船舶上航运行 据扬子江水利委员会1939年《灵渠测勘报告》证实，灵渠航行的船只“上行时则较为困难，需倒堵船后之陡门以进，故为每过一个堵一个”。在上下几个陡门距离较近时，当船舶进入第一座陡门后，即塞第一座陡门，待蓄水高度至第二座陡门已够航行时，则船舶可进入第二座陡门，再将第二座陡门塞闭蓄水，船舶就可以进入第三座陡门，照此循序逐级上航。宋代范成大的《桂海虞衡志》说“……舟入一斗（陡），则复闸斗，伺水积渐进，故能循崖而上，建瓴而下，千斛之舟，亦可往来。治水巧妙，无如灵渠者”，指的就是这种情形。
船舶下航运行 据扬子江水利委员会1939年《灵渠测勘报告》证实，“当船只下行时，先将前面二三座陡门堵住，其堵水方法为以横木为梁（每陡门上备有木梁，常年系诸陡旁，为管理灵渠之渠目私产，专备舟子堵水之用）三角木马（俗称水马）支成排架，再置以篾席片（俗称水垫）即可。每陡堵住后，可抬高上段水位约两公寸，然后船只前进。”船舶乘积水下航，照此逐级循序下驶。如果陡门距离较近，有时在水位较好的情况下，只塞1个陡，开启后，可以直航连下2～3个陡。
船舶上、下航同时运行 亦即船舶上下交汇时，塞、开陡门的方法与上述“船舶上航运行”“船舶下航运行”的方法相同，待水位升高至航行所需高度时，开启陡门后，船舶乘积水航行，下航船只先过，而后上航船只航行。
行船方法 据扬子江水利委员会1939年的《灵渠测勘报告》证实，“除撑篙、拉纤、风篷及摇桨等行船方法，尤需仰仗绞筒及临时竹篾堰”，撑篙是灵渠中行船最基本的方式。在一些浅滩和堰坝及水流湍急处，还需借助人力拉纤。唐代咸通九年（868年），桂州刺史鱼孟威的《灵渠记》里面即有“必征十数户乃能济一艘”的记载。另一个较为常见的行船方法就是借助风力航行，无论南渠还是北渠来往的船舶，均可使用风帆借助风力逆流上航。由于分水塘铧嘴所处的地理位置在整个灵渠中海拔最高，船只抵达分水塘，绕过铧嘴前方时，必须卸帆转为下航船，因此古人用“逆水而来顺水去，卸帆仍是挂帆时”来形容此特殊景观。(www.xing528.com)
塞陡用具的回收 陡门敲开后，陡杠由于有绳索系陡堤牛鼻孔上，不致流失，其他塞陡之工具如马脚、水拼、陡簟等，易随水漂流而下，由陡夫或船户用挽钩回收备用。
船舶结帮航行 由于灵渠一年四季水量不均，且不同渠段状况不同，路况复杂，因此无论是行船过陡还是经过浅滩、堰坝，都需要多人配合进行塞陡、拉纤等工作，“故每次必合数船成队，方可成行，即每次同行船只，最多十数艘，最少为四艘”，“灵渠现行船只，均系桂帮，有全县、桂林二小帮之分，全帮船夫多兴安人，桂帮船夫大抵为灵川人”[1]。
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