在学校精神的引领下，新安二高确立了“通过提高学生的综合素质来提高教学质量”的办学思想。
林保健在一篇文章中这样写道：“长期以来，有些人一谈到素质教育就要痛骂高考，好像高考是实施素质教育的大敌，如果高考不取消，素质教育就无法实施。某年，南京市高考成绩下降，老百姓一片骂声，于是有人出来解释，说这是‘素质教育之痛’，意思是因为南京市推行了素质教育，才导致了高考成绩的下滑。这是一个错误认识。影响了高考成绩的素质教育是伪素质教育，实施素质教育并不会影响高考，真正的素质教育应该是能够提高高考成绩的。”
在他看来，高考的竞争绝对不仅仅是智力上的竞争，学生的学习成绩与其思想品质、道德情操、意志毅力、行为习惯、思想方式、价值观念、为人处事等因素密切相关。这些因素是一个人素质的最重要方面，同时也是制约学生成绩的关键因素。没有生源优势，不提高学生的综合素质，单单着眼于学生学习成绩的提高，是根本不行的。
在这种办学思想的指导下，新安二高的教育教学工作首先着眼于学生综合素质的提高。从思想品质、道德观念、价值取向、法制意识、行为习惯、口头语言、人际交往、心理素质等方面进行引导，培养健全人格，促进健康发展，进而提高教学质量。这是新安二高最核心的办学思想，也是该校领导和教师共享的价值观之一。
新安二高大门两边的墙上有两块竖排标语，东边是“图安逸请到别处”，西边是“怕吃苦莫进此门”。以此积极引导学生磨砺自己的意志。(www.xing528.com)
按照素质教育的办学思想，新安二高实行学生学业成绩增值评价，给后进生以受到表扬的机会；要求学生按时就寝，保证每天睡眠时间不少于8小时；除体育课外，给学生安排了早操和上午、下午的课间操，保证学生每天有1小时以上的体育锻炼时间。
志存高远，自画蛋始，在字字句句上打基础；行效众贤，从扫屋起，于点点滴滴中铸灵魂。这副对联是林保健校长和前任校长郭锦堂共同作的，也是新安二高教育思想的一种反映，与“励志成才，荣家报国”“完善自我，追求卓越”的校训一脉相承。
新安二高提出，完善自我就是从不断改掉自己的小毛病开始，就是从不说脏话、不随地吐痰、不乱倒污水、不乱扔果皮纸屑、就寝不说话、考试不作弊、自习能安静、对人讲礼貌、吃饭自觉排队、值日积极主动、开门不用脚蹬等日常生活小事做起，形成良好习惯，保持文明高雅的言行举止。
“这些正是素质教育的基础内容，这些问题不解决，学生就不可能追求卓越，就不可能励志成才，荣家报国。”班主任王喜特说，“在素质教育的旗帜下，学生的文明程度越来越高，自律意识越来越强，好学上进的风气越来越浓，管理难度越来越小，每学期的开学报到时间只有半天，上午报到，下午上课。一开学就正规，没有过渡期。”
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