树欲静而风不止。就在朱熹被驱逐之后，想要潜心学术的时候，一场党禁的乌云已经向他缓缓飘来。这场惨烈的党禁之祸，要从赵汝愚的被贬受害致死说起。
赵汝愚当初不听朱熹的劝诫，错误地估计了韩侂胄的实力，以至于没能及时控制住这个小人。如今，得宠的韩侂胄反过来对他却毫不手软。
就在朱熹离开京师后的两个月，韩侂胄顺利地驱逐了相魁赵汝愚。起居郎、权直学士院郑湜，也因为帮助赵汝愚而遭到罢免。紧接着，兵部侍郎章颖、工部侍郎知临安府徐谊、国子祭酒李祥、国子博士杨简，都接连因为替赵汝愚说情而惨遭罢官。之后，侂胄党羽不断地弹劾赵汝愚，致使他被罢知福州之职。
宋宁宗庆元元年（1195年）四月二日，太府寺丞吕祖俭向朝廷上书，极力挽留赵汝愚，并为彭龟年、朱熹说情。不料，两天之后诏命吕祖俭改任吉州。
五日，有太学生六人上书，为赵汝愚辩白。结果第二天，朝中不分青红皂白地将六人逮捕、监押。情急之下，中书舍人邓驲秉承公正的态度，上书替这六人求情，随之便被罢知泉州。
这一连串的风波，严重打击了朱熹。他精神郁闷，身体每况愈下，病情越来越严重了。
朱熹回到建阳之后，曾经多次向朝廷上状，坚决辞免焕章阁待制职名。为了达到这个目的，他自劾妄议宋孝宗墓穴之罪，坚决要求削去待制职名。最后朝廷将他的职名改回知漳州时所除秘阁修撰。
宋宁宗改元“庆元”的第一个年头，在铲除赵党的喧嚣中过去了。其实，从党事开始之时，韩侂胄之党主要针对的就是朱熹，但是自始至终他们都没有人敢直接指出来。然而，他们对党人的迫害，却仍在紧锣密鼓地进行着。
不久，监察御史沈继祖以捕风捉影、移花接木、颠倒捏造手法罗列了朱熹的六大罪状：
一、不孝其亲；二、不敬于君；三、不忠于国；四、多次辞免，玩侮朝廷；五、追念赵汝愚，公然与朝廷作对；六、损坏孔子圣像。
虽然这些诬蔑朱熹的奏章很难令人信服，但是宋宁宗政权却全部认可了。(www.xing528.com)
朱熹拥有四海崇仰的一代儒宗盛名，以韩侂胄为首的反道学新贵们虽然也想将朱熹置于死地，但他们仍有所顾忌，不敢贸然对其杀戮流放。
紧接着，知绵州王沇，想要从法律上把道学派确立为大逆不道的“逆党”，并对这些人终身禁锢，永不叙用，因而上书奏请设立伪学之籍。这种提议正合韩侂胄一伙人之意。于是他们效法北宋元祐党籍的故技，开列了一份五十九人的伪逆党籍。其中包括宰执四人、侍制以上十三人、武臣三人、余官三十一人、士人八人。朱熹、赵汝愚、蔡元定等人都在伪逆党籍之列。
庆元二年（1196年）新年刚过不久，朝廷便将蔡元定流放到三千里之外的道州编管，而朱熹也以伪学之魁免去祠禄官之职。就这样，朱熹永远地结束了几十年的政治生涯。
朱熹与蔡元定是要好的朋友，他们有着相同的政见。因而得知蔡元定被贬，朱熹一直对他牵肠挂肚。
正月过后，蔡元定被命令先到建宁府落脚，听候发落。朱熹觉得这是一个好机会，便决定与他相见。他们两个人见面之后，嘘寒问暖，斟酒话别。
此后，朱熹还经常同蔡元定书信往来。他拜托自己旧日的朋友，对蔡元定给予更多的照顾。同时，他还托人暗中保护蔡元定的家人，使蔡元定没有后顾之忧。
此次党祸兴起，几乎不涉及学术的是非，完全是出于政治的需要。在尔虞我诈的政治风云中，朱熹始终没有放弃自己的政治、学术立场。最终，他虽然成为政治上的失败者，但是他那宁为玉碎、不为瓦全的士人节操令人敬服。
在黑暗的政治环境下，朱熹的学说成为政治斗争的牺牲品。他不敢让自己的儿孙们参加科举考试，不敢公开为他人作文，不敢刊印自己的著作。但是，从骨子里来说，他从来不会对韩侂胄等新贵屈服，也从来不会放弃自己的理想和追求。
当党祸来临的时候，朱熹没有因为避嫌远祸而将前来求学的学子拒之门外，有时反而主动邀请那些值得信赖的士友到精舍切磋学问。不管他人怎样苦口婆心地劝他遣散生徒，他始终笑而不答。他以讲学不辍的行动来回答对“伪学”的攻击，即使他有可能进一步获罪也毫不在乎。
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