1984年3月，57岁的丁石孙上任北京大学校长。在就职讲话中，丁石孙说：“一般的说法，叫新官上任三把火。我没有三把火，我在北大工作了这么多年，火气早没了。同时，我也认为，中国的事情比较复杂，不是靠三把火能解决的。我只希望能够做到，下一任校长接任的时候，比我现在接任的时候，条件要好一点。这就是我的目标。”丁石孙承诺，上任3个月内不进行任何改革，先把现状了解清楚。
丁石孙与当时教务长王义遒商谈学校工作
曾任新华社资深记者的妹妹丁永宁回忆大哥：“以前，我很难看到哥哥的笑脸。一会儿‘反右’，一会儿‘反右倾’，一会儿‘文革’，折腾极了。我看着他都觉得心疼。自从他当上了北大校长，我觉得他很阳光，意气风发，准备大干，好像春天进入了他的心里，属于他的时代来了。”
丁石孙强调从严治校，但希望能给学生营造宽松的成长环境。在与任何人谈话的时候，丁石孙都会把话听完再来表达自己，不管对方说的观点他是否赞同，也不管对方说的话题他是否感兴趣。这不仅体现了修养，也体现出他的一种民主作风——尊重每个人表达的权利。
“大学没有一定的规则和约束就没法进行管理，可学校的产品是人。个人的特点又不相同，如果我们总用同一个模式去要求人，往往是不成功的。这就需要我们在大规模生产中给他们的成长提供一定的自由度。”丁石孙后来如此回忆当时的治校理念。
丁石孙要为振兴北大办几件事，但困难很大。张恭庆在《丁石孙老师》一文中说了一段往事：“‘文革’给学校遗留下的问题之一是住房紧张。‘文革’之初，原先居住比较宽敞的教授住宅都迅速地被瓜分完了，一幢小楼住上四五家人，到落实政策时，就得有空房让那些人家搬出来住；另外，当年的年轻教师大都已结婚生子，需要从单身宿舍搬到家属楼。但‘文革’十年学校没有基建，已有的住房远远不够安置。为了应对这些需求，1980年代初，学校在中关园新盖了几幢三居室的家属楼，先分给一些资历老、职称高的教师居住。这时有人嚷嚷：‘知识分子住高楼，劳动人民住平房。’丁校长本人一点也没有特殊化，他和我这样的普通教授一样都住在中关园42公寓。
有天晚上下大雨，公寓周边人声嘈杂，一群人站在楼外大声叫喊：‘丁石孙出来！’丁校长十分镇定，马上从楼里走了出来。当他听说是有些平房被水淹了，便跟随来人赶到现场去考察。走近平房时，有人对他说：‘你还穿着皮鞋，来，我背你进去。’只见丁校长毫不犹豫，大步踏入水中，走进淹了水的房子，深入了解情况。他随即提出办法，紧急安置了那些受灾的居民。他的举止让人心服口服。”
丁校长上任后不久就让教务处做过调查，发现北大理科各系毕业生当时仍在从事本专业工作的并不多。他由此意识到，本科阶段不应过分强调专业教育，而要拓宽学生的视野。学生可以在这个过程中发现自己的兴趣，找到自己的研究方向。
一位84级计算机系的学生回忆说，进入北大不久，就意识到自己真正的兴趣在中文系，没想到大二那年北大就允许学生提出转系申请。一夜之间，不可能的事情居然就变成了现实。在当时的环境下堪称奇迹。而这个奇迹的实现，得益于校长丁石孙。
这位成功转系去读中文的同学，在毕业时，从图书馆往勺园走的路上，碰见了正骑自行车的丁校长。他说，那时很想拦住校长道一声谢谢：“感谢您允许北大学生转系。因为您的改革，让我实现了自己的理想。”
丁家四兄妹在镇江合影
丁石孙也以身作则。虽然当了校长，却坚持给学生上高等代数这门基础课，除非不得已，从不耽误课时。每一任北大校长都可以在任内搬进北大燕南园的一套独栋小楼居住，但丁石孙拒绝了，仍旧住在中关园一套不到80平方米的老旧房子里。
在学生们的印象里，丁校长总是穿一件洗得发白的蓝色或灰色衣服，骑一辆旧自行车，穿行在校园里。有人想找他说话，直接把他的自行车拦下来就是。
他家的电话号码是公开的。有个学生觉得食堂的饭菜太难吃，直接打电话到他家里骂了他一顿，让他自己去食堂尝尝。他并不恼，真的开始食堂改革。之前，北大各院系学生吃饭的食堂是固定的，他引进竞争机制，饭票在各食堂通用。食堂有了竞争压力，质量立刻提高。不多久，北大的食堂口碑在高校中也出了名。
1986年的一天，丁石孙问王义遒，觉得北大存在什么问题？王义遒回答，没有目标：“不少人工作都得过且过，没有奔头。这样的集体没有朝气，没有凝聚力。”当时市场经济刚起步，“脑体倒挂”现象严重，“读书无用论”冒头，各种海外新思潮又不断传进中国，北大内校风、学风有些混乱浮躁。
1986年下半年，丁石孙提出了六点治校方针：“建设世界一流大学；从严治校；贯彻竞争原则；坚持双百方针，活跃学术空气；树立综合平衡与全局观念；分层管理，坚决放权。”
然而1987年，因为学校的管理问题，学生和校方发生冲突，有四五千学生包围了丁石孙的办公楼，情绪紧张到了极点。但丁石孙依然从容自若，坦诚相对。在1980年代那个特殊的时期，他这位北大校长经常处在风口浪尖上。但无论多少学生的骂声，看到多少不理解的举动，他都用长者的慈爱与宽厚温暖着未名湖。他期望通过平等的交流消除矛盾、填补沟壑。他的民主作风感人至深，他的开明深受学生们的喜爱。
后来常常有人追忆，说“那时的北大就是心目中大学的样子”。人人心怀理想，觉得自己对国家、民族和社会承担着使命和责任，心怀热情和希望。丁石孙只是笑笑：“我运气比较好，因为1988年确实是北大达到很高水平的一年。”他觉得，那种精神的魅力，是“不太容易消失的”。
但在数年的校长生涯中，丁石孙也常感到力不从心，推动改革十分不易。身体出了状况，可能都与当校长累坏有关。
张恭庆在《丁石孙老师》中回忆：“1988年程民德先生辞去数学所所长的职务，系领导让我继任。经过一段酝酿，我提出研究所实行以科研流动编制为主，两年轮换的制度。研究所面向全系组织日常学术活动和大小学术会议，并提供出版论文预印本等方面的服务。丁校长很肯定这个方案。但当我接手工作时，却发现这么多年来，研究所并没有独立的运行经费。需要用钱的时候，都是靠程先生向系或学校打报告，专款专用。于是我向丁校长提出了经费需求。没有想到那时学校经费非常紧张。丁校长思索了很久，打电话给我说：‘你提出的要求是合理的，但学校现在实在拿不出这笔钱来，我先从校长办公费里拨一两万元给你作启动费，以后不能保证每年都有。’过了几天我到系图书馆去考察购买新书和预订期刊的情况，结果大吃一惊，一年之中原版新书只有二三十本，很多重要的外文期刊，架上也找不到。据了解，尽管系图书小组按时提出了采购和预订计划，但由于学校经费紧张，都被校图书馆砍掉了。然而图书对于数学研究来说，和实验仪器对于自然科学是同样重要的。我把这个情况调查清楚以后，不得不再去找丁校长。丁校长当然知道图书期刊的重要性，但他可能并不知道现实已经严重到了这个地步。他紧皱眉头思索着，对我说：‘我知道了，我找图书馆了解一下。’过了一两个星期，校图书馆的同志找我说：‘我们全校一年才只有100万图书经费，不过明年我们给数学系10万。’这件事也从一个侧面反映出上世纪80年代末北京大学吃紧的财政情况。‘巧妇难做无米之炊’，那个年代的北大校长真不好当！”
1988年7月，有位高干子弟北大附中毕业，但高考成绩并不理想。其母找到丁石孙，希望自己的儿子能进北大。丁石孙却以北大气氛活跃、人身安全不能保证为由婉拒。该高干子弟只好上人大历史系。事情就这样过去了，丁石孙也没因此遇到麻烦。
1988年，他给时任国家教委主任李铁映写过两封信，说已经干了4年，身体很不好，希望能同意自己辞职：“我觉得一个人做不成的事情多得很，做不成就算了，我已经尽了力了。”但辞职请求没有被接受。1989年春节后，教育部领导找他谈话，希望他继续主持北大工作，他同意了。他告诉王义遒，希望对方跟他一起酝酿新一届行政领导班子。但8月下旬，教育部领导再次找丁石孙谈话，批准了他的辞职请求。1989年9月，丁石孙回到了数学系。
在告别讲话中，丁石孙说：“我当了五年校长，由于能力有限，工作没做好；我是历史乐观主义者，相信后来的校长会比我做得好，会把北大办得更好。”(www.xing528.com)
后来担任北大校长的郝平这样评价他：“丁石孙先生是北大师生十分敬重的老校长，担任北京大学校长期间，在推动建设世界一流大学、推进教学改革、提高学术研究等方面贡献巨大、影响深远。”
丁石孙此时也十分关心数学普及和教育。他主编了一套“智慧之花”小丛书，包括《归纳·递推·无字证明·坐标·复数》等，内容之丰富、水平之高，很多方法和结果尽显数学之精妙；而且其他书里很难见到，比如在一个矩形内随机找三点，构成一个钝角三角形顶点的概率是多少？答案里既有反三角函数又有对数，当矩形是正方形时为97/150+π/40，这很神奇，显示了微积分的威力。小丛书是数学爱好者必藏的珍品，如今已是一书难求。在晚年，他还与人合作了一本《数学与教育》。丁石孙给中国数学界留下的每一本读物都是高质量的，中国数学界和教育界应该记住他的贡献。
丁石孙主编或执笔的数学普及读物
1990年，丁石孙左眼眼底出血，左眼视力基本丧失。1993年，在民盟中央主席费孝通的提议下，丁石孙调入民盟中央，由兼职副主席成为专职副主席。调任前，丁石孙有些犹豫，他原本想在北大数学系安安心心地教书。时任数学系主任的李忠劝他：“你对我们普通知识分子很了解，你到那个地方，可以代表我们发言。”
调任后，丁石孙仍然定期到北大给数学系一年级新生上基础课。
1996年，他出任民盟中央主席。1998年3月，出任第九届全国人大常委会副委员长。1998年，时逢北京大学百年校庆，丁石孙到校出席纪念活动。当他的名字被念出，全场响起了极为热烈的掌声。季羡林发表讲话时说，北大历史上有两位校长值得记住，一位是蔡元培，另一位是丁石孙。会后，大家争相与他合影。
曾先后担任民盟领导人的费孝通、钱伟长和丁石孙（自左至右）
吴文俊同丁石孙握手
丁石孙也参加一些数学家的会议，比如2002年在北京召开的国际数学家大会。2003年，丁石孙任第十届全国人大常委会副委员长。2005年，他辞去民盟中央主席职务。
丁石孙90多年的一生经历丰富曲折。晚年，因为腿脚不便，所以很少出门，常常坐在不到30平方的起居室里的沙发上。夫人去世后，他显得更加沉默，笑容越来越少。那时，丁石孙的视力下降得厉害，但听力尚可。
晚年长期坐轮椅的丁石孙
在接受央视的采访时，丁石孙说：“我是个失败的校长，因为我心目中理想的、好的学校，不是这样的，没有达到。”此时的丁石孙爱听音乐，喜欢贝多芬，尤其喜欢《欢乐颂》和《英雄交响曲》。
2016年1月底，北京大学86级学生派了几个代表看望已经住院的丁石孙。他们带了一束花、一张卡片和一首诗。卡片上写“感谢您给了我们北大历史上最好的几年”。丁石孙看不见，他们就读给他听：
遥记当年初相见，我正少年君英年。
五湖四海风云会，一世之缘结燕园。
风度翩翩谆谆语，当日风华如昨天。
可叹流年如水转，一去经年改容颜。
千山万水追寻遍，为觅梦境过千帆。
虽经九转而未悔，犹抱初心何曾变。
长揖一拜谢师恩，弟子沾巾不复言。
心香一瓣为君祈，福寿安康复翩翩。
89岁的丁石孙已口不能言，却听得清学生说的每句话。几个女同学俯下身去，拉住他的手。他睁着眼睛，轻轻地点了点头。
免责声明：以上内容源自网络，版权归原作者所有，如有侵犯您的原创版权请告知，我们将尽快删除相关内容。
