清咸丰十年（1860）四月十三日，太平军攻克苏州，四月二十五日占领吴江县城。翌年至清同治二年（1863），清军与太平军在吴江县城一直进行拉锯战。由于战火，垂虹桥与垂虹亭均遭到破坏。
同治二年（1863）四月二十八日，晚清重臣、淮军统帅李鸿章手下程学启部占领吴江县城。此时，浙江海宁人、监生、吏员沈锡华随程学启部进城。此前，李鸿章在攻克吴江前，就已物色人才前来宰之，他推荐了沈锡华，上疏后准报，为“奉委代理”，于同治元年（1862）九月在上海接任。翌年正月，补授。
清光绪《吴江县续志》载沈锡华入吴江城
沈锡华在两次担任吴江知县期间（第一次是任至同治七年（1868）八月去任，当了六年时间；第二次是同治八年（1869）八月署任至九年（1870）元月去任，时间比较短，办了不少事。如：同治四年(1865)，他会同震泽知县万青选重建吴江文庙（现为江苏省文物保护单位）大成殿、东西两庑、戟门、棂星门及乡贤祠、名宦祠。同治五年（1866）春，他到各乡动员修筑圩岸，竣工后，又到各圩踏勘，并定下每年农闲修圩岸的规矩。八月，他进行清粮，改立版图，分设乡柜，并勒石。同治六年（1867），重建养济院、育婴堂，置田荡4200余亩为育婴堂的开支，重建城隍庙，捐养廉银重建松陵书院。同治七年（1868），他在同里、黎里、芦墟、莘塔四镇设社学。同治八年（1869），在同里、盛泽、芦墟三地建积谷仓。(www.xing528.com)
值得一提的是，沈锡华在同治五年捐俸修垂虹桥，并重建了桥上的垂虹亭。当时，垂虹桥仍是太湖水东泄的主要出口之一，但蒿芦丛生，桥拱淤塞。因此，他组织人力疏浚城河和垂虹桥，既利于舟楫往来，又有利于太湖的泄洪。垂虹亭重建落成之时，沈锡华延请吴县木渎人、道光二十年（1840）榜眼、官至詹事府右春坊右中允的晚清思想家、散文家冯桂芬作《重建垂虹亭记》，记中说垂虹桥所在地已非当年南临太湖、北枕吴淞江的地理环境，“垂虹左右蒿芦壅淤，渐成平陆”之状则始于明代中叶，但他对垂虹桥的胜景恢复仍充满着憧憬，他在记的最后写道：“一旦旷然复宋元之旧，余老矣，尚将携杖登亭，凭阑眺远，朗吟半山青邱之句，与波涛相应和，此岂寻常游观之美登赏之乐云尔哉！”
时吴江宿儒黄象曦还为沈锡华重建垂虹亭，喜赋七律一首：“垂虹景色一亭收，尘劫荒凉几度秋。旧制翚飞标胜概，新欣鸠筑颂贤侯。人间兴废全关运，吾辈登临复此游。往迹天随何处认，茫茫烟水问沙鸥。”
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