宁夏与内蒙古两个自治区长期为邻，边界线漫长，而且多是无人居处的牧区或贺兰山区，所以边界线十分模糊。为友好相处、避免纷争，在民政部的协调下，于1988年成立内蒙古自治区边界勘定领导小组和宁夏回族自治区边界勘定领导小组，对两个自治区的行政区域界线进行联合勘定，并于1994年9月10日形成《内蒙古自治区人民政府和宁夏回族自治区人民政府行政区域界线联合勘定协议书》。1995年9月22日，由国务院以国函〔1995〕88号文批复生效。这次边界线勘定，为边界地带的安定团结、经济发展奠定了基础。
由于贺兰山特殊的地理和历史地位，这座名山历史上一直是农耕民族和游牧民族天然的分界线。早在元代，宁夏就已开始建省。中统二年（1261年），忽必烈决定设立西夏中兴等路行中书省。行省省城仍设于西夏故都中兴府（今银川），辖境亦基本上为前西夏国的疆域，即大约为今宁夏北部、陕西北部、甘肃黄河以西、内蒙古西部以及青海、新疆东部部分地区。明朝建立后，为了抵御残元势力的入侵，洪武九年（1376年），明朝创设宁夏卫，隶属于陕西都司。在贺兰山西麓活动的蒙古瓦剌、鞑靼诸部被明朝称为“套虏”。清代贺兰山西麓地区为阿拉善蒙古王爷封地，军事上统归宁夏八旗将军府节制。
据民国《朔方道志·舆地志》记载：清初定远营属宁夏府宁朔县地，设守备，驻绿营兵，清雍正时，世宗以其地赏给额附阿宝居住。但宁蒙边界以清康熙年间勘定的边界为准。即“奏准由贺兰山之阴六十里以内为内地给民樵采牧放，六十里以外为夷地，蒙古插帐驻牧，汉夷各守定制，彼此不得越界侵占”。另据《乾隆宁夏府志》记载：清代宁夏府辖地为“东至延安府属定边县盐场堡界三百六十里。西至凉州府属平番县红水交界七百一十里。南至平凉府属固原州李旺驿界三百八十里。北至平罗县石嘴口边界二百三十五里。东南至平凉府属固原州下马关界三百八十里。西南至兰州府属靖远县柴薪梁界六百三十里。东北至灵州横城暗门交界三十里外，鄂尔多斯地。西北至贺兰山外边界七十里，外系郡王罗布藏游牧地”。由此可知，清代宁蒙两地边界在贺兰山口外七十里，贺兰山全部都划归宁夏府管辖。“贺兰山边外，系阿拉善厄鲁特札萨克、和硕亲王多罗额附罗卜藏多尔济一旗游牧，住宿嵬口外定远营，距口五十二里。共分佐领七，每佐领一百五十丁，协理台吉二员，辅国公一员，护国公一员。地界自宁夏西北贺兰之布尔噶素大口起，至肃州所属金塔寺之厄济内河止。沿边一带接壤内地与民人，以暗门外六十里为界。”宁蒙之间的边界贸易也有严格规定。“各蒙古与内地民人交易，有花马池、横城、石嘴子三市口，俱十日交易一次。硝磺、钢铁、军器、白米、白面、豌豆，奉文禁止出口售卖。除三市口交易外，阿拉善蒙古曾经议给腰牌三十面，各准十人以下随时进赤木、黄峡、宿嵬三口，与宁夏城内民人交易。以羊只、毛毡、皮张、大盐，易其布匹、米粮。”内地汉族人民出口到内蒙古地界，如果不是奉官府差遣，不得私自出境。“蒙古入口，并喇叭朝庙进香者，悉由部郎衙门给印票，各汛守验放。”可见清代宁蒙边界划分清晰，边境人口迁徙及贸易管理十分严格。
但到了乾隆年间，宁夏、内蒙古之间的边界纠纷再次发生。乾隆六年（1741年），阿拉善厄鲁特札萨克阿宝请求清廷再次勘定边界，经过理藩院审查，决定仍照康熙二十五年（1686年）定立的界址为宁蒙边界，“重申前禁口内民人不得出边六十里外樵采牧放，蒙古不得在近边六十里驻牧”。
乾隆三十四年（1769年），宁蒙两地复争地界。先是阿拉善旗在贺兰山西麓造一寺庙，名曰“南寺”，距定远营六十里，又叫“广宗寺”。虽然这里属于汉地界内，但因为这里没有树木，所以汉民未曾过问。不久，阿拉善旗又在山北造一北寺，距定远营也有六十里，名曰“福荫寺”。但这里林木茂盛，水源丰富。当地汉人害怕蒙古人日后藉寺占山，侵夺汉民土地，就阻止该寺修建。宁蒙边界纠纷惊动了乾隆皇帝，他派侍读学士福德、陕甘总督明山重新勘定宁蒙边界，决定朝廷会议，决定“所建之寺准其盖完。蒙古当夏令时准居住山梁那边，联络山内有水草之地乘凉，除夏令外不得安籍游牧。又新造未成寺二里内不准砍伐；二里之外周围所有之地，准民人取柴砍木”。并奏准乾隆皇帝报备立案。
清同治、光绪年间，西北各地爆发了规模宏大的反清斗争。这场斗争使得宁夏元气大伤，一些无法谋生的汉族群众被迫越界到蒙古族驻牧的阿拉善定远营一带开垦农田，以维持生计。阿拉善旗札萨克王公以汉民越界为由，再次请求清廷勘定界址。陕甘总督左宗棠命宁夏道耆彬、宁夏知府海容等宁夏地方官员会同阿拉善旗王公共同勘界，自贺兰山小水口边勘至响扎子大山梁约六十里，与乾隆三十四年（1769年）福明等钦差大臣所丈量的案卷进行了对比，发现完全符合，又取阿拉善旗所留存的乾隆三十四年旧案文书及前平罗县令张悌所抄存的地图进行了详细对照，也大致相同。但阿拉善旗蒙古王公以地图没有福明等钦差印信为由，拒绝承认，仍坚持应以贺兰山中岭即小水岭为界，向清政府反复申辩。此案一直拖到光绪九年（1883年），陕甘总督谭钟麟根据相关案卷做出最终判决，要求以旧界为准，不准宁蒙双方再起争执。宁夏道耆彬还在贺兰山宁蒙交界处立了一块石碑，详细叙明该案原由，以使后世遵从。碑刻全文收录于《朔方道志》卷二十七《艺文志》中。
民国初年，阿拉善旗蒙古王公借新旧更替之机，再次以汉人越界侵占其地为由，向袁世凯政府蒙藏院进行申诉，要求重新划界。此时，担任宁夏道尹的陈必淮和宁夏护军使马福祥认为入山汉民中，有不少是逃窜的土匪，对当地的治安十分不利，就订立了六条简章以杜绝匪患。(www.xing528.com)
1928年9月初，冯玉祥为经营西北，扩大实力，以宁夏、青海距甘肃省城过远、交通不便为由，提出甘肃省分治设宁夏、青海两行省的提案。与此同时，甘肃省地方人士也上京请愿，请以甘肃省宁夏道属地及两蒙古旗合并成立宁夏省。国民政府内政部将提案于9月5日交国民党中央政治会议153次会议通过。10月17日，国民党中央政治会议第159次会议再次讨论甘肃分治案，并形成决议：成立宁夏省，以旧甘肃宁夏道属9县（宁夏县、宁朔县、平罗县、中卫县、灵武县、金积县、盐池县、平远县等原属8县，另认可冯玉祥在五原誓师后新置之磴口县）及宁夏护军使辖区阿拉善旗、额济纳旗为宁夏省管辖区域，以宁夏城（今银川）为省治。此议获得南京国民政府批准，并准将阿拉善、额济纳两个蒙古旗和1926年新建立的磴口县，一并划归宁夏省管辖。
1949年9月23日，中国人民解放军西北野战军第十九兵团占领宁夏省会银川市。不久，阿拉善旗成立阿拉善和硕特旗自治区（后改称宁夏省阿拉善自治区）。1954年4月19日至23日，原宁夏省阿拉善自治区改制为宁夏省蒙古自治区，下辖阿拉善旗和磴口县，首府驻巴音浩特。6月，又改蒙古自治区为蒙古自治州。1954年9月，中央决定撤销宁夏省行政建制，与甘肃省合并。原归属于宁夏省的蒙古自治州，也相应改为甘肃省蒙古自治州。1956年4月3日，国务院决定，将甘肃省蒙古自治州和额济纳自治旗，加上磴口县，合并设立新的巴彦淖尔盟，整体划归内蒙古自治区管辖。
1956年2月，中共中央倡议在甘肃省东北部回族人口较为集中的地区，建立省一级的回族自治区，指示有关方面进行研究。1957年6月7日，国务院第51次会议讨论通过成立宁夏回族自治区的提案，提请全国人大审议。6月26日至7月15日，在第一届全国人大四次会议上，根据周恩来总理的提议，通过了《关于成立宁夏回族自治区的决议》。1958年10月25日，宁夏回族自治区正式成立，刘格平为主席，马玉槐等7人为副主席，自治区人民政府驻银川市。1969年7月5日，根据中共中央〔1969〕36号文件规定，将阿拉善左旗划归宁夏管辖。1979年5月30日，中共中央、国务院42号文件，将阿拉善左旗从7月1日起划归内蒙古自治区管辖。
由于阿拉善左旗与宁夏时合时分，边界历史问题遗留较多。新中国成立初期，国务院和国家民委多次进行协调，决定由内蒙古自治区和宁夏回族自治区共同进行宁蒙边界的划界工作，并报送国务院批准。由时任国务院副总理的习仲勋、内蒙古自治区党委第一书记乌兰夫和宁夏回族自治区党委第一书记汪锋共同协商，于1959年5月12日签署共同协议，并报国务院批准备案。协议内容如下：（一）内蒙古的鄂托克旗和宁夏的陶乐县：北以枯水沟为界，枯水沟以北、黄河以东地区为鄂托克旗管理地区。从黄河起，枯水沟以南、月牙湖以北向东十五里；月牙湖及月牙湖以南向东十里为陶乐县管辖地区，此线以东为鄂托克旗管辖地区。（二）内蒙古的阿拉善旗和宁夏的石嘴山（注：惠农县已与石嘴山合并）、平罗、贺兰、宁朔、中宁、中卫等县；东从头道坎起向西南经沙布尔台、岱开（石炭井）地区和葫芦斯台地区的中间到古勒本敖包为界（葫芦斯台地区属阿拉善旗，岱开地区属平罗）；从古勒本敖包起到头关，以贺兰山中岭为界；从头关起向南到达岱口，以长城为界；从达岱口起向西南经羊头山、达岱、孤子圪垯、骆驼山、照壁山、单梁子、葡萄墩到吊坡（以上地区属中宁、中卫管辖，以上地区西北属阿拉善旗管辖）为界；从吊坡起向西到甘塘子，以包兰铁路北二十里为界；从甘塘子向西到小红山，以包头铁路北十里为界；从小红山到营盘水车站，以包兰铁路为界。以上界线以北属阿拉善旗管辖，以上界线以南属中卫县管辖。营盘水车站以南阿拉善旗原来经营的饲料基地，仍归阿拉善旗。宁夏各县原来在阿拉善旗、鄂托克旗境内放牧的牲畜仍继续放牧，但放牧合同由旗、县议定。
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