秦代之后，赵佗割据岭南，汉高祖时与南越“通使物”，继续保持商贸关系。在广西汉墓出土的文物中，许多是从中原交换而来，如铜镜、铁器等。贵港罗泊湾1号汉墓出土的两件铜鼎，分别刻有“析”“犛”字样，这两字都是中原地名的标志。另外，罗泊湾1号汉墓出土的木牍《从器志》上记有“中土瓿卅”“中土食物五笥”，中原的铁制农具、百货、布匹产品输入岭南，岭南的食盐、水果、葛布、珠玑、犀角、象牙、玳瑁、翡翠等土特产品同时也销往中原，而“中原产品的南来与广西产品的北去，主要通过灵渠和逾越萌渚岭道”[14]。秦汉时期开始，中原通往岭南的货运航线主要有两条，这两条航线都溯湘江而上，经过灵渠，通过漓江、桂江抵达梧州；然后或出浔江、入北流河，转南流江，抵达合浦港出海，或顺西江而下番禺（今广州）。汉代、三国两晋、南北朝时期，中原产品输入岭南，岭南及东南亚诸国的土特产输入中原，大多是走这两条航线。
唐代，灵渠不仅是“济师徒”，而且还是“引馈运”的重要航道。桂州刺史李渤、鱼孟威相继重修灵渠，“铧其堤以扼旁流，陡其门以级直注”，进一步完善了灵渠的设施，从而大大提高了灵渠的通航能力，以至“虽百斛大舸，一夫可涉”[15]。唐长寿元年（692年），在桂州城西南（今临桂会仙）兴建的相思埭连贯了桂江和柳江，使广西水路交通南北相贯，四通八达，加强了桂州与珠江流域各地的联系，进一步促进了商贸流通的发展。
“两宋时期，两广食盐行销湖南，广西稻谷北运临安，赖于水路运输。建炎四年（1130年），钟相、杨么率洞庭湖农民举刀起义，江淮食盐不通湖湘，广西食盐大量经梧州运抵桂林而后转销湖南，年运量多达八万箩。除官盐外，商盐运输也相当兴盛。”[16]兴安灵渠岸畔严关宋窑遗址的发现，亦见证了当年严关窑生产的陶器凭借灵渠运往各地的盛况。
“元、明、清时期，灵渠继续发挥北南水运枢纽作用，日通过船舶多达200多艘。”[17](www.xing528.com)
明代崇祯十年（1637年），徐霞客游历兴安时曾亲眼见灵渠“巨舫鳞次”[18]，见证了灵渠交通运输之繁忙。
清代，关于灵渠对南北贸易所起的作用，康熙年间广西巡抚陈元龙有过精辟的概括：“夫陡河虽小，实三楚、两广之咽喉，行师馈粮，以及商贾百货之流通，唯此一水是赖。”[19]“在水运活动逐渐兴旺发达的过程中，形成了许多水运中心城市，例如：桂林、柳州、南宁、桂平、梧州、肇庆、广州、韶关、惠州等。从而使对外的交通也形成了许多条路线，其中最重要的还是灵渠一线，因为通过这条线与中原统治中心联系最为方便。”[20]
民国时期，灵渠航运仍然十分繁忙，每天通过的客货船有三四十艘，货运量为300吨左右，这样的盛况一直延续到湘桂铁路建成通车之前。据民国二十八年（1939年）扬子江水利委员会《湘江上游兴安全县段水道查勘报告》，民国二十七年（1938年），往来湘江、灵渠、漓江的船舶中，在广西航政局登记通行桂林至全州段的船舶有425艘。[21]民国二十七年（1938年）湘桂铁路通车后，随着现代交通的发达，灵渠的航运功能才逐步丧失。
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