1988年5月9日，国务院国发〔1988〕30号文公布贺兰山为国家级自然保护区。同月，经自治区编制委员会批复，宁夏贺兰山自然保护区管理局更名为宁夏贺兰山国家级自然保护区管理局。编制仍控制在200人以内。1991年3月12日，自治区编制委员会通知贺兰山林业派出所更名为贺兰山自然保护区公安分局。同年9月9日，自治区林业厅党组批复保卫科更名为多种经营科。1993年12月11日，管理局党总支决定，多种经营科和高家闸基地管理站合并办公，实行一套人马、两块牌子。2001年7月23日，自治区机构编制委员会将宁夏贺兰山国家级自然保护区管理局编制调整为192人；11月24日，自治区林业局批复多种经营科更名为林政资源保护科。2002年9月2日，经中共区直机关工委宁直党干〔2002〕29号文件批复，成立中共贺兰山国家级自然保护区管理局委员会。2005年1月17日，经自治区林业局党组会议研究，将管理局高家闸育苗基地更名为红果子管理站，原正科级规格不变。2006年5月31日，《宁夏回族自治区贺兰山国家级自然保护区管理局机构编制方案》经自治区编办审核，同意内设办公室、计划财务科、林政资源保护科、宣传教育科、马莲口管理站、大水沟管理站、苏峪口管理站、红果子管理站8个科级机构，核定全额预算事业编制192人。2009年10月30日，经自治区编制委员会研究，通过置换后，宁夏贺兰山国家级自然保护区管理局事业编制数151人。2010年9月28日，经自治区编制委员会研究，同意宁夏贺兰山国家级自然保护区管理局增设森林防火科。2010年12月2日，贺兰山森林公安局刑侦科、治安与消防科更名为刑侦大队、治安与消防大队，贺兰山国家级自然保护区森林分局调整为由自治区森林公安局直接管理，调整后更名为宁夏回族自治区森林公安局贺兰山分局。2011年1月6日，经自治区编制委员会研究，通过置换调整，宁夏贺兰山国家级自然保护区管理局全额预算事业编制148人、聘用编制9名。2011年6月3日，经自治区编制委员会研究，同意宁夏贺兰山国家级自然保护区管理局增设科研科、石嘴山管理站。2012年4月19日，经自治区编制委员会研究，通过置换调整，宁夏贺兰山国家级自然保护区管理局全额预算事业编制148名、聘用编制13名。2014年8月22日，经自治区编制委员会研究，通过置换调整，宁夏贺兰山国家级自然保护区管理局全额预算事业编制147名、聘用编制14名。2015年12月2日，经自治区编制委员会研究，宁夏贺兰山国家级自然保护区管理局全额预算事业编制调整为142名、聘用编制14名。(www.xing528.com)
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