魏晉南北朝筆記中，關於仙人古琴的記載，主要表現在以下兩個方面：
其一，通過“琴可通靈“的神異書寫，表現仙人之神異及古琴的神秘性。
《無上秘要》卷二十一中對太眞王夫人彈琴時由一絃奏五音，並且能引得眾鳥“集於岫室之間，徘徊飛翔，驅之不去”的記載，表現了古琴的神奇[24]。
王嘉的《拾遺記》卷二中關於師延的記載則更彰顯古琴之神秘：
師延者，殷之樂人也。設樂以來，世遵此職。至師延，精述陰陽，曉明象緯，莫測其爲人。世載遼絶，而或出或隱，在軒轅之世，爲司樂之官。及殷時，總修三皇五帝之樂。拊一絃琴則地祇皆升，吹玉律則天神俱降。當軒轅之時，年已數百歳。聽衆國樂聲，以審興亡之兆。至夏末，抱樂器以奔殷。及紂淫於聲色，乃拘師延於陰宫，欲極刑戮。師延既被囚繫，奏清商、流徵、滌角之音。司獄者以聞於紂，紂猶嫌曰：“此乃淳古逺樂，非余可聽說也。”猶不釋。師延乃更奏迷魂淫魄之曲，以歡修夜之娯，乃得免炮烙之害。周武王興師，乃越濮流而逝，或云死於水府。故晉、衛之人，鐫石鑄金以像其形，立祀不絶矣。[25]
師延在軒轅黃帝之時，已數百歲，並且一直活到了商周時期，絕非凡人，可視其爲仙。在這則材料當中，師延的異能及古琴的神秘性主要表現在以下幾個方面：首先，能以音律召喚神衹——拊一絃琴則地祇皆升，吹玉律則天神俱降。其次，能通過樂聲窺見興亡之兆，夏末奔殷、商紂時奔周，都是其對所預知的朝代更迭而做出的選擇。再次，由琴曲可觀人心，操琴曲可惑人心。商紂爲荒淫無道的暴君，故極其嫌棄清商、流徵、滌角登上古明君淳厚之古樂，而耽溺於淫聲艷曲。而師延順應其心操曲，使其迷魂淫魄，而終得倖免於難。
關於師延的相關記載，早在《韓非子·十過》中就有提及，并藉之規勸君王不能耽溺於音樂之中。而其中晉平公不聽師曠勸阻，妄聽琴曲而導致身死國衰的情節，也渲染了古琴的神秘性：
昔者衛靈公將之晉，至濮水之上，稅車而放馬，設舍以宿。夜分，而聞鼓新聲者而說之。他人問左右，盡報弗聞。乃召師涓而告之，曰：“鼓新聲者，使人問左右，盡報弗聞。其狀似鬼神，子爲我聽而寫之。”師涓曰：“諾。”因靜坐撫琴而寫之。師涓明日報曰：“臣得之矣，而未習也，請復一宿習之。”靈公曰：“諾。”因復留宿。明日而習之，遂去之晉。晉平公觴之於施夷之臺。酒酣，靈公起。公曰：“有新聲，願請以示。”平公曰：“善。”乃召師涓，令坐師曠之旁，援琴鼓之。未終，師曠撫止之，曰：“此亡國之聲，不可遂也。”平公曰：“此道奚出？”師曠曰：“此師延之所作，與紂爲靡靡之也。及武王伐紂，師延東走，至於濮水而自投。故聞此聲者，必於水之上。先聞此聲者，其國必削，不可遂。”平公曰：“寡人所好者，音也，子其使遂之。”師涓鼓動究之。平公問師曠曰：“此所謂何聲也？”師曠曰：“此所謂清商也。”公曰：“清商固最悲乎？”師曠曰：“不如清徵。”公曰：“清徵可得而聞乎？”師曠曰：“不可。古之聽清徵者，皆有德義之君也。今吾君德薄，不足以聽。”平公曰：“寡人之所好者，音也，願試聽之。”師曠不得已，援琴而鼓。一奏之，有玄鶴二八，道南方來，集於郎門之垝；再奏之，而列。三奏之，延頸而鳴，舒翼而舞，音中宮商之聲，聲聞於天。平公大說，坐者皆喜。平公提觴而起爲師曠壽，反坐而問曰：“音莫悲於清徵乎？”師曠曰：“不如清角。”平公曰：“清角可得而聞乎？”師曠曰：“不可。昔者黃帝合鬼神於泰山之上，駕象車而六蛟龍，畢方並鎋，蚩尤居前，風伯進掃，雨師灑道，虎狼在前，鬼神在後，騰蛇伏地，鳳皇覆上，大合鬼神，作爲清角。今吾君德薄，不足聽之。聽之，將恐有敗。”平公曰：“寡人老矣，所好者音也，願遂聽之。”師曠不得已而鼓之。一奏之，有玄雲從西北方起；再奏之，大風至，大雨隨之，裂帷幕，破俎豆，隳廊瓦。坐者散走，平公恐懼伏於廊室之間。晉國大旱，赤地三年。平公之身遂癃病。[26]
《韓非子·十過》中提及師延的內容，與《拾遺記》中雖然有些細節有所牴牾，如《十過》中，師延似乎衹是商紂王時期普通的樂師，而未言其神異。在《十過》中，《清商》是亡國之曲，但在《拾遺記》中卻是淳古逺樂。除此之外，二者對古琴神秘性的書寫卻是一脈相承的。在《十過》中，琴聲是興亡之兆，遠古賢德的先王之樂，德薄的君王不可聽。其中師曠古琴時能引來玄鶴，隨樂聲而無；能改變四時氣候，令晉國大旱三年，如此種種，皆表現出琴之爲一般樂器所沒有的“通靈”之性。
古琴在諸多文獻中的“神秘性”與其起源、象徵性的設計有關。(www.xing528.com)
關於古琴的起源，有伏羲、神農、舜作琴的三種說法。伏羲、神農、舜是“三皇五帝”中的三位，太古時期，距今久遠，關於他們的事跡，多爲傳說，他們身上常常具有不可思議、德配天地的神異之力，傳說琴爲他們之中的某一位所作，無疑爲古琴增添了神秘感。
另外關於古琴的設計，桓譚《新論·琴道篇》中言神農氏作琴，“上觀法於天，下取法於地，近取諸身，遠取諸物，於是使削桐爲琴，繩絲爲絃，以通神明之德，合天地之和。”古琴的琴身各個部位的長度，以及琴絃的數量等，都有其特殊的意義。如“琴長三尺六寸有六分，象期之數。厚寸有八，象三六數。廣六寸，象六律。上圓而斂，法天。下方而平，法地。上廣下狹，法尊卑之禮。琴隱長四十五分，隱以前長八分。五絃，第一絃爲宮，其次商、角、徵、羽。文王、武王各加一絃，以爲少宮、少商。下徵七絃，總會樞極。足以通萬物而考治亂也”。由此可見，古琴的結構中每一部分都尤其由天地萬物中抽象而成象徵意義。古琴結構中及其濃厚的象徵性，在諸多對琴記載或描述中往往拓展爲神秘性，進而具體書寫爲琴音可知興亡，琴聲可變四季、琴音蠱惑人心，古琴能令鳳凰來儀、百獸率舞等琴可通靈神異之象。
其二，以“好琴”、“鼓琴”來呼應仙人出世絕塵的風采。
《列仙傳》中，能讓天下的務光“好鼓琴”。《搜神記》記載能入水取龍子，乘赤鯉出，身具異能的琴高“能鼓琴”[27]。居睢水旁百餘年，以釣魚爲業的冠先，因宋景公問其長生之道不答而遭殺身之禍。數十年之後，又出現在宋國城門之上，“鼓琴”數十日乃去[28]。冠先起死回生，固然讓人驚歎。然其復生後於城門之上“鼓琴”之從容，更顯其超逸絕塵。
此類故事中，“琴”彰顯其拔俗不群風采最爲明顯的，當屬葛洪《神仙傳》卷六中關於孫登的記載：
孫登者，不知何許人也。恒止山間，穴地而坐，彈琴讀易。冬夏單衣，大寒，人視之，輒被髪自覆身。髪長丈餘，又雅容非常。歷世見之，顏色如故。市中乞得錢物，轉與貧人。更無餘資。亦不見食。時楊駿爲太傅。使傅迎之。聞訊不答。駿遺以一布袍。亦受之。出門就人借刀斷袍，上下異處，置於駿門下，又復斫碎之。時人謂爲狂。後乃知駿當誅斬。故爲其象也。駿錄之不放去。登乃卒死。駿給棺埋之於振橋。數日後，有人見登在董馬坡。因寄書與洛下古人。嵇叔夜又邁世之志，曾詣登。登不語。叔夜乃扣難之，而登彈琴自若。久之，叔夜退。登曰：“少年才優而識寡，劣於保身，其能免乎？”俄而叔夜竟陷大辟。叔夜善彈琴，於是登彈一絃之琴以成音曲。叔夜乃歎息絕思也。[29]
以上記載可見，孫登身負異能，不僅長生不老（歷世見之，顏色如故），而且有種種預知的能力，勘破了嵇康和楊駿最終不得善終的命局，每每有所暗示，又始終不說破天機。除了“神異”，孫登的“雅望非常”主要是通過“琴”體現出來的。嵇康不斷糾纏，而孫登卻彈琴自若，物我兩忘。魏晉名士當中，嵇康以善琴聞名，琴藝出眾。但孫登竟能以一絃之琴而成音曲，則又比嵇康五絃之琴成音律更爲高明，堪稱神技。因此連嵇康都“歎息絕思”。彈琴與琴藝，更加襯出孫登之風雅絕俗。
魏晉南北朝筆記中對於仙人與琴的描寫在於表現仙之神異、琴之通靈，而其書寫中又常以“琴”表現仙之風骨，呈現出其時代獨有的特色。
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