朱熹近年来一直疾病缠身，精力不济，出官长沙已经十分勉强了。而且，他知道自己与朝廷的政见有很多不合之处，许多施政主张很难得到实施，因而想推辞不就。但是，宋宁宗刚执政不久，朱熹直接推辞实在不好，就陷入了两难的境地。最后，经过再三考虑，朱熹决定一面先接受朝廷的任命，一面递上辞免申状，在途中听候发落。
在途中，朱熹接到圣旨，任命他为焕章阁待制兼侍讲，其实就是帝学之师。从他的官历、实绩方面来评定，这一任命的确有些超出常格了，因而，他坚决推辞，先后三次上状，表示不敢接受任命。
绍熙五年（1194年）九月三十日，朱熹来到临安。宋宁宗亲笔御批：
卿经术渊源，正资劝讲，次对之职，勿复牢辞，以负朕崇儒重道之意。
朱熹见再也无法推辞，这才正式接受任命，出任焕章阁待制兼侍讲之职。紧接着，宋宁宗又任命朱熹为史馆，让他兼实录院同修撰。
身为皇帝的老师，为了更好地辅导宋宁宗的学业，朱熹倾注大量的心血，备足了功课。他革除了实录编纂中存在的弊端，同时还拟定了修史例，规定了采集传主史料的程序。皇帝对他的作为十分欣赏。没过多久，宋宁宗便封朱熹为食邑三百户的婺源县开国男。(www.xing528.com)
随着地位与声望不断提高，出于强烈的责任感，朱熹在自己本职之外，还对朝廷政事发表自己的看法。他曾经多次上书涉及宫廷隐私忌讳之事，议论宋孝宗灵位安置太庙和宋孝宗陵墓之事。最初宋宁宗对朱熹是十分尊崇的，但是他的言语太过耿直，毫无奉承之意，不懂得避讳，最终惹恼了皇帝。
宋宁宗对朱熹的尊崇，随着时间的推移，由于朱熹的说教而转变成了厌恶。朱熹虽然有所察觉，但依然我行我素。最后，在韩侂胄等佞臣的挑唆之下，宋宁宗终于罢黜了朱熹。
成为帝师，便是朱熹仕途的顶峰。毫无顾忌，直言犯上，他尽展诤臣的风姿。但是，在朝仅仅四十多天，他却遭到了驱逐。
十二月，朱熹被改授焕章阁待制、提举南京鸿庆宫。就这样，短暂的辉煌之后，朱熹进入了他一生中最黑暗的时期。
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