白水江国家级自然保护区是一个复合生态系统，主要包括森林生态系统、社会-经济生态系统和水域生态系统。森林生态系统是保护区复合生态系统的主体，占保护区面积的82.7%，是生物种类繁多的绿色宝库，成为许多动植物生存的“避难所”。但是随着人类活动的加剧，森林遭到破坏，生态环境恶化，致使很多动植物种类受到威胁，甚至濒临灭绝。社会-经济生态系统是整个复合生态系统的核心，对保护区的发展起着举足轻重的作用。水域生态系统由保护区内的河流、水库组成，是鱼类及两栖类生物的栖息场所，这种复合型生态系统的生物多样性十分丰富和鲜明。由于特殊地理条件的限制，自然保护区内交通不便，封闭性强，人类活动的基本目的仍停留在温饱自足阶段，经济主要依赖于农业，第二、三产业严重滞后。这也造成当地人在经济发展的压力下，无暇考虑生态因素，从而有一些违背生态保护的行为。主要的干扰方式为：
（1）砍伐薪柴是人类干扰的主要方式之一。保护区实验区及周边现有2.2万户10万多人，生活用柴按户年均消耗薪柴4500 kg计，每年约消耗薪柴9.9万t。随着社区人口的增多，对薪柴的需求量不断增大，无节制的乱砍滥伐，致使一些立地条件较差的林地被砍伐后难以恢复。
（2）砍伐林木是森林遭受破坏的另一个方式。砍伐林木大部分发生在核心区和缓冲区，对生物多样性威胁严重。砍伐木材是满足修房屋、建圈舍、做家具等生活需要，另一方面也是市场需求以及社区修桥、修建校舍、改善学校设施等社会公益性需求。
（3）采集。采集包括采集野菜、挖药、打椴木花、割漆等。这些活动对一些物种造成比较严重的威胁，甚至是毁灭性的威胁，如打椴木花。除采集的影响，进入保护区的采集有时会附加其他的威胁因素，如野外用火、砍伐，甚至偷猎等。
（4）毁林开垦。由于农业生产方式落后，科技含量低，粮食产量低，经济收入结构单一，造成保护区社区群众生活困难，导致毁林开垦现象不同程度地存在于实验区内，包括种粮、种茶、种药材等，从而改变了林地性质，造成植被丧失，野生动物栖息地缩小，生物多样性下降。(www.xing528.com)
（5）猎捕。猎捕包括狩猎和捕捞。狩猎野生动物是对保护区生物多样性威胁的主要因素之一，狩猎的对象有羚牛、黑熊、林麝、大鲵、果子狸、雉类等，此外还有野猪、鬣羚、斑羚、毛冠鹿、麂、獾等，个别种类如林麝等在保护区濒于灭绝。
（6）开矿和环境污染。保护区主要有砂金矿、岩金矿、硅铁矿、煤矿和铜矿等。金矿和煤矿的开采需要一定量的坑木做支撑，坑木大部分来自保护区内。开采砂金会使河床泥沙堆积，淤塞河道；岩金需粉碎研磨后加入水银以及剧毒药品氰化钠提取，使有毒有害物质流入沟溪，对水源造成污染，水生生物数量减少。
据调查，干扰类型遇见率从高到低依次为：放牧、采药、采伐、狩猎、修建道路、耕种、砍柴、野外用火、采矿等（史志翯，2017）。据报道，放牧干扰占干扰总数的14.1%，盗猎干扰占干扰总数的12.7%，砍伐干扰占干扰总数的9.9%。不同的区域干扰方式不同（见彩图12），这些人为干扰会直接威胁野生动物及其栖息地安全。
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