好氧堆肥的工艺流程主要是：预处理—主发酵—后发酵—后处理—贮存。
预处理阶段：预处理包括分选、破碎以及含水率及碳氮比的调整。首先去除废物中的金属、玻璃、塑料和木材等杂质，并破碎到40 mm左右的粒度，然后选择堆肥原料进行配料，以便调整水分和碳氮比。
发酵阶段：我国大都采用一次发酵方式，周期长达30天。目前采用二次发酵方式，周期一般用20天。一次发酵是好氧堆肥的中温与高温两个阶段的微生物代谢过程，具体从发酵开始，经中温、高温然后到达温度开始下降的整个过程，一般需要10～12天，高温阶段持续时间较长。二次发酵指物料经过一次发酵后，还有一部分易分解和大量难分解的有机物存在，需将其送到后发酵室，堆成1～2 m高的堆垛进行二次发酵并腐熟。当温度稳定在40℃左右时即达腐熟，一般需20～30天。
后处理阶段：这一阶段对发酵熟化的堆肥进行处理，进一步去除堆肥中前处理过程中没有去除的杂质和进行必要的破碎过程，经处理后得到的精制堆肥含水在30%左右，碳氮比为15～20。
贮存阶段：贮存是指堆肥处理前必须加以堆存管理，一般可直接存放，也可装袋存放。但贮存时要注意保持干燥通风，防止闭气受潮。
堆肥过程影响因素有：(www.xing528.com)
①供氧量要适当，实际所需空气量应为理论空气量的2～10倍。
②含水量在50%～60%为宜，55%最理想，此时微生物分解速度最快。水的作用：一是溶解有机物，参与微生物的新陈代谢，二是调节堆肥温度，温度过高时通过水分的蒸发，带走一部分热量。
③碳氮比要适当，一般认为城市垃圾为20～35之间。
④碳磷比也要适当，一般碳磷比为75～150。
⑤pH值，当有机污泥做堆肥原料时，需要进行pH调整，堆肥过程开始时，由于酸性菌作用，pH值为5.5～6.0，堆肥结束后，pH值为8.5～9.0。
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