种子由种皮、胚和胚乳三部分组成。
（一）种皮
由胚珠的珠被发育而来，包被于种子的外面，起保护作用。通常种子只有1层种皮，如大豆；也有的种子为2层种皮，即外种皮和内种皮，外种皮常较坚韧，内种皮较薄，如蓖麻。种皮可以是干性的，如豆类；也可以是肉质的，如石榴的种皮为肉质可食部分。
在种皮上常可看到以下结构。
1．种脐（hilum） 是种子成熟后从种柄或胎座上脱落后留下的瘢痕，通常呈圆形或椭圆形。
2．种孔（micropyle） 来源于胚珠的珠孔，是种子萌发时吸收水分以及胚根伸出种皮的部位。
3．合点（chalaza） 来源于胚珠的合点，是种皮上维管束的汇合之处。
4．种脊（raphe） 来源于胚珠的珠脊，即种脐至合点之间的隆起线，内含维管束。倒生胚珠发育成的种子，其种脊呈1条狭长的突起；弯生胚珠或横生胚珠形成的种子，种脊短；直生胚珠发育成的种子，因种脐和合点位于同一位置，无种脊。
（二）胚乳(www.xing528.com)
由受精极核发育而来，位于胚的周围，呈白色，细胞中含有淀粉、蛋白质、脂肪等丰富的营养物质，一般较胚发育早，供给胚发育时所需要的养料。
少数植物的种子的珠心或珠被，在种子发育过程中未被完全吸收消失而形成残留的营养组织，包围在胚乳和胚的外部，称外胚乳，随即正常胚乳便可称为内胚乳了，如胡椒。少数种子的种皮内层和外胚乳常插入内胚乳中形成错入组织，如槟榔；少数种子的外胚乳内层细胞向内伸入，与类白色的内胚乳交错形成错入组织，如白豆蔻。
（三）胚
由受精卵细胞发育而来，是种子中尚未发育的雏形植物体。种子成熟时分化成胚根、胚轴、胚芽和子叶四部分。
1．胚根（radicle） 幼小未发育的根，对着种孔，最先生长，从种孔伸出，发育成植物的主根。
2．胚轴（embryonal axis） 连接胚根与胚芽的部分。
3．胚芽（plumule） 胚的顶端未发育的地上枝，发育成植物的主茎。
4．子叶（cotyledon） 胚吸收和贮藏养料的器官，占胚的较大部分，若出土后变绿，可以进行光合作用。一般单子叶植物具1枚子叶，双子叶植物具2枚子叶，裸子植物具多枚子叶。有些养料贮藏在胚内的植物，由胚的正常维管组织转运可溶性物质到分生组织区域；有些养料贮藏在胚乳中的植物，胚所需的养料通过胚的原表皮细胞吸收。禾本科植物是由高度特化的子叶即盾片来吸收养料，如小麦、玉米等。
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