东舍；童生在西舍。答卷时，不准抄袭他人文章，“希图蒙取”；不得冒名顶替，代人做试卷；考生务必于上午将试卷誊正，要求卷面整洁；小的错处，应当场盖上戳记，不得将试卷私自带回学舍涂改，再盖上戳记。[61]
考试后，阅卷评定成绩等第。根据考生具体情况，分配录取名额，给予奖励，并对违犯考试规定的考生，给予处分。书院的名额，最初没有限制，后逐渐有了定额，分正课和附课。正课又分内课和外课。附课又名加课。内课为住读生，外课为走读生，加课为附读生，即旁听生。住读生和走读生，都有膏火钱，由书院发给；附读生，没有或给予少量的膏火钱。墨池书院与官学一样，设立了严格的等次、奖金规定。如章程中有一条如是规定:
酌定正附课膏火一百分，正课月给钱一千四百文，额取生监四十名、文童十五名；附课月给钱一千二百文，额取生监三十名、文童十五名；再取又附课八十名，优等者有奖赏而无膏火，以备升补。其升降:以附课三次优等者，升正课；正课三次劣等降附课。又附课三次优等，升附课；附课三次劣等，降又附课。其正、附课生童一次考课不到者，扣本月膏火三分之一，二次不到者扣三分之二，连三次不到者扣除名额，降入又附课。以附课、又附课优等升补。[62]
奖金、待遇，均与书院的考试成绩有关:“每年于甄考之后，愿住斋者，即赴监院报名注册，各按考取名次，由正课以及附课挨补。其米额已满而斋舍有余，听以次应补生员挨名居住，不给米。所有报名住斋者，即由监院随时稽查。如一月不在斋读书，仅来应课者，扣其本月食米；两月者除其米额，挨补其次应补之人。如住斋读书而欠课，亦按课扣米三分之一，庶不致虚米廪而昭核实。”这是一种以考课促学习的方法。考试成绩与米廪、奖金、住斋等，直接挂起钩来。每月考试两次，每次奖励前5名:第一名800文，第二名600文，第三名500文，第四、五名400文。有奖必有罚。书院对违反考试规定的学员，也会有一定的惩处。如西湖书院明确规定:“给领膏火、花红，定于十九、二十两日，斋长督率院书，在书院分给本人收领。其不交堂课卷者，不给。间有因事未到，准于下月官课交卷补给；两次不到，即行扣除。他人不得代领。”墨池书院也明文规定:
考课不到生童，按课扣其膏火，每月于支放簿内，登明本月未到生童若干名，扣出膏火钱若干贯。此项扣出钱文，应另行提存，立一清簿，积至乡试年六月，结算总共扣存钱若干贯。提出一百贯为肄业生举于乡者初次会试盘费，按赴京人数均分；其余仍归于本科乡试盘费内汇分。如三年扣存之钱不足一百贯者，尽数提出，留为会试盘费。其有恩科乡试中试者，即将其本年扣存之钱年底清算，扣出支给。[63]
奖励和惩罚，是为了达到奖勤罚懒，是促进学生为学向上而采取的相应手段，也是强化考试的有效方式。
湖北书院为鼓励诸生参加科举考试，还在制度上提供某些方便。如墨池书院的章程规定:“逢科场年，书院肄业生赴省乡试诸生，俱于六月赴监院报名造册，将该生膏火钱米，预发至八月底，俾该生添补盘费。”
以上书院的各种考试规章制度，说明此期湖北书院教育受科举制度影响进一步加深。固然，这有助于检查书院教学的质量，加强书院的学业管理；但也不可否认，它造成了从学者以考课为中心，从而背弃了书院研讨学术优良传统的弊端。
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